circpedia 中收录了利用circexplorer 软件识别到的circRNA, 覆盖了人,小鼠,鸟类,昆虫多个物种的多种细胞系的数据

官网链接如下:

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/about

对于circRNA的来源基因(通常又叫做parent 基因) 来说,其可能产生的circRNA的类型是很多的,来源于同一个parent 基因的circRNA 叫做可变剪切的isoforms

利用数据库的搜索功能,查找在染色体的某一段上存在的circRNA,比如下图所示:

点击 Search 按钮,可以看到在该染色体区域检测到的circRNA

以基因 C1orf159 来说,其exon1, exon3, exon5, exon7 都可以通过back-splcing 产生circRNA;

利用circpedia 数据库探究circRNA的可变剪切的更多相关文章

  1. Deep-learning augmented RNA-seq analysis of transcript splicing | 用深度学习预测可变剪切

    可变剪切的预测已经很流行了,目前主要有两个流派: 用DNA序列以及variant来预测可变剪切:GeneSplicer.MaxEntScan.dbscSNV.S-CAP.MMSplice.clinVa ...

  2. SUPPA 可变剪切分析

      SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...

  3. MCP|DYM|Quantitative mass spectrometry to interrogate proteomic heterogeneity in metastatic lung adenocarcinoma and validate a novel somatic mutation CDK12-G879V (利用定量质谱探究转移性肺腺瘤的蛋白质组异质性及验证新体细胞突变)

    文献名:Quantitative mass spectrometry to interrogate proteomic heterogeneity in metastatic lung adenoca ...

  4. 【原创】Capture CIS利用Access数据库建立封装库说明

    1.在服务器端建立新空间,方便封装库以及数据库的归档存放 服务器路径:\\192.168.1.234\Share\STG_LIB,文件夹内容如下,其中Datesheet存放物料数据手册,Pcb_Lib ...

  5. Android下利用SQLite数据库实现增删改查

    1: 首先介绍如何利用adb查看数据库 1: adb shell 2: cd /data/data/包名/databases 3:  sqlite3 数据库 4   接下来就可以进行数据库的sql语法 ...

  6. 安卓项目-利用Sqlite数据库,开发新闻发布系统

    本教程致力于程序员可以快速的学习安卓移动端手机开发. 适合于已经习得一种编程语言的同仁. 更多志同道合,想要学习更多编程技术的大神们. 小弟不才,麻烦关注一下我的今日头条号-做全栈攻城狮. 本文章是基 ...

  7. 【Loadrunner】LR参数化:利用mysql数据库里面的数据进行参数化

    很多同学都在自学loadrunner去做压力测试,但是如果要利用LR做压力测试,或者是其他工具,其中有一个环节是我们避开不了的,比如说:参数化 今天华华就给大家简要的介绍下,如果你要做的参数化的数据来 ...

  8. 利用MySQL数据库如何解决大数据量存储问题?

    提问:如何设计或优化千万级别的大表?此外无其他信息,个人觉得这个话题有点范,就只好简单说下该如何做,对于一个存储设计,必须考虑业务特点,收集的信息如下:1.数据的容量:1-3年内会大概多少条数据,每条 ...

  9. 利用oracle数据库闪回功能将oracle数据库按时间点恢复

    oracle更新脚本把原数据冲了,并且没有备份,急煞我也         解决办法:         oracle数据库有闪回功能:   select * from tab 可以查出已被删除的表    ...

随机推荐

  1. DOA——MUSIC算法

    一.均匀圆阵(UCA, Uniform Circular Array)的MUSIC算法 假设一个半径为R的M元均匀圆阵的所有阵元均位于坐标系X-Y平面内,第k-1个阵元坐标为,第i个窄带信号波长为,来 ...

  2. sourcetree和Git的使用教程

    1.简单的用Git管理项目. 2.怎样既要开发又要处理发布出去的版本bug情况. SourceTree是一个免费的Git图形化管理工具,mac下也可以安装. 下载地址:https://www.sour ...

  3. Java:多线程,分别用Thread、Runnable、Callable实现线程

    并发性(concurrency)和并行性(parallel)是两个概念,并行是指在同一时刻,有多条指令在多个处理器上同时执行:并发指在同一时刻只能有一条指令执行,但多个进程指令被快速轮换执行,使得宏观 ...

  4. Linux实战教学笔记22:企业级NFS网络文件共享服务

    目录 第二十二节 企业级NFS网络文件共享服务 第一章 NFS网络文件共享服务 1.1 NFS介绍 1.2 NFS系统原理介绍 1.3 NFS服务端部署环境准备 1.4 NFS server端的设置 ...

  5. [na]mail收发过程

    以前老记不住这smtp和pop3谁收谁发. 简单邮件传输协议(SMTP),用来发送或中转发出的电子邮件,       占用tcp 25端口. 第三版邮局协议(POP3),用于将服务器上把邮件存储到本地 ...

  6. iptables允许一个ip访问本机的某个端口

    需求是redis允许特定客服端连接: -A INPUT -s .xx.xx.xxx/ -p tcp --dport -j ACCEPT

  7. gnome3增加自定义程序快捷方式

    gnome3增加自定义程序快捷方式   1. 安装alacarte   在命令行输入下列命令安装alacarte程序   yum -y install alacarte   安装完毕后,在命令行输入下 ...

  8. 08、通过自定义依赖属性,用 StateTrigger 修改全局主题样式

    在 Win 10 的 UWP 中,需要在 xaml 中,通过使用 StateTrigger 修改全局的文本大小.Background.画刷等依赖属性等主题样式.下面只针对字体大小进行描述,其它依赖属性 ...

  9. Hbase shell 常用命令(1)

    下面我们看看HBase Shell的一些基本操作命令,我列出了几个常用的HBase Shell命令,如下: 名称 命令表达式 创建表 create '表名称', '列名称1','列名称2','列名称N ...

  10. python爬取百思不得姐视频

    # _*_ coding:utf-8 _*_ from Tkinter import * from ScrolledText import ScrolledText import urllib #im ...