subprocess module

subprocess 主要用于执行外部命令和程序， 极大的增强了Python的功能。

比如你要用bowtie, 你可以在python中调用这个程序。

运行python时，我们都是在创建并运行一个进程， 一个进程又可以fork， exec另一个进程，这个进程为前一个进程的子进程，在这里python是父进程， 调用bowtie的进程是子进程。

几个封装函数：

1， call()

父进程等待子进程完成， 如果没有出现错误，返回returncode 0

eg:

subprocess.call('samtools view -H %s'%'p2_checkSNP.bam', shell=True)

>>> call('cd ..', shell=True)
0                                      #子进程正常结束，返回returncode 0
>>> call('ls ..', shell=True)
AHRD    auto_ahrd.py       matplotlib  vcf_filter     vcfclass     
CBIISS  call_snp_pipeline  vcf_diff    vcf_statistic
0                                     #子进程正常结束，返回returncode 0

2， check_call()

父进程等待子进程完成， 并且会检查退出信息，如果returncode 不是0， 会举出subprocess.CallProcessError错误。所以可以利用try,...except...来检查

>>> obj = check_call('ls .', shell = True)
bar_plot.py             findAbase.py       line_plot.py
callbase.py             genotyperange      p2_checkSNP.bam
callbase_HTSeq.py       genotyperange.py   p2_checkSNP.bam.bai
callbasepipe            genotyperange.pyc  split_vcf.py
compare_accuracy        getRAlist.py
concatenate_results.py  inter_vcf.py
>>> obj
0

3，check_output()

父进程等待子进程完成， 返回子进程向标准输出的输出结果。也会检查退出信息，如果不为0，举出subprocess.CallProcessError错误。

该对象有returncode 和 output 属性。output为标准输出结果

服务器的python版本是2.6.6 不能用！２.７.６可以用。。。。

上面的三个函数都是基于Popen的封装。封装只是为了让我们更容易使用，功能最全的还是要用Popen类。该类生成的对象用来代表子进程。对象创建后，主程序不会等待子进程完成。

如果想让主程序等待子进程完成后再执行，必须调用对象的wait（）方法。

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#/usr/lib/python
  
  import subprocess
  child = subprocess.Popen('ls .', shell = True)
  print 'wo zai child hou mian!'

执行：

wo zai child hou mian!                     #你会看到print语句并没有等待fork的子进程结束就先执行了
bar_plot.py        concatenate_results.py  getRAlist.py         split_vcf.py
callbase.py        findAbase.py            inter_vcf.py         testsubprocess
callbase_HTSeq.py  genotyperange           line_plot.py
callbasepipe       genotyperange.py        p2_checkSNP.bam
compare_accuracy   genotyperange.pyc       p2_checkSNP.bam.bai

##########################################################

#/usr/lib/python
 
 import subprocess
 child = subprocess.Popen('ls .', shell = True)
 child.wait()                 #调用了wait方法
 print 'wo zai child hou mian!'

bar_plot.py        concatenate_results.py  getRAlist.py         split_vcf.py
callbase.py        findAbase.py            inter_vcf.py         testsubprocess
callbase_HTSeq.py  genotyperange           line_plot.py
callbasepipe       genotyperange.py        p2_checkSNP.bam
compare_accuracy   genotyperange.pyc       p2_checkSNP.bam.bai
wo zai child hou mian!            #你可以看到print等到子进程结束后才执行。

下面说一下对子进程的文本流控制

子进程的标准输入，标准输出，标准错误：

child.stdin

child.stdout

child.stderr

可以用subprocess.PIPE将多个子进程的输入和输出连接在一起。构成管道pipe

subprocess.PIPE 其实是为文本流提供一个缓存区，各个子进程可以在缓存区读取写入数据，直到communicate方法取出缓存区的文本。communicate（）是Popen对象的一个方法，该方法会阻塞父进程，直到子进程完成。

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#/usr/lib/python
 
  import subprocess
  child = subprocess.Popen('ls .', shell = True, stdout=subprocess.PIPE)
  out = child.communicate()  #返回chid的标准输出和标准错误输出，是一个元组，第一个元素为标准输出，字符串。第二个是标准错误输出，如果没有错误的话就是None. 
  print out
  print 'wo zai ob j hou mian!'

('bar_plot.py\ncallbase.py\ncallbase_HTSeq.py\ncallbasepipe\ncompare_accuracy\nconcatenate_results.py\nfindAbase.py\ngenotyperange\ngenotyperange.py\ngenotyperange.pyc\ngetRAlist.py\ninter_vcf.py\nline_plot.py\np2_checkSNP.bam\np2_checkSNP.bam.bai\nsplit_vcf.py\ntestsubprocess\n', None)            #没有错误，所以元组的第二个元素是None。
wo zai ob j hou mian!         #print 语句等待了子进程的结束才输出。因为communicate会阻塞父进程

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#/usr/lib/python
  
   import subprocess
   child1 = subprocess.Popen('ls .', shell = True, stdout=subprocess.PIPE)           #将标准输出放到缓存区
   child2 = subprocess.Popen('ls -hl', shell = True, stdin=child1.stdout)  #标准输入为child1的标准输出， 如果想要将child2的标准输出不显示， 也可以放到subprocess.PIPE缓存区中，供下游使用。如果想要去除child2的标准输出，可以用child2.stdout.read()方法。只取出标准输出，而不用取出含有标准错的元组。等价于child2.communicate()[0], 即元组的第一个元素。

print 'wo zai ob j hou mian!'

by freemao

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