poj 2278 DNASequnce AC自动机
地址:http://poj.org/problem?id=2778
题目:
Time Limit: 1000MS | Memory Limit: 65536K | |
Total Submissions: 15453 | Accepted: 5964 |
Description
Suppose that DNA sequences of a species is a sequence that consist of A, C, T and G,and the length of sequences is a given integer n.
Input
Next m lines each line contain a DNA genetic disease segment, and length of these segments is not larger than 10.
Output
Sample Input
4 3
AT
AC
AG
AA
Sample Output
36 思路: 用病毒源建立ac自动机,然后所有节点可看做状态转移图。呃,懒得画图了,你们可以百度下。然后根据转移图建立矩阵,之后快速幂即可。
之前一直忘了把end【x】为1的节点的所有子节点的end标记为1,wa的不省人事。
#include <queue>
#include <cstring>
#include <cstdio>
using namespace std; const long long mod=1e5;
struct MM
{
int r,c;
long long mx[][];
MM(int rr=,int cc=){r=rr,c=cc;}
friend MM operator *(MM ta,MM tb)
{
MM tc(ta.r,tb.c);
for(int i=;i<tc.r;i++)
for(int j=;j<tc.c;j++)
{
tc.mx[i][j]=;
for(int k=;k<tb.r;k++)
tc.mx[i][j]=(tc.mx[i][j]+ta.mx[i][k]*tb.mx[k][j])%mod;
}
return tc;
}
friend MM operator ^(MM ta,int num)
{
MM ret(ta.r,ta.c); //r==c
memset(ret.mx,,sizeof ret.mx);
for(int i=;i<ta.r;i++) ret.mx[i][i]=; //µ¥Î»¾ØÕó
while(num)
{
if(num&)
ret=ta*ret;
num>>=;
ta=ta*ta;
}
return ret;
}
}mm;
struct AC_auto
{
const static int LetterSize = ;
const static int TrieSize = *; int tot,root,fail[TrieSize],end[TrieSize],next[TrieSize][LetterSize]; int newnode(void)
{
memset(next[tot],-,sizeof(next[tot]));
end[tot] = ;
return tot++;
} void init(void)
{
tot = ;
root = newnode();
} int getidx(char x)
{
if(x=='A')return ;
else if(x=='C')return ;
else if(x=='G')return ;
else return ;
} void insert(char *ss)
{
int len = strlen(ss);
int now = root;
for(int i = ; i < len; i++)
{
int idx = getidx(ss[i]);
if(next[now][idx] == -)
next[now][idx] = newnode();
now = next[now][idx];
}
end[now]=;
} void build(void)
{
queue<int>Q;
fail[root] = root;
for(int i = ; i < LetterSize; i++)
if(next[root][i] == -)
next[root][i] = root;
else
fail[next[root][i]] = root,Q.push(next[root][i]);
while(Q.size())
{
int now = Q.front();Q.pop();
if(end[fail[now]])end[now]=;
for(int i = ; i < LetterSize; i++)
if(next[now][i] == -) next[now][i] = next[fail[now]][i];
else
fail[next[now][i]] = next[fail[now]][i],Q.push(next[now][i]);
}
} int buildmm(int n)
{
int cnt = ;
mm.c=mm.r=tot;
for(int i = ; i < tot; i++)
for(int j = ; j < ; j++)
if(!end[next[i][j]])
mm.mx[i][next[i][j]]++;
mm=mm ^ n;
for(int i = ; i < tot; i++)
cnt = (cnt + mm.mx[][i]) % mod;
return cnt;
}
}; AC_auto ac;
char sa[];
int main(void)
{
int n,m;
scanf("%d%d",&n,&m);
ac.init();
for(int i=;i<=n;i++)
scanf("%s",sa),ac.insert(sa);
ac.build();
printf("%d\n",ac.buildmm(m));
return ;
}
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