一 建立索引

  比对之前,需要对fasta文件构建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta

  生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa四个文件。

  起可参数 -a 有两种构建index算法: bwtsw 大的基因组数据,必须大于10MB,比如人的全基因组. is 默认的算法,速度较快,需要较大的内存,不能构建大于2GB的数据库

       -P  str  输出数据库的前缀,默认和输入的文件名一致。

二 比对

  1.  aln:  bwa aln hg19.fasta fq1.gz > aln_sa1.sai

         bwa aln hg19.fasta fq2.gz > aln_sa2.sai

         bwa sampe hg19.fasta aln_sa1.sa aln_sa2.sai fq1.gz fq2.gz > aln.sam

http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/

bwa用法的更多相关文章

  1. 转:bwa的使用方法

    bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .f ...

  2. bwa的使用方法

    bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .f ...

  3. 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  4. 1、转载 bwa的使用方法

    http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml http://www.plob.org/?p=25 bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome ...

  5. EditText 基本用法

    title: EditText 基本用法 tags: EditText,编辑框,输入框 --- EditText介绍: EditText 在开发中也是经常用到的控件,也是一个比较必要的组件,可以说它是 ...

  6. jquery插件的用法之cookie 插件

    一.使用cookie 插件 插件官方网站下载地址:http://plugins.jquery.com/cookie/ cookie 插件的用法比较简单,直接粘贴下面代码示例: //生成一个cookie ...

  7. Java中的Socket的用法

                                   Java中的Socket的用法 Java中的Socket分为普通的Socket和NioSocket. 普通Socket的用法 Java中的 ...

  8. [转载]C#中MessageBox.Show用法以及VB.NET中MsgBox用法

    一.C#中MessageBox.Show用法 MessageBox.Show (String) 显示具有指定文本的消息框. 由 .NET Compact Framework 支持. MessageBo ...

  9. python enumerate 用法

    A new built-in function, enumerate() , will make certain loops a bit clearer. enumerate(thing) , whe ...

随机推荐

  1. asp.net中按钮回车事件(转自http://www.cnblogs.com/adinet/archive/2013/03/03/2941424.html)

    在做ASP.net WEB应用的时候,常常遇到会在同一个页面里添加多个按钮,而每个按钮肯定都会触发页面回送事件. 在ASP.NET中,只能指定一个带有runat="server"的 ...

  2. For Your Dream

    队名:Braveheart 队员介绍: 队长:李洋洋 队员:姚欢,杨仁波,张波,乔闯 项目名称:数据沈航 总体任务: 收集整理学校的数据,为每个想要了解沈航的人展现一份我们收集来的信息 项目分组: ( ...

  3. WKWebView _WebFilterIsActive returning: NO

    写这篇文是因为在UIWebView加载页面的时候有时候会返回: filterBlacklist = ( ); filterWhitelist = ( ); restrictWeb = 1; useCo ...

  4. FlASK中的endpoint问题

    先贴一点有关的flask代码,时间有限,我慢慢扩充 以下是flask源码中app.py中add_url_rule的代码. 主要是view_func  -- endpoint -- url 之间的对应关 ...

  5. MySQL For Windows Zip解压版安装

    前言 Windows 下 MySQL 有msi和zip解压安装版两种,而zip版只需解压并做简单配置后就能使用,我个人比较喜欢这种方式. 注意我们这里说的MySQL是指MySQL服务器,有很多初学的同 ...

  6. Hello mybatis

    idea玩mybatis,终于搞出个hello mybatis.记录下过程,备忘. 1.person表 CREATE TABLE `person` ( `id` ) NOT NULL AUTO_INC ...

  7. 如何优雅的实现INotifyPropertyChanged接口

    INotifyPropertyChanged接口在WPF或WinFrom程序中使用还是经常用到,常用于通知界面属性变更.标准写法如下: class NotifyObject : INotifyProp ...

  8. H5 JS API 02

    1.1 网络状态 我们可以通过window. navigator.onLine来检测,用户当前的网络状况,返回一个布尔值,这个不能实时的通知. addEventListener 进行绑定online从 ...

  9. ubuntu 配置nginx+php+mysql 遇到的一些问题

    /* 公司内网打算配置一台ubuntu为主机的测试服务器.刚好手头有一个昂达的主机,装的windows 声音又大,还不如直接装ubuntu .声音又小,还占用资源少. */ 刚开始安装php5 结果提 ...

  10. kettle定时任务_第三方合作方有订单自动发送邮件通知_20161214

    由于和第三方合作,需要知道第三方合作方有了订单后通知对方,如果每天查看数据太麻烦了,因此想到了用Kettle定时任务,先判断系统里有没有订单,如果有就执行查询调取订单数据并发送邮件作业,如果没有则不执 ...