tRNA 二级结构预测可视化
tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例
打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human , 然后点击 search database 数据框
在检索结果页面的底部,可以下载对应的tRNA序列和二级结构
选择 Doload FASTAstructure 选项,就会下载对应的文件,序列格式为
>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).
类似fasta 序列,只不过在序列之后,还有一行信息,描述了RNA的二级结构;
利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化
点击左上角的Add Molecule 下拉菜单,选择Add Sequence and Secondary Structure 选项
在弹出的对话框中,输入对应的序列和二级结构信息
点击Submit 按钮,就会生成如下所示的图,还有选多的选项可以调整图片,就不一一赘述了
生成的图片支持导出SVG, png等格式;到此,大功告成!
tRNA 二级结构预测可视化的更多相关文章
- tRNAscan-SE 预测tRNA基因
tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图 ...
- 《Python生物信息学数据管理》中文PDF+英文PDF+代码
生物信息学经典资料,解决生物学问题,通过"编程技法"的形式,涵盖尽可能多的组织.分析.表现结果的策略.在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学.由六部分组成:Py ...
- miRNA预测工具miRDeep-P2
之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna ...
- 使用MXNet远程编写卷积神经网络用于多标签分类
最近试试深度学习能做点什么事情.MXNet是一个与Tensorflow类似的开源深度学习框架,在GPU显存利用率上效率高,比起Tensorflow显著节约显存,并且天生支持分布式深度学习,单机多卡.多 ...
- 寄生线虫免疫学研究新路径!华中农业大学胡敏团队报道寄生线虫N-糖基化修饰图谱
N-糖基化修饰是真核生物中一种重要的蛋白质翻译后修饰,在许多生物学过程中起着关键作用,包括蛋白质折叠.受体-配体相互作用.免疫应答和疾病发病机制等.近年来,高精度质谱技术的出现促进了糖组和糖蛋白质组的 ...
- 11,SFDC 管理员篇 - 报表和数据的可视化
1,Report Builder 1,每一个report type 都有一个 primay object 和多个相关的object 2,Primary object with related obje ...
- JavaScript数据可视化编程学习(一)Flotr2,包含简单的,柱状图,折线图,饼图,散点图
一.基础柱状图 二.基础的折线图 三.基础的饼图 四.基础的散点图 一.基础柱状图 如果你还没有想好你的数据用什么类型的图表来展示你的数据,你应该首先考虑是否可以做成柱状图.柱状图可以表示数据的变化过 ...
- 前端使用d3.js调用地图api 进行数据可视化
前段时间自己研究了demo就是把某个区域的某个位置通过经纬度在地图上可视化.其实就是使用了第三方插件,比现在比较火的可视化插件d3.js echart.js.大致思路就是,把要用到的位置的geojso ...
- 03.redis与ssm整合(mybatis二级缓存)
SSM+redis整合 ssm框架之前已经搭建过了,这里不再做代码复制工作. 这里主要是利用redis去做mybatis的二级缓存,mybaits映射文件中所有的select都会刷新已有缓存,如果不存 ...
随机推荐
- IE兼容模式下 SCRIPT1028: 缺少标识符、字符串或数字
例如下面一段代码 var a = { x: 1, y: 2, }; alert(a.x); 如果在IE的兼容性视图(IE7文档模式)下,会报告下面的错误: SCRIPT1028: 缺少标识符.字符串或 ...
- [na][QoS]cisco3560限速配置案例-收集于网工泡泡
网络中常用到这些:CISCO和H3C-MAC过滤+端口限速+端口镜像+端口隔离 不同的方式不同的思想:嘎嘎 其他各个厂商的限速链接:http://pan.baidu.com/s/1hrIMoSG 密码 ...
- Linux下查看Raid磁盘阵列信息的方法
Linux下查看软.硬raid信息的方法. 软件raid:只能通过Linux系统本身来查看 cat /proc/mdstat 可以看到raid级别,状态等信息. 硬件raid: 最佳的办法是通过已安装 ...
- 移动端自动化测试 -- appium 之Desired Capabilities与 定位控件
一.Desired Capabilities Desired Capabilities 在启动 session 的时候是必须提供的. Desired Capabilities 本质上是以 key va ...
- ORACLE自定义顺序排序
ORACLE可以借助DECODE函数,自定义顺序排序: select * from ( select 'Nick' as item from dual union all select 'Viki' ...
- arm程序的反汇编程序
这是汇编源文件: MCU:S3C2440(arm920T) 代码实现点亮个led小灯 .text .global _start _start: ldr r0,=0x56000010 @GPBCON m ...
- 带limit的hivesql排序
带limit的hivesql排序 select requestdomain,count(1) as cnt from ods_cndns_real_log where dt = 20160707 ...
- 用C# Winform做一个文件名批量修改器
我是一名QA,我提bug以后有个习惯,就是将bug的jira地址保存为一个链接存在本地,如下: 每天都要手动的把日期“[XX.XX]”添加在里面,这个反复修改文件名的过程是比较枯燥的,于是我决定写一个 ...
- Activiti - 新一代的开源BPM引擎
Activiti 背景简介.服务和功能介绍 背景介绍 Activiti 其核心是 BPMN 2.0 的流程引擎.BPMN 是目前被各 BPM 厂商广泛接受的 BPM 标准,全称为 Business P ...
- python学习笔记(22)--漫画生成html最终版
说明(2017.3.14): 1. 在主文件夹生成一个main.html作为目录 2. 在每个子文件夹生成一个index.html作为看图网页 3. 通过python批量生成html网页,js配合进行 ...