git clone https://github.com/marbl/canu.git
cd canu/src
make -j <number of threads>
使用实例:

canu -p prefix_name -d /CloudHealth/softwares/canu/Linux-amd64/bin  genomeSize=3g  -pacbio-raw  subreads.fastq  gnuplotTested=true useGrid=false maxMemory= maxThreads= ovsMethod=sequential

人类基因组三代组装: cano的更多相关文章

  1. 安装三代组装canu、smartdenovo、wtdbg及矫正软件Racon、Nanopolish的安装

    1)三代组装软件 ------------------------------------------------------------------canu--------------------- ...

  2. Pacbio 纯三代组装复活草基因组

    对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...

  3. 【转】NG:垂枝桦基因组图谱构建(2+3组装)及重测序分析

    转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...

  4. 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施

    目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...

  5. 10X Genomics vs. PacBio

    10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在i ...

  6. Falcon:三代reads比对组装工具箱

    主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集 ...

  7. Pacbio三代基因组组装简介

    参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?

  8. 三代PacBio reads纠错 - 专题

    三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...

  9. PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析

    参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...

随机推荐

  1. zabbix3.4.7 饼图显示问题

    最近安装了zabbix3.4.7,发现系统自带Template OS Linux模版饼图(Pie)有两个问题: Total disk space on / 显示为 no data,也就是没有数据: 把 ...

  2. 7 python 模块间相互导入

    python在不同层级目录import模块的方法 注意,在python3里,即使目录下没__int__.py文件也能创建成功,猜应该是解释器优化所致,但创建包还是要记得加上这个文件 吧. 1.模块的分 ...

  3. Datetime 24小时制

    24小时制: DateTime dt = DateTime.Now; string dt24 = dt.ToString("yyyy-MM-dd HH:mm:ss"); 12小时制 ...

  4. Apache Hive 执行HQL语句报错 ( 10G )

    # 故障描述: hive > , ) as uuid, count(distinct(request_body["uuid"])) as count from log_bft ...

  5. Implementing the On Item Checked Event for the TListView Control

    The TListView Delphi control displays a list of items in a fashion similar to how Windows Explorer d ...

  6. Mysql生成索引的方式

    1.选择索引的数据类型 MySQL支持很多数据类型,选择合适的数据类型存储数据对性能有很大的影响.通常来说,可以遵循以下一些指导原则: (1)越小的数据类型通常更好:越小的数据类型通常在磁盘.内存和C ...

  7. Dynomite 安装配置

    Dynomite受Dynamo白皮书的启发,是一种用于不同存储引擎和协议的轻量级的分布式的Dynamo层. 目前包括Redis和Memcached. Dynomite支持多数据中心复制,旨在实现高可用 ...

  8. 2017面向对象程序设计(Java)第三周学习总结

    白驹过隙,日月如梭,一转眼,我们已经度过了第三周的学习时光,随着时间的一天天流逝,我么对知识的积累也逐渐增多.当然,我们还有许许多多需要改进的地方.下面,我将对第三周的助教工作进行总结,望老师及同学们 ...

  9. 获取iframe内的元素

    $("#iframeID").contents().find("#index_p") 2获取父窗体的值 $('#father', parent.document ...

  10. jquery 判断checkbox是否被选中问题

    1.jquery库2以上 $("#checkbox_check").click(function(){ alert($(this).prop("checked" ...