1. 首先安装依赖libspatialindex
http://libspatialindex.github.io/

sudo ./configure

sudo make

sudo make install

注意这一步，一定要有：

运行sudo ldconfig将lib更新到配置中。

2. 下载https://pypi.python.org/packages/source/R/Rtree/Rtree-0.8.2.tar.gz
sudo python setup.py build
sudo python setup.py install
sudo python setup.py test

如果出现错误OSError: libspatialindex_c.so.4: cannot open shared object file: No such file or director
把动态链接库所在的路径添加到/etc/ld.so.conf中
include /etc/ld.so.conf.d/*.conf
/usr/local/lib/
然后更新/etc/so.cache
sudo ldconfig

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