Docker方式安装QIIME 2

# 下载最新版QIIME 2

docker pull qiime2/core:2017.7

# 测试是否安装成功

docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 qiime

# 启动docker命令行，挂载目录至/mnt/hgfs/2017目录，退出自动移除

docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7

这就相当于打开了一个软件工作环境，目录/mnt/hgfs/2017为当前工作目录，可方便分析数据

 

删除镜像

先删除由这个镜像启动的容器

docker rm eef3648a6e77

eef3648a6e77是容器id

删除镜像

docker rmi 195eb90b5349

195eb90b5349是镜像id

 

启动QIIME 2运行环境

 我们每次在分析数据前，需要打开工作环境

# 创建工作目录并进入

mkdir -p qiime2
cd qiime2

# 如果是docker安装方式的请运行如下命令

docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7