1. data.tsv
  2. > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t")
    > library(ggplot2)
    > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway))
    > p=p + geom_point()
    > p=p + geom_point(aes(size=Count))
    > pbubble = p+ geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(Pvalue)))
    > pr = pbubble+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
    > pr = pr+labs(color=expression(-log[10](Pvalue)),size="Gene number",
    + x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")
    > pr=pr + theme_bw()

Pathway富集分析气泡图的更多相关文章

  1. 【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

    前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题: ...

  2. 基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子 ...

  3. DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

    何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...

  4. 绘制pathway富集散点图

    本文转载自http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=146&extra=page%3D1%26filter ...

  5. python scipy包进行GO富集分析p值计算

    最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx ...

  6. GO富集分析 信号通路

    基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类. 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路.这些细胞外的分子信 ...

  7. 利用GSEA对基因表达数据做富集分析

      image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a p ...

  8. R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析

    1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirr ...

  9. GO富集分析

    GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析.例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示). 富集分析工具    用户可以直接从GOC网站的 ...

随机推荐

  1. IE11降级到IE8

  2. html2canvas 截屏 兼容手机端

    <template> <div> <!--<input type="button" id="btnsavaImg" valu ...

  3. axios如何使用

    我们知道,vue2.0以后,vue就不再对vue-resource进行更新,而是推荐axios,而大型项目都会使用 Vuex 来管理数据,所以这篇博客将结合两者来发送请求 1.安装axios cnpm ...

  4. SQL批量插入出现 类型转换错误

    1.原因:在使用SqlBulkCopy批量操作时,Map映射会出现表结点对应错误 2.解决方案:自己先建立字段映射 using (SqlConnection con = new SqlConnecti ...

  5. Windows中cmd操作mysql

    打开CMD 将工作目录切换到MySQL的bin下 mysql -u root -p 输入密码即可登陆MySQL 问号可以查看帮助 首先需要选择操作的数据库use database_name 然后可以进 ...

  6. 用stack实现min stack

    遇到个好玩的问题,就是用一个stack实现min stack,什么意思呢,就是我实现stack,但是能以O(1)的时间复杂度和空间复杂度去找到我stack里面的最小值. 常规的方法是:用一个变量存放当 ...

  7. HDU5126 stars【CDQ分治】*

    HDU5126 stars Problem Description John loves to see the sky. A day has Q times. Each time John will ...

  8. 关于ehcache缓存的使用(简单对比redis)

    前言 最近在做一个项目,某个接口查询数据到返回数据总计需要7000+毫秒,一直在考虑优化的问题,优化也有原来的一家一家查询到一次查询所有的,在查询不同天数.结果是1500+,虽然优化了不少,但是数据结 ...

  9. Python学习-str与byte类型以及编码

    Python 3最重要的新特性之一是对字符串和二进制数据流做了明确的区分.文本总是Unicode,由str类型表示,二进制数据则由bytes类型表示.Python 3不会以任意隐式的方式混用str和b ...

  10. RabbitMQ消息队列———安装(一)

    一.RabbitMQ队列 不同进程间的通信,简称IPC.不同的进程间的通信,可以基于队列解决,将生产者和消费者进行解耦,中间的队列作为其桥梁.RabbitMQ是一个在AMQP基础上完整的,可复用的企业 ...