下载pubmed数据
1 import requests
2 import json
3
4 search_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&mindate=1800/01/01&maxdate=2016/12/31&usehistory=y&retmode=json"
5 search_r = requests.post(search_url)
6 search_data = search_r.json()
7 webenv = search_data["esearchresult"]['webenv']
8 total_records = int(search_data["esearchresult"]['count'])
9 fetch_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmax=9999&query_key=1&webenv="+webenv
10
11 for i in range(0, total_records, 10000):
12 this_fetch = fetch_url+"&retstart="+str(i)
13 print("Getting this URL: "+this_fetch)
14 fetch_r = requests.post(this_fetch)
15 f = open('pubmed_batch_'+str(i)+'_to_'+str(i+9999)+".json", 'w')
16 f.write(fetch_r.text)
17 f.close()
18
19 print("Number of records found :"+str(total_records))
下载pubmed数据的更多相关文章
- ubuntu 下载额外数据不成功”的恼人提示通知
最近用Ubunt也遇到这个问题,搜到这个答案 参考原文链接: http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?t=387865 2.移除“下载额外数据不成功”的恼人提 ...
- Android开发之从网络URL上下载JSON数据
网络下载拉取数据中,json数据是一种格式化的xml数据,非常轻量方便,效率高,体验好等优点,下面就android中如何从给定的url下载json数据给予解析: 主要使用http请求方法,并用到Htt ...
- 移除Ubuntu“下载额外数据不成功”的提示通知
参考自经过几天的摸索,终于得出安装flashplugin-installer的方法 移除"下载额外数据不成功"的恼人提示通知,方法: $cd /usr/share/package- ...
- java开发的web下载大数据时的异常处理
同事用java开发了一个系统,其中有一个功能是下载大约10万笔数据到Excel中.当上线后,很多用户反映下载数据量大的时候就不能成功,但有时可以,所以结论就是系统不稳定,这个问题拖了很久没有解决. 在 ...
- NCBI下载sra数据(新)
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Tool ...
- 解决Ubuntu“下载额外数据文件失败 ttf-mscorefonts-installer”的问题 (转载)
解决Ubuntu“下载额外数据文件失败 ttf-mscorefonts-installer”的问题 发表于 2017-09-15 | 更新于 2018-04-29 | 分类于 Linux | 评论数: ...
- 使用GEOquery下载GEO数据--转载
最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是 ...
- ajax stream 一边下载二进制数据一边处理
最近有在做 stream 下载,并且边下载 stream 边处理功能.解析二进制的功能.最初参考了 flv.js 的 flv stream 下载处理功能,发现他并没有使用的 XMLHttpReques ...
- 利用QGIS下载地图数据
这段时间做了一些利用地理信息进行定位导航的系列工作,其中很重要的一部分是如何获取到地图数据,比如道路的矢量图.某一区域的栅格图,我用到的主要工具是QGIS.QGIS是一个跨平台的免费应用,其中集成了对 ...
随机推荐
- JAVA交换两个变量的值-(不使用第三变量)
以下方法的根本原理就是: 借助第三个变量 c = a; a = b; b = c; 运算符-不借助第三变量: a = a+b; b = a-b; a = a-b; 为运算符-不借助第三个变量: (此种 ...
- Android 框架学习3:从 EventBus 中学到的精华
关联文章: EventBus 3.0 的特点与如何使用 源码分析 EventBus 3.0 如何实现事件总线 学习的目的是为了超越,经过前面对 EventBus 3.0 的学习,我们已经对它相当熟悉了 ...
- keras 报错 ValueError: Tensor conversion requested dtype int32 for Tensor with dtype float32: 'Tensor("embedding_1/random_uniform:0", shape=(5001, 128), dtype=float32)'
在服务器上训练并保存模型,复制到本地之后load_model()报错: ValueError: Tensor conversion requested dtype int32 for Tensor w ...
- I.MX6 U-Boot mkconfig hacking
/**************************************************************************** * I.MX6 U-Boot mkconfi ...
- 【javascript】如何延迟加载JavaScript(Google推荐的代码)
下面是Google推荐的代码.这些代码应被放置在</body>标签前(接近HTML文件底部)<script type="text/javascript">f ...
- 封装 一下 php sql 的存储语句
function get_insert_sql($obj){ $str1 =""; $str2 =""; foreach($obj as $key => ...
- MVC MVVM和传统三层的理解
才学疏浅,请勿喷,如果有理解不对的地方请留言 其实,每个小小的程序员都有个毛病,就是反复写一个东西会觉得这个东西没有新意. 就像让你写三层,你却还是觉得想写MVC模式. 软件小公司做B/S的大部分还是 ...
- 《DSP using MATLAB》示例Example 8.11
%% ------------------------------------------------------------------------ %% Output Info about thi ...
- matplotlib ----- 初步
直接看几段代码即可: # 加载模块的方式 import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # 最简单的单线图 x = np.linspace(0, ...
- 记录一些WPF常用样式方便以后复用(二)(Button、CheckBox、输入账号密码框)(转)
Button (一) <Style x:Key="ButtonSaveStyle" TargetType="{x:Type Button}"> &l ...