RNA_seq GATK 最佳实践

先用第一次比对生成的SJ.out.tab 文件,重新建立索引:
2-pass 比对:
2) mark duplicates and sort
picard 标记重复序列,并sort
3) split N and reassignMappingQuality
4)Indel realignment (可选的)
5)base recalibration
6) variant calling
7)variant filter
参考资料:
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article.php?id=3891
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article?id=2801
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