pysam操作sam文件
pysam模块
因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类。后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作。
1.安装Pysam
$ pip install pysam
2.检查是否安装成功
import pysam # 注意,此步是进入python交互环境
3.读取bam文件
import pysam
samfile = pysam.AlignmentFile("ex1.bam", "rb")
提取指定区域reads
for read in samfile.fetch('chr1', 100, 120):
print read samfile.close()
结果如下:
EAS56_57:6:190:289:82 0 99 <<<7<<<;<<<<<<<<8;;<7;4<;<;;;;;94<; 69 CTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTCTATGTGAACAAA 0 192 1
EAS56_57:6:190:289:82 0 99 <<<<<<;<<<<<<<<<<;<<;<<<<;8<6;9;;2; 137 AGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCAC 73 64 1
EAS51_64:3:190:727:308 0 102 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<::<<<844 99 GGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGG 99 18 1
...
参考资料
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