Ka/ Ks|同义替换的三种路径|kaks_Calculator|
生命组学
研究old gene 和 young gene
CAI选择信号;CGmutation信号
Neutrality plot:CG3与GC1、GC2的关系:平:mutation;正相关:selection signal
Ks Ka
Ka/ Ks代表选择压力,Core gene Ka/ Ks比较小,即纯化选择(负选择)。
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热力学第二定律
利用二进制表示密码表,core gene的随机性更强(热二就是能量越强熵越大)
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Gene gain&loss&duplication time
鉴定essential gene,通过敲除的方式
positive selection:Old >young
In Young gene: single >duplication
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Gene age 与 signatures
使用PCA,发现GC最能解释其变异。
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同义替换的三种路径
找替换的方法:1.近似方法2.最大似然方法,
对同义位点的定义:
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Model selection考虑参数:
AIC
BIC
LRT:似然比检验
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Software kaks_Calculator
Dating the divergence time
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