Illumina Fastq Q-score

Illumina Nextseq500 Miseq HiseqXten 测序仪 Q-score均采用下面的编码格式，仅作简要介绍。

Q-score

Q-score 在fastq中每个序列的第4行，代表测序错误的概率。

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Quality Score Q(X) ## Error Probability P(~X)

Q40 ## 0.0001 (1 in 10,000)

Q30 ## 0.001 (1 in 1,000)

Q20 ## 0.01 (1 in 100)

Q10 ## 0.1 (1 in 10)

Q-score = -10 log10(P(~X))

Q-score 在 [0, 40] 范围， ASCII - 33

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下图是Illumina 官方软件 bcl2fastq 给出的对应关系。

python 计算

可以采用 ord 和 chr 在字母和ASCII码直接转换

ord('!') # 33  Q-score 0
ord('I') # 73  Q-score 40 

chr(33) # !
chr(77) # I