【Python小试】判断一条序列GC含量高低
题目:
随便给定一条序列,如果GC含量超过65%,则认为高。
编程:
from __future__ import division #整数除法
def is_gc_rich(dna):
length = len(dna)
G_count = dna.upper().count('G')
C_count = dna.upper().count('C')
GC_content = (G_count + C_count) / length
if GC_content > 0.65:
print('GC content is high')
else:
print("GC content is normal")
测试
dna="agcTacGAcatgcacgtgcac"
is_gc_rich(dna)
解析
Python提供了__future__模块,把下一个新版本的特性导入到当前版本,于是我们就可以在当前版本中测试一些新版本的特性。
主要解决python2版本中和python3不同的一些问题,如print、整数除法、with用法、absolute_import等。上例中即引入了整数除法。
Ref:https://blog.csdn.net/zzc15806/article/details/81133045
https://www.liaoxuefeng.com/wiki/897692888725344/923030465280480
【Python小试】判断一条序列GC含量高低的更多相关文章
- perl练习——FASTA格式文件中序列GC含量计算&perl数组排序如何获得下标或者键
一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACG ...
- 【Python小试】计算蛋白序列中指定氨基酸所占的比例
编码 from __future__ import division def get_aa_percentage(protein, aa_list=['A','I','L','M','F','W',' ...
- 【Python小试】将核酸序列翻译成氨基酸序列
三联密码表 gencode = { 'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT' ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- Swift处理堆栈问题——给定两组序列,其中一个序列表示栈的push 顺序,判断另一个序列有没有可能是对应的pop 顺序
题目:输入两个整数序列.其中一个序列表示栈的push 顺序,判断另一个序列有没有可能是对应的pop 顺序.为了简单起见,我们假设push 序列的任意两个整数都是不相等的.比如输入的push 序列是1. ...
- 如何判断一条sql(update,delete)语句是否执行成功
如何判断一条sql(update,delete)语句是否执行成功 catch (SQLException e) { } catch不到错误应该就成功了. ============== ...
- python学习笔记(一)元组,序列,字典
python学习笔记(一)元组,序列,字典
- python if判断语句&计算
python对缩进要求严格,代码块里的缩进必须一样,可以常用 tab键 表示4个空格 if 条件: 代码块 else: if判断语句如下: 1 print("吃饭,喝水,回家") ...
- 【剑指offer】判断出栈序列是否合法
输入两个整数序列,第一个序列表示栈的压入顺序,请判断第二个序列是否可能为该栈的弹出顺序.假设压入栈的所有数字均不相等.例如序列1,2,3,4,5是某栈的压入顺序,序列4,5,3,2,1是该压栈序列对应 ...
随机推荐
- 8M的摄像头,30fps摄像时,60hz的LCD刷新频率,请问camera每秒向BB传输多少数据,如何计算
8M的摄像头,30fps摄像时,60hz的LCD刷新频率,请问camera每秒向BB传输多少数据,如何计算 xiang2012 Post at 2012/8/7 10:37:33 8M的摄像头,30f ...
- Vulnstack内网靶场3
Vulnstack内网靶场3 (qiyuanxuetang.net) 环境配置 打开虚拟机镜像为挂起状态,第一时间进行快照,部分服务未做自启,重启后无法自动运行. 挂起状态,账号已默认登陆,cento ...
- 链表中环的入口结点 牛客网 剑指Offer
链表中环的入口结点 牛客网 剑指Offer 题目描述 给一个链表,若其中包含环,请找出该链表的环的入口结点,否则,输出null. # class ListNode: # def __init__(se ...
- Python AttributeError: module 'sys' has no attribute 'setdefaultencoding'
Python 3 与 Python 2 有很大的区别,其中Python 3 系统默认使用的就是utf-8编码. 所以,对于使用的是Python 3 的情况,就不需要sys.setdefaultenco ...
- 开源的分布式事务框架 springcloud Alibaba Seata 的搭建使用 一次把坑踩完。。。
seata的使用 1. Seata 概述 Seata 是 Simple Extensible Autonomous Transaction Architecture 的简写,由 feascar 改名而 ...
- 【微服务理论】API + BFF
对于微服务,常见的架构模型就是API网关+服务. API网关实现鉴权.负载均衡.中间件等公共入口逻辑. 服务实现具体的业务功能. 那么,API网关设计中又有什么坑呢? 1.0版本 直接将服务穿透到外网 ...
- 2021.11.2-测试T1数独
痛苦 题目 数 独 [问题描述] 给定一个9*9矩阵,对其进行几种操作,分别是插入,删除,合并,查询,输出 主要学到了一些特别的操作. (1)备份( 本蒟蒻第一次了解到) (2)对与数据的一些特别的改 ...
- 攻防世界 Misc 新手练习区 ext3 bugku Writeup
攻防世界 Misc 新手练习区 ext3 bugku Writeup 题目介绍 题目考点 WinHex工具的使用 linux磁盘挂载mount命令 Writeup 下载附件拖进winhex分析一下,查 ...
- 在idea中使用eclipse的快捷键
settings -> keymap 常用 单行注释 Ctrl + / 多行注释 Ctrl + Shift + / 待更新 不常用(但方便) 撤销 Ctrl + Z 反撤销 Ctrl + Y 查 ...
- 『学了就忘』Linux基础命令 — 34、配置网络相关命令
目录 1.配置网络常用命令 2.ifconfig命令 3.ping命令 4.netstat 命令 使用1:查看本机开启的端口 使用2:查看本机有哪些程序开启的端口 使用3:查看所有连接 使用4:查看网 ...