研究人员针对 PTEN 这个关键的抑癌基因,来探究调控该基因表达的ceRNA 网络;

分析策略:

1)预测能调控该基因的miRNAs

通过miRanda 软件预测和实验验证相结合的方式,挑选出 miR-17-5p, miR-19a,miR-19b, miR-20a, miR-20b, miR-26a, miR-26b, miR-93, miR-106a, miR-106b 等miRNA

2) 预测同时受这些miRNA 调控的其他基因

通过miRanda 软件预测和实验验证相结合的方式,挑选出NCOA7, BCL11B, SERINC1, ZNF460, NUDT13,DTWD2, and VAPA 等候选基因进行后续分析;

3) 验证共表达关系

体内实验验证候选基因和目标基因之间的共表达关系

从生物信息数据分析的角度看,只需要做两步分析;

以上图为例:对于目标RNA X, 预测能调控该RNA X的RNA Y,当然RNA Y不会只有一个;1)第一步以miRNA 为桥梁,找到和其共享miRNA 调控的RNA Y;2) 第二步,分析RNA X 和 RNA Y 之间的共表达关系,如果是二者存在调控关系,则表达量会存在一个相关性,而且肯定是正相关关系

分析的过程有以下几个难点:

1) 不同类型的RNA 和 miRNA 调控关系的准确性, miradna 软件的结果肯定会存在一定的假阳性率;

2)  共表达分析时。阈值的筛选,文章中通过皮尔森相关性检验,计算相关系数和p值,在结果过滤时,仅仅使用了pvlaue < 0.001 ,挑选了显著相关的结果,但是可以看到,挑选的结果候选基因和目标基因的表达量的相关系数都不是很高,这个阈值在分析时如何取舍,是不是说只要p值越低越好,相关系数的大小无所谓?只要在统计学上相关性显著即可?

以上的问题都会导致预测的 ceRNA 网络存在许多的假阳性,这个是目前的分析手段不可避免的,最好的做法是结合实验手段去验证。

参考文献:Coding-independent regulation of the tumor suppressor PTEN by competing endogenous mRNAs.Cell. 2011 Oct 14;147(2):344-57.

如何研究某个gene的ceRNA 网络的更多相关文章

  1. 研究STM32F4的IEEE1558 PTP网络时间同步协议实现,软件是RL-TCPnet V7.X的底层

    这个东西发现挺有意思,刚开始研究没整明白怎么用,实测设置一次时间戳就可以使用了,后面在深入研究下 extern ARM_DRIVER_ETH_MAC Driver_ETH_MAC0; ARM_ETH_ ...

  2. 信息中心网络 ,Information-centric networking, ICN

  3. 关于网络爬虫项目的项目建议(NABCD)

    Need 我们小组的研究课题是编写一个更快捷,更安全的爬虫软件,编写时会应用到学长的部分代码并在其基础上完善创新. 初步阅读了学长们的博客上面的几个版本的测试情况和源代码,发现学长们在实现基础功能的条 ...

  4. iOS 网络编程:socket

    @import url(http://i.cnblogs.com/Load.ashx?type=style&file=SyntaxHighlighter.css);@import url(/c ...

  5. Nginx源码研究二:NGINX的事件处理概论

    NGINX作为服务端的应用程序,在客户端发出数据后,服务端在做着这样一些处理,数据先会经过网卡,网卡会和操作系统做交互,经过操作系统的协议栈处理,再和不同的应用程序交互. 在这里面涉及两个概念,一个是 ...

  6. 网络基本功(二十七):Wireshark抓包实例分析HTTP问题

    转载请在文首保留原文出处:EMC中文支持论坛https://community.emc.com/go/chinese 介绍 HTTP的问题可能是由于慢速服务器或客户端,TCP性能问题,本文讨论上述问题 ...

  7. 基于UML网络教学管理平台模型的搭建

    一.基本信息 标题:基于UML网络教学管理平台模型的搭建 时间:2013 出版源:网络安全技术与应用 领域分类:UML:网络教学管理平台:模型 二.研究背景 问题定义:网络教学管理平台模型的搭建 难点 ...

  8. centos7下安装docker(15.5容器跨主机网络--flanneld)

    flannel是由CoreOS研究的一种覆盖网络(overlay network)网络工具,目的是帮助每一个host主机有一个完整的子网: 功能是:让集群中不同节点的主机创建的容器都有一个唯一的虚拟I ...

  9. 利用神经网络进行网络流量识别——特征提取的方法是(1)直接原始报文提取前24字节,24个报文组成596像素图像CNN识别;或者直接去掉header后payload的前1024字节(2)传输报文的大小分布特征;也有加入时序结合LSTM后的CNN综合模型

    国外的文献汇总: <Network Traffic Classification via Neural Networks>使用的是全连接网络,传统机器学习特征工程的技术.top10特征如下 ...

随机推荐

  1. Setting up a Passive FTP Server in Windows Azure VM(ReplyCode: 227, Entering Passive Mode )

    This post is authored by Lalitesh Kumar, Pradeep M G and reviewed by Avinash Venkat Reddy. Also spec ...

  2. 分享六:php脚本守护进程

    http://www.baidufe.com/item/9565cec0004cb49d25fd.html

  3. C 常量指针和指针常量

    * (指针)和 const(常量) 谁在前先读谁 :*象征着地址,const象征着内容:谁在前面谁就不允许改变. 例子: ; ; ; int const *p1 = &b;//const 在前 ...

  4. 【Android】4.4 示例--列出手机上的所有联系人

    分类:C#.Android.VS2015:创建日期:2016-02-06 项目名:DesignerWalkthrough 模板:Blank App(Android) 功能:列出手机上的所有联系人. 说 ...

  5. nginx检查报错 error while loading shared libraries: libprofiler.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

    在centos7.3上编译安装nginx-1.12.2 启动测试出错 [root@web02 local]# /usr/local/nginx/sbin/nginx -t /usr/local/ngi ...

  6. 一:cocos2dx 3.2 尚不支持cubeMap?二:光照需要shader实现

    一: cocos2dx 3.2 尚不支持cubeMap? 因为需要调用cocos2dx 封装的bindTexture的方法,发现只能绑定2DTexture,对Cube_Map无能无力.顿感累觉不爱…… ...

  7. oracle 实现插入自增列(类似SqlServer Identity)

    oracle不像sql server 有关键字identity直接可插入数据时自增 ,Oracle是不能用Identity,可以使用Sequence Create Table Tempinfo( id ...

  8. 拷贝内容到eclipse中导致JSP的auto-completion不工作

    刚才在编辑JSP文件,有一些东西我懒得敲了,就把一些代码里面拷贝到eclipse的editor中,结果你猜怎么,拷贝进去以后,jsp的auto-completion居然不工作了!(即<%%> ...

  9. 自定义maven变量以及maven内置常量

    本文转自:http://zheng12tian.iteye.com/blog/1770909 在创建Maven工程后,插件配置中通常会用到一些Maven变量,因此需要找个地方对这些变量进行统一定义,下 ...

  10. 中断线程详解(Interrupt)

    在上篇文章<多线程的使用——Thread类和Runnable接口>中提到中断线程的问题.在JAVA中,曾经使用stop方法来停止线程,然而,该方法具有固有的不安全性,因而已经被抛弃(Dep ...