RAxML安装
1.下载解压
$ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip
$ unzip standard-RAxML-master.zip
$ cd standard-RAxML-master
2.安装
在 Linux 按 CPU 的计算速度,有 3 种版本: 标准版, SSE3 和 AVX 版本。 按并行化方式有 4 种版本: Sequential, Pthreads, MPI, Hybrid Pthreads/MPI 。可以编译出 12 个不同版本的 RAxML 程序。 SSE3 版本比标准版快 ~40%, AVX 版本比 SSE3 版本快 10~30% 。 与 CPU 支持有关。
$ make -f Makefile.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.SSE3.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.PTHREADS.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.MPI.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.SSE3.MPI.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.MPI.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.HYBRID.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.SSE3.HYBRID.gcc
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.HYBRID.gcc
$ rm *.o
3.设置环境变量
$ cd ..
$ mv standard-RAxML-master /opt/biosoft/RAxML-8.0.26
$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.0.26/'
>> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
RAxML安装的更多相关文章
- 从零开始学生信-orthofinder的安装和使用-基因家族分析
[环境变量]注释掉conda3,source ~/.bashrc conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作. # 由于是刚开始搭建,这里没有给o ...
- docker——容器安装tomcat
写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7 ...
- 网络原因导致 npm 软件包 node-sass / gulp-sass 安装失败的处理办法
如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更 ...
- Sublime Text3安装JsHint
介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Su ...
- Fabio 安装和简单使用
Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的 ...
- gentoo 安装
加载完光驱后 1进行ping命令查看网络是否通畅 2设置硬盘的标识为GPT(主要用于64位且启动模式为UEFI,还有一个是MBR,主要用于32位且启动模式为bois) parted -a optima ...
- Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part3:db安装和升级
Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part3:db安装和升级 环境:OEL 5.7 + Oracle 10.2.0.5 RAC 5.安装Database软件 5. ...
- Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part1:准备工作
Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part1:准备工作 环境:OEL 5.7 + Oracle 10.2.0.5 RAC 1.实施前准备工作 1.1 服务器安装操 ...
- 【原】nodejs全局安装和本地安装的区别
来微信支付有2年多了,从2年前的互联网模式转变为O2O模式,主要的场景是跟线下的商户去打交道,不像以往的互联网模式,有产品经理提需求,我们帮忙去解决问题. 转型后是这样的,团队成员更多需要去寻找业务的 ...
随机推荐
- Win下必备神器之Cmder
诚言,对于开发码字者,Mac和Linux果断要比Windows更贴心;但只要折腾下,Windows下也是有不少利器的.之前就有在Windows下效率必备软件一文中对此做了下记载:其虽没oh-my-zs ...
- [转] Java程序员学C#基本语法两个小时搞定(对比学习)
Java程序员学C#基本语法两个小时搞定(对比学习) 对于学习一门新的语言,关键是学习新语言和以前掌握的语言的区别,但是也不要让以前语言的东西,固定了自己的思维模式,多看一下新的语言的编程思想. ...
- python MRO:C3算法
http://www.codeweblog.com/python-mro-c3%E7%AE%97%E6%B3%95/ 在 python 2.2 之后,python 实现了一个新的MRO算法:C3算法, ...
- Urozero Autumn 2016. NCPC 2016
A. Artwork 倒过来并查集维护即可. #include<cstdio> #include<algorithm> using namespace std; const i ...
- goroutine 和线程的区别
好久没写点儿啥了,强行更新一下. 1,从使用上讲 1,goroutine 比线程更轻量级,可以创建十万.百万不用担心资源问题. 2,goroutine 和 chan 搭配使用,实现多线程.高并发 实现 ...
- 编写程序,将来自文件中的行保存在一个vector<string>,然后使用一个istringstream 从vector中读取数据,每次读一个单词
#include<fstream> #include <vector> #include<string> #include<iostream> #inc ...
- 如何根据checkbox的值进行勾选!例:我要勾选value等于scanbuy,terminal的复选框!
微商城 随手购 自助购 <div class="controls" id="client"> <input id="mall&quo ...
- 利用PIL和Selenium实现页面元素截图
预备 照张相片 selenium.webdriver可以实现对显示页面的截图: from selenium import webdriver dr = webdriver.Firefox() dr.g ...
- 微信公众号_订阅号_爬虫puppeteer
puppeteer 借助 puppeteer 库实现爬虫,puppeteer 提供了高级 api 接口来操作 chrome 来 npm install puppeteer --save-dev ...
- [LeetCode] Kth Largest Element in a Stream 数据流中的第K大的元素
Design a class to find the kth largest element in a stream. Note that it is the kth largest element ...