基因组长度

利用seqkit统计长度

seqkit stat test.fa

结果如下：

file      format  type  num_seqs      sum_len  min_len      avg_len     max_len

test.fa  FASTA   DNA        149  396,098,845   10,246  2,658,381.5  44,776,151

sum_len总长度

各条染色体

利用pyfaidx

pip install pyfaidx

faidx test.fa -i chromsizes > test.size

或者利用samtools建立的索引

samtools faidx test.fa | cut -f1,2 > size

结果

Chr3	39460439

Chr10	25306509

Chr4	36012661

Chr11	31788916

Chr7	30689911

Chr9	23252223

Chr1	44776151

Chr8	30494550

Chr5	31364062

Chr6	32851673

Chr2	36966474

Ctg22	50000

Ctg16	14288

Ctg21	238256

Ctg20	99285

Ctg23	38357

这里把gap也算进去了。如果不想统计，就自己写个脚本吧。

https://pypi.org/project/pyfaidx/

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