如何用VMD将轨迹文件制作动画(转载)
转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html
很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例,NAMD也差不多。
第一步: 提取轨迹。
往往轨迹文件很大,建议先提取其中的一段,或者把步长放大,提取完整的也行。利用指令:trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps的轨迹。
第二步:导入轨迹
安装VMD,然后先导入十进制文件,再导入二进制轨迹文件(这些简单操作就带过了)。然后你就能看到轨迹了。要将轨迹做得美观点,一般有这样几个建议:1. 不要把VMD全屏,否则你会后悔的;2. 背景色相应进行调整;3. DisplayàAxesàoff去掉坐标系。接下来选择Extension à Visualization à Movie Maker,然后就会跳出一个VMD Movie Generator的小窗口。
第三步:设置参数
建议在空间大的盘里建立一个临时文件夹,路径名最好都是英文或者拉丁字符的,汉字VMD不认的。然后把working directory改成你刚刚新建的临时文件夹目录。Renderer选择Snapshot,Movie Setting改成Trajectory,format改成MPEG-1或者AVI(如果你有足够空间和时间的话)。其他参数按照自己的需求修改。此时点击Make Movie,整个过程就开始了。这里有个非常重要的东西要提醒:VMD是将视频一帧一桢形成图片格式输出,然后再在另一个软件中组成一个动画,因此图片就是你一会做动画的来源,既然图片选择snapshot(快照),那也就是说你必须将动画置于窗口,而不能最小化,否则相当于无法截屏了。
第四步:导出动画
安装VideoMach,然后打开选择FileàOpen Media Files,导入刚才VMD下存储图像的工作目录中的第一帧,然后会跳出一个选项,问你是不是要打开这一些列的图像,确定就可以了。然后你就保存成各种你想要的格式即可,AVI肯定是最大最慢的,一般都是wmv就可以,几乎所有的电脑都打得开,GIF是图片用来插入ppt是最佳选择。
参考资料:
1. http://free.activeclub.net/script/forum/view.asp?article_id=34495087
2. http://emuch.net/html/200908/1487856.html
3. http://3y.uu456.com/bp-cs1f7s3b192e4s361066fss7-1.html
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