一、提取样本:

提取样本见命令行:

plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample

 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)

同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”

二、提取SNP位点

plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp   

其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:

rs1

rs2

rs3

plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章

  1. 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。

    split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...

  2. 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)

    1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...

  3. Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数

    阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...

  4. Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数

    一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...

  5. Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数

    JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数                             ...

  6. 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法

    总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...

  7. R中的数据重塑函数

    1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...

  8. 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成

    孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...

  9. 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数

    孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...

随机推荐

  1. 部署ingress及使用

    一.下载yaml文件 wget https://raw.githubusercontent.com/kubernetes/ingress-nginx/master/deploy/mandatory.y ...

  2. delphi 中出现dataset not in edit or insert mode的问题

    self.ADOQuery2.Edit;self.ADOQuery2.First;while not self.ADOQuery2.Eof dobeginself.ADOQuery2.FieldByN ...

  3. todo项目总结

    vue+webpack项目工程配置 1.vue-loader+webpack项目配置 2.webpack配置项目加载各种静态资源 3.webpack-dev-server的配置和使用 安装: pack ...

  4. MySQL创建远程用户并授权

    今天需要在本地测试系统功能,因为本地没有数据库,就需要在程序里面连接远程数据库: 先用ssh登录远程服务器,用root连上数据库看看情况: mysql> select Host,User,Pas ...

  5. jQuery AJAX获取JSON数据解析多种方式示例

    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/ ...

  6. Eclipse配置C++时的三个关键环境变量

    ECLIPSE下载很简单,然后装上MinGW,安装就完成了,关键是要配置三个环境变量 include——C:\MinGW\include lib——C:\MinGW\lib path——C:\MinG ...

  7. 三星 SCX-4521NS 网络打印机 在XP 下 强行 设置 安装

    添加打印机加上之后,图标是半虚的,状态脱机,网上找了很多方法都不好使. 包括官方的:http://www.samsung.com/cn/support/skp/faq/442292 然后死马当活马医, ...

  8. orcale增加列脚本

    --编号declare v_cnt number; V_SQL VARCHAR2 (500) := '';begin select count(*) into v_cnt from dual wher ...

  9. gauss——seidel迭代

    转载:https://blog.csdn.net/wangxiaojun911/article/details/6890282 Gauss–Seidelmethod 对应于形如Ax = b的方程(A为 ...

  10. Nginx+uwsgi部署 Diango(生产环境)

    环境:CentOS6.5 + Nginx1.11.5 + Python3.5.2 1. 安装基础软件包 yum install -y zlib-devel bzip2-devel \ pcre-dev ...