1. 文件系统介绍

R语言对文件系统的操作，包括文件操作和目录操作，函数API都定义在base包中。

2. 目录操作

2.1 查看目录

查看当前目录下的子目录。


  2. # 启动R程序
  3. ~ R
  5. # 当前的目录
  6. > getwd()
  7. [1] "/home/conan/R/fs"
  9. # 查看当前目录的子目录
  10. > list.dirs()
  11. [1] "."     "./tmp"

查看当前目录的子目录和文件。


  2. > dir()
  3. [1] "readme.txt" "tmp"
  5. # 查看指定目录的子目录和文件。
  6. > dir(path="/home/conan/R")
  7.  [1] "A.txt"                             "caTools"
  8.  [3] "chinaWeather"                      "DemoRJava"
  9.  [5] "env"                               "FastRWeb"
  10.  [7] "font"                              "fs"
  11.  [9] "github"                            "lineprof"
  12. [11] "pryr"                              "readme.txt"
  13. [13] "RMySQL"                            "RServe"
  14. [15] "rstudio-server-0.97.551-amd64.deb" "websockets"
  15. [17] "x86_64-pc-linux-gnu-library"
  17. # 只列出以字母R开头的子目录或文件
  18. > dir(path="/home/conan/R",pattern='^R')
  19. [1] "RMySQL" "RServe"
  21. # 列出目录下所有的目录和文件，包括隐藏文件，如 .A.txt
  22. > dir(path="/home/conan/R",all.files=TRUE)
  23.  [1] "."                                 ".."
  24.  [3] ".A.txt"                            "A.txt"
  25.  [5] "caTools"                           "chinaWeather"
  26.  [7] "DemoRJava"                         "env"
  27.  [9] "FastRWeb"                          "font"
  28. [11] "fs"                                "github"
  29. [13] "lineprof"                          "pryr"
  30. [15] "readme.txt"                        "RMySQL"
  31. [17] "RServe"                            "rstudio-server-0.97.551-amd64.deb"
  32. [19] "websockets"                        "x86_64-pc-linux-gnu-library"

查看当前目录的子目录和文件，同dir()函数。


  2. > list.files()
  3. [1] "readme.txt" "tmp"
  5. > list.files(".",all.files=TRUE)
  6. [1] "."          ".."         "readme.txt" "tmp"

查看完整的目录信息。


  2. # 查看当前目录权限
  3. > file.info(".")
  4.   size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
  5. . 4096  TRUE  775 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:41:57 1000 1000 conan  conan
  7. # 查看指定目录权限
  8. > file.info("./tmp")
  9.       size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
  10. ./tmp 4096  TRUE  775 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 1000 1000 conan  conan

2.2 创建目录


  2. # 在当前目录下，新建一个目录
  3. > dir.create("create")
  4. > list.dirs()
  5. [1] "."        "./create" "./tmp"

创建一个3级子目录./a1/b2/c3


  2. # 直接创建，出错
  3. > dir.create(path="a1/b2/c3")
  4. Warning message:
  5. In dir.create(path = "a1/b2/c3") :
  6.   cannot create dir 'a1/b2/c3', reason 'No such file or directory'
  8. # 递归创建，成功
  9. > dir.create(path="a1/b2/c3",recursive = TRUE)
  10. > list.dirs()
  11. [1] "."          "./a1"       "./a1/b2"    "./a1/b2/c3" "./create"  "./tmp"
  13. # 通过系统命令查看目录结构
  14. > system("tree")
  15. .
  16. ├── a1
  17. │   └── b2
  18. │       └── c3
  19. ├── create
  20. ├── readme.txt
  21. └── tmp

2.3 检查目录是否存在


  2. # 目录存在
  3. > file.exists(".")
  4. [1] TRUE
  5. > file.exists("./a1/b2")
  6. [1] TRUE
  8. # 目录不存在
  9. > file.exists("./aa")
  10. [1] FALSE

2.4 检查目录的权限

检查目录的权限


  2. > df<-dir(full.names = TRUE)
  4. # 检查文件或目录是否存在，mode=0
  5. > file.access(df, 0) == 0
  6. ./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
  7. TRUE         TRUE         TRUE         TRUE
  9. # 检查文件或目录是否可执行，mode=1，目录为可以执行
  10. > file.access(df, 1) == 0
  11. ./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
  12. TRUE         TRUE        FALSE         TRUE
  14. # 检查文件或目录是否可写，mode=2
  15. > file.access(df, 2) == 0
  16. ./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
  17. TRUE         TRUE         TRUE         TRUE
  19. # 检查文件或目录是否可读，mode=4
  20. > file.access(df, 4) == 0
  21. ./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
  22. TRUE         TRUE         TRUE         TRUE

修改目录权限。


  2. # 修改目录权限，所有用户只读
  3. > Sys.chmod("./create", mode = "0555", use_umask = TRUE)
  5. # 查看目录完整信息，mode=555
  6. >  file.info("./create")
  7.          size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
  8. ./create 4096  TRUE  555 2013-11-14 08:36:28 2013-11-14 09:07:05 2013-11-14 08:36:39 1000 1000 conan  conan
  10. # create目录不可以写
  11. > file.access(df, 2) == 0
  12. ./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
  13. TRUE        FALSE         TRUE         TRUE

2.5 对目录重名


  2. # 对tmp目录重命名
  3. > file.rename("tmp", "tmp2")
  4. [1] TRUE
  6. # 查看目录
  7. > dir()
  8. [1] "a1"         "create"     "readme.txt" "tmp2"

2.6 删除目录


  2. # 删除tmp2目录
  3. > unlink("tmp2", recursive = TRUE)
  5. # 查看目录
  6. > dir()
  7. [1] "a1"         "create"     "readme.txt"

2.7 其他功能函数

拼接目录字符串


  2. # 拼接目录字符串
  3. > file.path("p1","p2","p3")
  4. [1] "p1/p2/p3"
  6. > dir(file.path("a1","b2"))
  7. [1] "c3"

获取最底层的子目录名


  2. # 当前目录
  3. > getwd()
  4. [1] "/home/conan/R/fs"
  6. # 最底层子目录
  7. > dirname("/home/conan/R/fs/readme.txt")
  8. [1] "/home/conan/R/fs"
  10. # 最底层子目录或文件名
  11. > basename(getwd())
  12. [1] "fs"
  13. >  basename("/home/conan/R/fs/readme.txt")
  14. [1] "readme.txt"

转换文件扩展路径


  2. # 转换~为用户目录
  3. > path.expand("~/foo")
  4. [1] "/home/conan/foo"

标准化路径，用来转换win或linux的路径分隔符


  2. # linux
  3. > normalizePath(c(R.home(), tempdir()))
  4. [1] "/usr/lib/R"      "/tmp/RtmpqNyjPD"
  6. # win
  7. > normalizePath(c(R.home(), tempdir()))
  8. [1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1"
  9. [2] "C:\\Users\\Administrator\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpMtSnci"

短路径，缩减路径的显示长度，只在win中运行。


  2. # win
  3. > shortPathName(c(R.home(), tempdir()))
  4. [1] "C:\\PROGRA~1\\R\\R-30~1.1"
  5. [2] "C:\\Users\\ADMINI~1\\AppData\\Local\\Temp\\RTMPMT~1"

3. 文件操作

3.1 查看文件


  2. > dir()
  3. [1]  "create"  "readme.txt"
  5. # 检查文件是否存在
  6. > file.exists("readme.txt")
  7. [1] TRUE
  9. # 文件不存在
  10. > file.exists("readme.txt222")
  11. [1] FALSE
  13. # 查看文件完整信息
  14. > file.info("readme.txt")
  15.            size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
  16. readme.txt    7 FALSE  664 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 1000 1000 conan  conan
  18. # 查看文件访问权限，存在
  19. >  file.access("readme.txt",0)
  20. readme.txt
  21.          0
  22. # 不可执行
  23. >  file.access("readme.txt",1)
  24. readme.txt
  25.         -1
  26. # 可写
  27. >  file.access("readme.txt",2)
  28. readme.txt
  29.          0
  30. # 可读
  31. >  file.access("readme.txt",4)
  32. readme.txt
  33.          0
  35. # 查看一个不存在的文件访问权限，不存在
  36. > file.access("readme.txt222")
  37. readme.txt222
  38.            -1

判断是文件还是目录。


  2. # 判断是否是目录
  3. > file_test("-d", "readme.txt")
  4. [1] FALSE
  5. > file_test("-d", "create")
  6. [1] TRUE
  8. # 判断是否是文件
  9. > file_test("-f", "readme.txt")
  10. [1] TRUE
  11. > file_test("-f", "create")
  12. [1] FALSE

3.2 创建文件


  2. # 创建一个空文件 A.txt
  3. > file.create("A.txt")
  4. [1] TRUE
  6. # 创建一个有内容的文件 B.txt
  7. > cat("file B\n", file = "B.txt")
  8. > dir()
  9. [1] "A.txt"      "B.txt"      "create"     "readme.txt"
  11. # 打印A.txt
  12. > readLines("A.txt")
  13. character(0)
  15. # 打印B.txt
  16. > readLines("B.txt")
  17. [1] "file B"

把文件B.txt的内容，合并到 A.txt。


  2. # 合并文件
  3. > file.append("A.txt", rep("B.txt", 10))
  4.  [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
  6. # 查看文件内容
  7. > readLines("A.txt")
  8.  [1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"

把文件A.txt复制到文件C.txt


  2. # 复制文件
  3. > file.copy("A.txt", "C.txt")
  4. [1] TRUE
  6. # 查看文件内容
  7. > readLines("C.txt")
  8.  [1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"

3.3 修改文件权限


  2. # 修改文件权限，创建者可读可写可执行，其他人无权限
  3. > Sys.chmod("A.txt", mode = "0700", use_umask = TRUE)
  5. # 查看文件信息
  6. > file.info("A.txt")
  7.       size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
  8. A.txt   70 FALSE  700 2013-11-14 12:55:18 2013-11-14 12:57:39 2013-11-14 12:55:26 1000 1000 conan  conan

3.4 文件重命名


  2. # 给文件A.txt重命名为AA.txt
  3. > file.rename("A.txt","AA.txt")
  4. [1] TRUE
  5. > dir()
  6. [1] "AA.txt"     "B.txt"      "create"     "C.txt"      "readme.txt"

3.5 硬连接和软连接

  • 硬连接，指通过索引节点来进行连接。在Linux的文件系统中，保存在磁盘分区中的文件不管是什么类型都给它分配一个编号，称为索引节点号(Inode Index)。在Linux中，多个文件名指向同一索引节点是存在的。一般这种连接就是硬连接。硬连接的作用是允许一个文件拥有多个有效路径名，这样用户就可以建立硬连接到重要文件，以防止“误删”的功能。其原因如上所述，因为对应该目录的索引节点有一个以上的连接。只删除一个连接并不影响索引节点本身和其它的连接，只有当最后一个连接被删除后，文件的数据块及目录的连接才会被释放。也就是说，文件真正删除的条件是与之相关的所有硬连接文件均被删除。
  • 软连接，也叫符号连接（Symbolic Link）。软链接文件有类似于Windows的快捷方式。它实际上是一个特殊的文件。在符号连接中，文件实际上是一个文本文件，其中包含的有另一文件的位置信息。

硬连接和软连接，只在Linux系统中使用。


  2. # 硬连接
  3. > file.link("readme.txt", "hard_link.txt")
  4. [1] TRUE
  6. # 软连接
  7. > file.symlink("readme.txt", "soft_link.txt")
  8. [1] TRUE
  10. # 查看文件目录
  11. > system("ls -l")
  12. -rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txt
  13. -rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 12:51 B.txt
  14. dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
  15. -rw-rw-r-- 1 conan conan   70 Nov 14 12:56 C.txt
  16. -rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
  17. -rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 readme.txt
  18. lrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt

文件hard_link.txt是文件readme.txt硬连接文件，文件soft_link.txt是文件readme.txt软连接文件，

3.5 删除文件

有两个函数可以使用file.remove和unlink，其中unlink函数使用同删除目录操作是一样的。


  2. # 删除文件
  3. > file.remove("A.txt", "B.txt", "C.txt")
  4. [1] FALSE  TRUE  TRUE
  6. # 删除文件
  7. > unlink("readme.txt")
  9. # 查看目录文件
  10. > system("ls -l")
  11. total 12
  12. -rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txt
  13. dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
  14. -rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
  15. lrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt
  17. # 打印硬连接文件
  18. > readLines("hard_link.txt")
  19. [1] "file A"
  21. # 打印软连接文件，soft_link.txt，由于原文件被删除，有错误
  22. > readLines("soft_link.txt")
  23. Error in file(con, "r") : cannot open the connection
  24. In addition: Warning message:
  25. In file(con, "r") :
  26.   cannot open file 'soft_link.txt': No such file or directory

4. 几个特殊的目录

  • R.home() 查看R软件的相关目录
  • .Library 查看R核心包的目录
  • .Library.site 查看R核心包的目录和root用户安装包目录
  • .libPaths() 查看R所有包的存放目录
  • system.file() 查看指定包所在的目录

4.1 R.home() 查看R软件的相关目录


  2. # 打印R软件安装目录
  3. > R.home()
  4. [1] "/usr/lib/R"
  6. # 打印R软件bin的目录
  7. > R.home(component="bin")
  8. [1] "/usr/lib/R/bin"
  10. # 打印R软件文件的目录
  11. >  R.home(component="doc")
  12. [1] "/usr/share/R/doc"

通过系统命令，找到R文件的位置。


  2. # 检查系统中R文件的位置
  3. ~ whereis R
  4. R: /usr/bin/R /etc/R /usr/lib/R /usr/bin/X11/R /usr/local/lib/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz
  6. # 打印环境变量R_HOME
  7. ~ echo $R_HOME
  8. /usr/lib/R

通过R.home()函数，我们可以很容易的定位R软件的目录。

4.2 R软件的包目录


  2. # 打印核心包的目录
  3. > .Library
  4. [1] "/usr/lib/R/library"
  6. # 打印核心包的目录和root用户安装包目录
  7. > .Library.site
  8. [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
  9. [3] "/usr/lib/R/library"
  11. # 打印所有包的存放目录
  12. > .libPaths()
  13. [1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0"
  14. [2] "/usr/local/lib/R/site-library"
  15. [3] "/usr/lib/R/site-library"
  16. [4] "/usr/lib/R/library"

4.3 查看指定包所在的目录


  2. # base包的存放目录
  3. > system.file()
  4. [1] "/usr/lib/R/library/base"
  6. # pryr包的存放目录
  7. >  system.file(package = "pryr")
  8. [1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/pryr"

REF:

http://blog.fens.me/r-file-folder/

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    名词解析: 主机字节序: 不同的CPU有不同的字节序类型,这些字节序是指整数在内存中保存的顺序,这个叫做主机序.最常见的有两种 1．Little endian:低字节存高地址,高字节存低地址 2．Bi ...

  5. 阿里druid连接池监控配置

    首先在web.xml中添加如下配置: <filter> <filter-name>DruidWebStatFilter</filter-name> <filt ...

  6. c++11并发机制

    传统意义上OS提供的并发机制包含进程和线程两个级别.考虑到实际复杂性,c++11仅提供了线程并发机制. c++11提供的线程并发机制主要位于四个头文件中:..... 线程并发机制包括线程管理.原子操作 ...

  7. debian下创建新用户useradd

    1.使用sudo: sudo useradd -m abc -g sudo -s /bin/bash -d /home/abc sudo passwd abc 2.直接在root用户下: groupa ...

  8. 【机器学习】K近邻算法——多分类问题

    给定一个训练数据集,对新的输入实例,在训练数据集中找到与该实例最邻近的K个实例,这K个实例的多数属于某个类,就把该类输入实例分为这个类. KNN是通过测量不同特征值之间的距离进行分类.它的的思路是:如 ...

  9. Android开发（三十）——ScrollＶiew中ListView的高度自动适应

    int totalHeight = 0; for (int i = 0; i < mStrings.length; i++) { //pullList ListView //mAdapter A ...

  10. JAVA-数据库之JDBC连接MySQL数据库

    相关资料:<21天学通Java Web开发> JDBC连接MySQL数据库1.如果需要通过JDBC来连接MySQL数据库,还必须先在MySQL数据库服务器中创建数据库和表. Connect ...