【179】IDL 读写 NetCDF 文件
NetCDF(network Common Data Form)由位于科罗拉多州波尔市的 Unidata 程序中心开发,主要应用于大气科学的研究。NetCDF 的数据模式具有简单性和灵活性的特点。NetCDF 文件的基本组成为变量、属性和维数:
- 变量为标量或多维数组。NetCDF 所支持的 IDL 数据类型有 string、byte、int、long、float 和 double
- 属性包含一个变量或这个文件的附加性质。包含变量信息(如单位、有效范围、尺度因子等)的属性称作变量属性;包含文件信息的属性称作全局属性。属性可以是标量或一维数组,支持的数据类型为 string、byte、int、long、float 和 double
- 维数为长整形标量,记录了一个或多个变量的大小
参考:NetCDF 格式文件入门参考:NetCDF 入门
从数学上来说,NetCDF 存储的数据就是一个多自变量的单值函数。 用公式来说就是 f(x,y,z,...) = value,函数的自变量 x,y,z 等在 NetCDF 中叫做维 (dimension) 或坐标轴 (axis),函数值 value 在 NetCDF 中叫做变量 (Variables)。而自变量和函数值在物理学上的一些性质,比如计量单位 (量纲)、物理学名称等等在 NetCDF 中就叫属性 (Attributes)。
注意:IDL读取数据与在其他软件上显示的数据位置相反,左上对右下!
注意:NetCDF记录数据与实际数据是通过一个数量关系获取的,如下图所示:
实际结果 = 显示结果 × scale_factor + add_offset
数据:可以从 http://www.gumley.com 中下载这些例子的数据文件:
- image.nc
- sao.nc
常用的 NetCDF 程序
名 称 | 功 能 | 名 称 | 功 能 |
NCDF_OPEN() | 打开一个 NetCDF 文件 | NCDF_ATTNAME() | 返回一个属性名称 |
NCDF_CLOSE | 关闭一个 NetCDF 文件 | NCDF_CREATE() | 创建一个 NetCDF 文件 |
NCDF_VARID() | 返回一个变量标识符 | NCDF_DIMDEF() | 创建一个维度 |
NCDF_VARGET | 读取一个变量 | NCDF_VARDEF() | 创建一个变量 |
NCDF_ATTGET | 读取一个属性 | NCDF_ATTPUT | 写入属性数据 |
NCDF_INQUIRE() | 返回文件信息 | NCDF_CONTROL | 开始或结束定义模式 |
NCDF_VARINQ() | 返回变量信息 | NCDF_VARPUT | 写入变量数据 |
常用的标准 NetCDF 文件属性
属性名称 | 定 义 |
long_name | 详细描述变量的字符串(如“Northwards velocity component”) |
units | 描述变量单位的字符串(如“meters/second”) |
valid_range | 一个两元素的数组,包含变量有效的最小和最大值(如 [0.0, 5.0]), 该属性的类型必须和变量类型一致 |
scale_factor | 变量读取以后作用于变量的一个乘数(允许 float 值存在 short 或 byte 类型), 该属性的类型必须和需要的变量类型一致(如浮点型) |
add_offset | 变量读取完毕,并且 scale_factor 使用后,加入到变量的一个偏值, 该属性的类型必须和需要的变量类型一致(如浮点型) |
FillValue | 表示没有数据写入的一个值,该属性的类型必须和变量的类型一致 |
- NCDF_OPEN:【函数】打开一个 NetCDF 文件,返回值是这个文件的 NetCDF ID 值。
语法:Result = NCDF_OPEN( Filename [, /NOWRITE | , /WRITE] ) - NCDF_CLOSE:关闭一个 NetCDF 文件。
语法:NCDF_CLOSE, Cdfid - NCDF_VARID:【函数】返回一个变量标识符,变量 ID,如果返回值为 -1 说明变量不存在。
语法:Result = NCDF_VARID(Cdfid, Name) - NCDF_VARGET:读取一个变量。
语法:NCDF_VARGET, Cdfid, Varid, Value [, COUNT=vector] [, OFFSET=vector] [, STRIDE=vector]
说明:Cdfid 是 NCDF_OPEN 函数获取的返回值;
Varid 是 NCDF_VARID 函数获取的返回值;
Value 是读取变量的结果;
COUNT 是每维中读取元素的数目(默认情况是从当前 offset 的位置到每维的最后一个元素);
OFFSET 是每维中读取的第一个元素(从零开始,默认为 [0, 0, ... ,0];
STRIDE 是在每维中提取的间隔(默认为 [1, 1, ... , 1],意味着每个元素均被选中)。
注意:如果 offset、count 或 stride 导致变量超出了范围,则 IDL 在读取时将舍去超出的部分,并给出错误信息。
image.nc 在 HDFView 中显示如下:
IDL> cd, 'F:\IDL\netCDF'
IDL> cdfid = ncdf_open('image.nc')
IDL> varid = ncdf_varid(cdfid, 'image')
IDL> ncdf_varget, cdfid, varid, data
IDL> help,data
DATA BYTE = Array[, ]
IDL> tvscl, dataIDL> cdfid = ncdf_open('image.nc')
IDL> varid = ncdf_varid(cdfid, 'image')
IDL> ncdf_varget, cdfid, varid, data, offset=[,], count=[,], stride=[,]
IDL> help, data
DATA BYTE = Array[, ]
IDL> tvscl, dataIDL> ncdf_varget, cdfid, varid, data, offset=[,], count=[,], stride=[,]
% NCDF_VARGET: Requested read is larger than data in dimension . Reducing COUNT
to . - NCDF_ATTGET:读取一个属性。
语法:NCDF_ATTGET, Cdfid [, Varid] , Name, Value [, /GLOBAL]
说明:Name 是包含属性名称的字符串;
Value 获取变量结果。IDL> cdfid = ncdf_open('sao.nc')
IDL> varid = ncdf_varid(cdfid, 'PRECIP')
IDL> ncdf_attget, cdfid, varid, 'long_name', attvalue
IDL> print, attvalue IDL> string(attvalue)
precipitation amount - NCDF_INQUIRE:返回文件信息
【函数】返回值是一个结构体,{ NDIMS:0L, NVARS:0L, NGATTS:0L, RECDIM:0L }
说明:Ndims 这个 NetCDF 文件定义维度的数目;
Nvars 这个 NetCDF 文件定义变量的数目;
Ngatts 这个 NetCDF 文件定义全局属性的数目;
RecDim The ID of the unlimited dimension, if there is one, for this NetCDF file. If there is no unlimited dimension, RecDim is set to -1.
语法:Result = NCDF_INQUIRE(Cdfid) - NCDF_VARINQ:返回变量信息
【函数】返回值是一个结构体,{ NAME:"", DATATYPE:"", NDIMS:0L, NATTS:0L, DIM:LONARR(NDIMS) }
说明:Name 变量的名称;
DataType 变量数据类型,'BYTE', 'CHAR', 'INT', 'LONG', 'FLOAT', or 'DOUBLE';
Ndims 维度的数目;
Natts 给这个变量分配属性的数目;
Dim A vector of the dimension IDs for the variable dimensions.
语法:Result = NCDF_VARINQ(Cdfid, Varid)Function ncdf_vardir, cdfid
;- Check arguments
if(n_params() ne ) then $
message, 'Usage: result=ncdf_vardir(cdfid)'
if(n_elements(cdfid) eq ) then $
message, 'Argument cdfid is undefined' ;- Set default return value
varnames='' ;- Get file information
fileinfo = ncdf_inquire(cdfid)
nvars=fileinfo.nvars ;- If variables were found, get variable names
if(nvars gt ) then begin
varnames = strarr(nvars)
for index = 0L, nvars - 1L do begin
varinfo = ncdf_varinq(cdfid, index)
varnames[index] = varinfo.name
endfor
endif ; -return the result
return, varnames
endIDL> cdfid = ncdf_open('sao.nc')
IDL> varnames = ncdf_vardir(cdfid)
IDL> help, varnames
VARNAMES STRING = Array[]
IDL> print, varnames
id region time lat lon elev T TD PSL ALTIM SPD
DIR GUST WX ZCL CC cloudtype VIS Ptend delP
PRECIP reftime_PRECIP Tmax Tmin remarks - NCDF_ATTNAME:返回一个属性名称。
【函数】返回属性名称,如果没有,就返回空。
语法:Result = NCDF_ATTNAME( Cdfid [, Varid] , Attnum [, /GLOBAL]) - NCDF_CREATE:创建一个 NetCDF 文件。
【函数】创建成功的话就会返回 NetCDF ID 值。文件自动转入定义模式(define mode),意味着新的变量、属性和维度可以加入文件中。
语法:Result = NCDF_CREATE( Filename [, /CLOBBER | /NOCLOBBER] [, /NETCDF3_64BIT] [, /NETCDF4_FORMAT] )
说明:CLOBBER 设置此关键字,并且文件存在,那么在创建新的版本之前直接擦除文件内容;
NOCLOBBER 设置此关键字,只有不存在此文件的情况下才能创建成功,否则报错。 - NCDF_DIMDEF:创建一个维度。
【函数】如果成功,返回维度的 ID 值。
语法:Result = NCDF_DIMDEF( Cdfid, DimName, Size [, /UNLIMITED] )
说明:DimName 被定义纬度的字符串名称;
Size 维度的大小。可以用任何数量的表达式来表达。如果使用了关键字 UNLIMITED,Size 相当于无效;
UNLIMITED 设置此关键字可以创建一个无限大小的维度。 - NCDF_VARDEF:创建一个变量。
【函数】如果成功,返回变量的 ID 值。如果不能创建这个新的变量,就会返回-1。
语法:Result = NCDF_VARDEF( Cdfid, Name [, Dim] [, /BYTE | , /CHAR | , /DOUBLE | , /FLOAT | , /LONG | , /SHORT] [, CHUNK_DIMENSIONS] [, /CONTIGUOUS] [, GZIP=value] [, /SHUFFLE] [, /STRING] [, /UBYTE] [, /UINT64] [, /ULONG] [, /USHORT])
说明:如果类型关键字没有数据,默认使用 FLOAT;
Dim 包括变量维度的 dimension IDs。如果 ID 是无限大小的,那必须放在数组的最右面。如果没有设置 Dim,变量默认为一个标量。 - NCDF_ATTPUT:写入属性数据。
语法:NCDF_ATTPUT, Cdfid [, Varid] , Name , Value [, /GLOBAL] [, LENGTH=value] [, /BYTE | , /CHAR | , /DOUBLE | , /FLOAT | , /LONG | , /SHORT] [, /STRING] [, /UBYTE] [, /UINT64] [, /ULONG] [, / USHORT]
说明:GLOBAL 设置此关键字去创建全局属性。 - NCDF_CONTROL:开始或结束定义模式。
语法:NCDF_CONTROL, Cdfid [, /ABORT] [, /ENDEF] [, /FILL | , /NOFILL] [, /NOVERBOSE | , /VERBOSE] [, OLDFILL=variable] [, /REDEF] [, /SYNC]
说明: 设置此关键字可以将一个打开的 NetCDF 文件结束定义模式(define mode),进入数据模式(data mode)文件只有在数据模式下才能写入变量。 - NCDF_VARPUT:写入变量数据。
语法:NCDF_VARPUT, Cdfid, Varid, Value [, COUNT=vector] [, OFFSET=vector] [, STRIDE=vector] - :
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