Pathway富集分析气泡图
- data.tsv
> pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t")
> library(ggplot2)
> p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway))
> p=p + geom_point()
> p=p + geom_point(aes(size=Count))
> pbubble = p+ geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(Pvalue)))
> pr = pbubble+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
> pr = pr+labs(color=expression(-log[10](Pvalue)),size="Gene number",
+ x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")
> pr=pr + theme_bw()
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