zero-base coordinate 和one-base coordinate

zero-base和one-base是生信会经常碰到的两套坐标系统。

zero-base是半开放式的，是不包括该点的，zero-base的文件有：bed;bam

one-base是封闭式的，是包括该点的，one-base的文件有：vcf,gff,sam

有人认为zero-base的好处就是在计算长度的时候不用+1，这样能提高编程的简洁性和计算速度，而one-base是便于人眼的观看。

举例：

1.bed文件,半开放式的。

chr1　　200　　220

包含的碱基是从200-219。200<=x<220

2.bismark的结果（zero-base start,one-base end）

chr2 11331 11332 100 1 0

只包括11332这个碱基。

参考资料：

https://www.biostars.org/p/6373/