一、提取样本：

提取样本见命令行：

plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample

　其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID）

同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove”

二、提取SNP位点

plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp 　　

其中，snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行：

rs1

rs2

rs3

plink提取指定样本的数据（keep函数）的更多相关文章

  1. 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串，并返回一个整数。

    split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...

  2. 使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）

    1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...

  3. Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数

    阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...

  4. Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数

    一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...

  5. Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数

    JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数                             ...

  6. 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法

    总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...

  7. R中的数据重塑函数

    1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...

  8. 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成

    孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...

  9. 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数

    孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...

随机推荐

  1. 本地git连接远程github

    git要连接GitHub仓库,是通过SSH加密连接的,所以必须要创建SSH key ssh-key -t rsa -C "youremail@example.com" 这里邮箱必须 ...

  2. kibana——es的批量操作

    一·_mget: 1.创建的索引如下: 2.批量查询: #查询两个 GET _mget { "docs":[ { "_index":"testdb&q ...

  3. jQuery的each使用陷阱

    注意:jQuery使用each()函数进行循环时发现return false不能阻止程序继续向下执行 原因如下: (1)开始还以为是jQuery的each()函数是异步执行的,所以导致出错,其实不是. ...

  4. Java对象clone()的测试

    Object中自带native clone()方法. 研究了一下用法. public class DeepCopyTest { public static void main(String[] arg ...

  5. 用dbExpress页的SQLConnection1连接sql server2000怎么设置。 [问题点数：0分]

    在d7或者c6已经支持了. 贡献一下我的代码吧:dbeConn:= TSQLConnection.Create(nil);       dbeConn.Params.Clear;       dbeC ...

  6. 三、zookeeper安装

    一.简介 二.下载解压: #wget http://mirrors.hust.edu.cn/apache/zookeeper/zookeeper-3.4.12/zookeeper-3.4.12.tar ...

  7. vue实例相关

    第一种方法要比第二种更省事 if (!row.alert_at) return; if(row.alert_at){ } else { } v-for="todo in list" ...

  8. Logging - MVC Using Log4net Save to File and Database

    第一步:创建Config文件夹和log4net.config 第二步:在log4net.confg黏贴以下配置 <?xml version="1.0" encoding=&q ...

  9. C++：如何正确的定义一个接口类

    C++中如何定义接口类?首先给接口类下了定义:接口类应该是只提供方法声明,而自身不提供方法定义的抽象类.接口类自身不能实例化,接口类的方法定义/实现只能由接口类的子类来完成. 而对于C++,其接口类一 ...

  10. Antenna Placement POJ - 3020 二分图匹配 匈牙利 拆点建图 最小路径覆盖

    题意:图没什么用  给出一个地图 地图上有 点 一次可以覆盖2个连续 的点( 左右 或者 上下表示连续)问最少几条边可以使得每个点都被覆盖 最小路径覆盖       最小路径覆盖=|G|-最大匹配数 ...