后缀树（Suffix Tree）

问题描述：

后缀树（Suffix Tree）

参考资料：

http://www.cppblog.com/yuyang7/archive/2009/03/29/78252.html

http://blog.csdn.net/v_july_v/article/details/6897097

简介

后缀树是一种PAT树，它描述了给定字符串的所有后缀，许多重要的字符串操作都能够在后缀树上快速地实现。

定义

一个长度为n的字符串S，它的后缀树定义为一棵满足如下条件的树：

1. 从根到树叶的路径与S的后缀一一对应。即每条路径惟一代表了S的一个后缀；

2. 每条边都代表一个非空的字符串；

3. 所有内部节点（根节点除外）都有至少两个子节点。

由于并非所有的字符串都存在这样的树，因此S通常使用一个终止符号进行填充（通常使用$）。

优点

1. 匹配快。对于长度为m的模式串，只需花费至多O(m)的时间进行匹配。

2. 空间省。Suffix tree的空间耗费要低于Suffix trie，因为Suffix tree除根节点外不允许其内部节点只含单个子节点，因此它是Suffix trie的压缩表示。

后缀树的生成，Suffix trie ------>> Suffix tree

后缀，顾名思义，甚至通俗点来说，就是所谓后缀就是后面尾巴的意思。比如说给定一长度为n的字符串S=S1S2..Si..Sn，和整数i，1 <= i <= n，子串SiSi+1...Sn便都是字符串S的后缀。

以字符串S=XMADAMYX为例，它的长度为8，所以S[1..8], S[2..8], ... , S[8..8]都算S的后缀，我们一般还把空字串也算成后缀。这样，我们一共有如下后缀。对于后缀S[i..n]，我们说这项后缀起始于i。

S[1..8], XMADAMYX，也就是字符串本身，起始位置为1
S[2..8], MADAMYX，起始位置为2
     S[3..8], ADAMYX，起始位置为3
       S[4..8], DAMYX，起始位置为4
          S[5..8], AMYX，起始位置为5
            S[6..8], MYX，起始位置为6
               S[7..8], YX，起始位置为7
                 S[8..8], X，起始位置为8
                                 空字串，记为$。

而后缀树，就是包含一则字符串所有后缀的压缩Trie。把上面的后缀加入Trie后，我们得到下面的结构：

仔细观察上图，我们可以看到不少值得压缩的地方。比如蓝框标注的分支都是独苗，没有必要用单独的节点同边表示。如果我们允许任意一条边里包含多个字母，就可以把这种没有分叉的路径压缩到一条边。另外每条边已经包含了足够的后缀信息，我们就不用再给节点标注字符串信息了。我们只需要在叶节点上标注上每项后缀的起始位置。于是我们得到下图：

这样的结构丢失了某些后缀。比如后缀X在上图中消失了，因为它正好是字符串XMADAMYX的前缀。为了避免这种情况，我们也规定每项后缀不能是其它后缀的前缀。要解决这个问题其实挺简单，在待处理的子串后加一个空字串就行了。例如我们处理XMADAMYX前，先把XMADAMYX变为 XMADAMYX$，于是就得到suffix tree--后缀树了，如下图所示：

2.2、后缀树与回文问题的关联

那后缀树同最长回文有什么关系呢？我们得先知道两个简单概念：

最低共有祖先，LCA（Lowest Common Ancestor)，也就是任意两节点（多个也行）最长的共有前缀。比如下图中，节点7同节点10的共同祖先是节点1与节点，但最低共同祖先是5。查找LCA的算法是O(1)的复杂度，这年头少见。代价是需要对后缀树做复杂度为O(n)的预处理。
广义后缀树(Generalized Suffix Tree)。传统的后缀树处理一坨单词的所有后缀。广义后缀树存储任意多个单词的所有后缀。例如下图是单词XMADAMYX与XYMADAMX的广义后缀树。注意我们需要区分不同单词的后缀，所以叶节点用不同的特殊符号与后缀位置配对。

2.3、最长回文问题的解决

有了上面的概念，本文引言中提出的查找最长回文问题就相对简单了。咱们来回顾下引言中提出的回文问题的具体描述：找出给定字符串里的最长回文。例如输入XMADAMYX，则输出MADAM。

思维的突破点在于考察回文的半径，而不是回文本身。所谓半径，就是回文对折后的字串。比如回文MADAM 的半径为MAD，半径长度为3，半径的中心是字母D。显然，最长回文必有最长半径，且两条半径相等。还是以MADAM为例，以D为中心往左，我们得到半径 DAM；以D为中心向右，我们得到半径DAM。二者肯定相等。因为MADAM已经是单词XMADAMYX里的最长回文，我们可以肯定从D往左数的字串 DAMX与从D往右数的子串DAMYX共享最长前缀DAM。而这，正是解决回文问题的关键。现在我们有后缀树，怎么把从D向左数的字串DAMX变成后缀呢？

    到这个地步，答案应该明显：把单词XMADAMYX翻转（XMADAMYX=>XYMADAMX，DAMX就变成后缀了）就行了。于是我们把寻找回文的问题转换成了寻找两坨后缀的LCA的问题。当然，我们还需要知道到底查询那些后缀间的LCA。很简单，给定字符串S，如果最长回文的中心在i，那从位置i向右数的后缀刚好是S(i)，而向左数的字符串刚好是翻转S后得到的字符串S‘的后缀S'(n-i+1)。这里的n是字符串S的长度。

    可能上面的阐述还不够直观，我再细细说明下：

1、首先，还记得本第二部分开头关于后缀树的定义么： “先说说后缀的定义，顾名思义，甚至通俗点来说，就是所谓后缀就是后面尾巴的意思。比如说给定一长度为n的字符串S=S1S2..Si..Sn，和整数i，1 <= i <= n，子串SiSi+1...Sn便都是字符串S的后缀。”

    以字符串S=XMADAMYX为例，它的长度为8，所以S[1..8], S[2..8], ... , S[8..8]都算S的后缀，我们一般还把空字串也算成后缀。这样，我们一共有如下后缀。对于后缀S[i..n]，我们说这项后缀起始于i。

S[1..8], XMADAMYX，也就是字符串本身，起始位置为1
S[2..8], MADAMYX，起始位置为2
     S[3..8], ADAMYX，起始位置为3
       S[4..8], DAMYX，起始位置为4
          S[5..8], AMYX，起始位置为5
            S[6..8], MYX，起始位置为6
               S[7..8], YX，起始位置为7
                 S[8..8], X，起始位置为8
                                  空字串，记为$。

2、对单词XMADAMYX而言，回文中心为D，那么D向右的后缀DAMYX假设是S(i)（当N=8，i从1开始计数，i=4时，便是S(4..8)）;而对于翻转后的单词XYMADAMX而言，回文中心D向右对应的后缀为DAMX，也就是S'(N-i+1)(（N=8，i=4，便是S‘（5..8）） 。此刻已经可以得出，它们共享最长前缀，即LCA（DAMYX，DAMX）=DAM。有了这套直观解释，算法自然呼之欲出：

预处理后缀树，使得查询LCA的复杂度为O(1)。这步的开销是O(N)，N是单词S的长度；

对单词的每一位置i(也就是从0到N-1)，获取LCA(S(i), S‘(N-i+1)) 以及LCA(S(i+1), S’(n-i+1))。查找两次的原因是我们需要考虑奇数回文和偶数回文的情况。这步要考察每坨i，所以复杂度是O(N) ；

找到最大的LCA，我们也就得到了回文的中心i以及回文的半径长度，自然也就得到了最长回文。总的复杂度O(n)。

     用上图做例子，i为4时，LCA(4$, 5#)为DAM，正好是最长半径。当然，这只是直观的叙述。
    上面大致描述了后缀树的基本思路。要想写出实用代码，至少还得知道下面的知识：
创建后缀树的O(n)算法。此算法有很多种，无论Peter Weiner的73年年度最佳算法，还是Edward McCreight1976的改进算法，还是1995年E. Ukkonen大幅简化的算法（本文第4部分将重点阐述这种方法），还是Juha Kärkkäinen 和 Peter Sanders2003年进一步简化的线性算法，都是O（n）的时间复杂度。至于实际中具体选择哪一种算法，可依实际情况而定。

实现后缀树用的数据结构。比如常用的子结点加兄弟节点列表，Directed 优化后缀树空间的办法。比如不存储子串，而存储读取子串必需的位置。以及Directed Acyclic Word Graph，常缩写为黑哥哥们挂在嘴边的DAWG。

2.4、后缀树的应用

     后缀树的用途，总结起来大概有如下几种
查找字符串o是否在字符串S中。
方案：用S构造后缀树，按在trie中搜索字串的方法搜索o即可。
原理：若o在S中，则o必然是S的某个后缀的前缀。
例如S: leconte，查找o: con是否在S中,则o(con)必然是S(leconte)的后缀之一conte的前缀.有了这个前提，采用trie搜索的方法就不难理解了。

指定字符串T在字符串S中的重复次数。
方案：用S+’$'构造后缀树，搜索T节点下的叶节点数目即为重复次数
原理：如果T在S中重复了两次，则S应有两个后缀以T为前缀，重复次数就自然统计出来了。

字符串S中的最长重复子串
方案：原理同2，具体做法就是找到最深的非叶节点。
这个深是指从root所经历过的字符个数，最深非叶节点所经历的字符串起来就是最长重复子串。
为什么要非叶节点呢?因为既然是要重复，当然叶节点个数要>=2。

两个字符串S1，S2的最长公共部分
方案：将S1#S2$作为字符串压入后缀树，找到最深的非叶节点，且该节点的叶节点既有#也有$(无#)。

后缀树实现：

http://www.pcw8510.com/?p=1296