Mol Cell Proteomics. | Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches (解读人:卜繁宇)
文献名:Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches
期刊名:Molecular & Cellular Proteomics
发表时间:2019年9月
IF:4.828
单位:
- 台湾桃园长庚大学医学院
- 台湾桃园林口长庚纪念医院
- 台湾台中国立中兴大学
物种:人唾液
技术:非靶向和靶向组学组学
一、 概述:
本研究选取健康个体、口腔潜在恶性疾病(OPMD)患者及口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者的唾液,使用非靶向(iTRAQ-MS)对唾液蛋白质组进行定量分析。与非癌组(OPMD组和健康组)相比,OSCC组中67种蛋白质水平升高、18种蛋白质水平降低。使用多级反应监测(MRM-MS)进一步选择候选生物标志物并用免疫测定法验证,发现补体因子H(CFH)、纤维蛋白原α链(FGA)和α-1-抗胰蛋白酶(SERPINA1)可作为OSCC诊断的潜在唾液标志物。
二、 研究背景:
口腔鳞状细胞癌(OSCC)是世界上最常见的癌症之一。在台湾,OSCC是癌症相关死亡率的第五大原因,每年导致2800人死亡。超过50%的OSCC患者首次诊断时往往是晚期的,这迫切表明需要早期发现OSCC。本文选取唾液进行蛋白质组分析,旨在发现有潜力作为OSCC早期检测和/或预后的生物标志物。
三、实验设计:
四、研究成果:
1、整个实验过程可分为三个部分:非靶向质谱分析、靶向质谱验证和基于抗体的验证(图A),每个部分选取不同数量的唾液样本,特征如下表。
2、采用iTRAQ-MS对唾液蛋白质组进行分析,三次重复,分别鉴定出1838个蛋白质(图B)和定量了1705个蛋白质(图C)。
3、OSCC唾液蛋白质组差异表达分析。与健康对照组相比,OSCC组中有335个蛋白质过表达(图A)和312个蛋白质低表达(图C)。此外,与健康对照组相比,三次重复中共有147个差异表达蛋白,包括102个过表达和45个低表达;与OPMD对照组相比,三次重复均有173个差异表达蛋白,包括89个过表达和84个低表达。
4、与非癌组(OPMD组和健康组)相比,OSCC组中67种蛋白质水平升高、18种蛋白质水平降低,表明这些蛋白有可能成为OSCC诊断的标志物。在这些蛋白中添加稳定同位素标准肽(SIS)作为内部标准肽,进一步使用LC-MRM-MS方法筛选候选生物标志物。结果在67个蛋白中,24个蛋白在70分钟的LC-MRM-MS检测中被检测出来(如下表)。
与健康对照组相比,OSCC组中有6个蛋白显著过表达(APOA1、APOA4、CFH、FGA、SERPINA1和SERPIND1)。
5、使用sandwich ELISA在100名健康个体、55名OPMD患者和77名OSCC患者中进一步验证上述6个蛋白,发现OSCC组中CFH、FGA和SERPINA1蛋白水平显著高于健康对照组和OPMD对照组(图A)。通过ROC曲线分析进一步评价这三种蛋白的生物标志物(图B)。
五、文章亮点(结论讨论):
使用非靶向iTRAQ-MS对健康个体、OPMD患者和OSCC患者的唾液样本进行定量分析,用MRM-MS和免疫测定法验证唾液生物标志物候选物,鉴定出CFH、FGA和SERPINA1蛋白可作为口腔癌的潜在生物标志物。
阅读人:卜繁宇
原文链接:https://www.mcponline.org/content/18/9/1796.abstract
DOI: https://doi.org/10.1074/mcp.RA119.001530
Mol Cell Proteomics. | Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches (解读人:卜繁宇)的更多相关文章
- Mol Cell Proteomics. |胡丹丹| 雷公藤红素通过SIRT1-FXR 信号通路保护胆汁淤积性肝损伤
期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT ...
- Mol Cell Proteomics. | 粪便微生物蛋白质的组成与饮食诱导肥胖倾向的关联研究
题目:Associations of the Fecal Microbial Proteome Composition and Proneness to Diet-induced Obesity 期刊 ...
- Mol Cell Proteomics. | Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性)(解读人:黄旭蕾)
文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Ca ...
- Mol Cell Proteomics. | Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning (通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征) (解读人:梅占龙)
通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙 质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from se ...
- MCP|WJ|Identification of candidate plasma protein biomarkers for cervical cancer using the multiplex proximity extension assay(利用多重邻位延伸分析技术进行宫颈癌血浆蛋白候选生物标记物的鉴定研究)
文献名:Identification of candidate plasma protein biomarkers for cervical cancer using the multiplex pr ...
- Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning (解读人:闫克强)
文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectr ...
- Sample Preparation by Easy Extraction and Digestion (SPEED) - A Universal, Rapid, and Detergent-free Protocol for Proteomics based on Acid Extraction(一种使用强酸的蛋白质提取方法SPEED,普适,快速,无需去垢剂)-解读人:李思奇
期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:德国Robert Koch 研究所 物种:多种 技术:新蛋白提取和酶解方法 一. 概述: 本文设 ...
- Alterations of brain quantitative proteomics profiling revealed the molecular mechanisms of diosgenin against cerebral ischemia reperfusion effects(大脑的定量蛋白质组学揭示了薯蓣皂苷元对脑缺血再灌注效应的分子机制)
文献名:Alterations of brain quantitative proteomics profiling revealed the molecular mechanisms of dios ...
- Quantitative Proteomics of Enriched Esophageal and Gut Tissues from the Human Blood Fluke Schistosoma mansoni Pinpoints Secreted Proteins for Vaccine Development (解读人:张聪敏)
文献名:Quantitative Proteomics of Enriched Esophageal and Gut Tissues from the Human Blood Fluke Schist ...
随机推荐
- CSS--沃顿商学院网页布局
源代码: <head> 右键CSS样式--附加样式表 </head> <body> <div id="dd"> <div id ...
- 前端页面设计常见的30个CSS选择器
1. * --> 通配符选择器 * { margin: 0; padding: 0; } 星号符会选择页面每个元素.很多开发者用它把所有margin和padding归零.这当然是快捷测试 ...
- spring提供的事务配置--纯注解
spring提供的事务--纯注解 模拟转账业务 ,出错需要事务回滚,没错正常执行 事务和数据库技术都是spring的内置提供的 --------dao包--------------- IAccoun ...
- Memcached笔记——(三)Memcached使用总结
为了将N个前端数据同步,通过Memcached完成数据打通,但带来了一些新问题: 使用iBatis整合了Memcached,iBatis针对每台server生成了唯一标识,导致同一份数据sql会产生不 ...
- Django学习之路03
django项目生命周期 路由层 路由匹配 #urls中的urlpatterns #url()方法 urlpatterns = [ url(r'^admin/', admin.site.urls), ...
- python自动化测试技术-Allure
文末有源码 大部分人可能做的是爬虫和web,数据分析方面的工作,今天分享个在自动化测试领域python能做什么样的事情,比如下方,是用python+pytest+allure生成的精美自动化测试报告, ...
- lsync+rsync 实时同步(ubuntu16.04系统)
1.同步端需要安装 lsync/rsyncapt-get install lsyncd rsync2.生成ssh公钥,粘贴到目标机器里面3.创建配置文件mkdir /etc/lsyncdcat /et ...
- k8s集群搭建(三)
Dashboard安装 Kubernetes Dashboard是k8s提供基于Web的监控和操作界面,可以通过UI来显示集群的所有工作负载,除了查看资源,还是创建.编辑.更新.删除资源. 根据Kub ...
- LeetCode 题解 | 面试题 10.01. 合并排序的数组
给定两个排序后的数组 A 和 B,其中 A 的末端有足够的缓冲空间容纳 B. 编写一个方法,将 B 合并入 A 并排序. 初始化 A 和 B 的元素数量分别为 m 和 n. 示例: 输入: A = [ ...
- Ubuntu 16.04.5部署Django环境
1.安装python环境 使用如下命令安装的是3.5.x版本 sudo apt-get install python3-pip 如果使用下面的命令,会安装2.x版本的python sudo apt-g ...