src/caffe/layers/hdf5_output_layer.cpp:3:18: fatal error: hdf5.h: 没有那个文件或目录

查找文件

locate hdf5.h

修改Makefile.config文件，在下面的语句后面增加红色部分

INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial/

Makefile中修改为

LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_serial_hl hdf5_serial

清理编译

make clean

重新编译，八个线程

make -j8

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