1、IGV的网址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/（java环境）

　　常见的几种输入格式bam/sam(比对文件) 　　TDF(bam的精简版)　　bed（注释文件）　　gtf/gff（注释文件）

　　　　　　　　　　　　PSL(blat比对结果)　　VCF(snp,indel的信息)　　WIG（UCSC数据库推荐格式wiggle track format）　　IGV（IGV默认的格式）

2、操作指南：http://www.docin.com/p-1847147664.html

　　1、导入参考基因组：　　　　genomes >> load genome from file >> reference.fasta

　　2、导入注释文件：   　　　　file >> load  from file >> reference.gtf　　　　　　#文件要按坐标排序，已经排过

　　3、bam格式转TDF格式：　　rools >> runigvtools >> count >> sampleA.bam >> run    ,再生成另外一个sampleB.bam文件的TDF

　　　  bam文件必须和参考基因组文件同一目录下，否则失败

　　4、导入TDF文件：　　　　　file >> load  from file >>sampleA.bam.tdf  ；file >> load  from file >>sampleB.bam.tdf

　　5、导入甲基化文件（IGV格式）：file >> load  from file >> sampleA.igv ;file >> load  from file >> sampleB.igv

　　

12、IGV-Integrative Genomics Viewer的更多相关文章

  1. ABP(现代ASP.NET样板开发框架)系列之12、ABP领域层——工作单元（Unit Of work）

    点这里进入ABP系列文章总目录 基于DDD的现代ASP.NET开发框架--ABP系列之12.ABP领域层——工作单元(Unit Of work) ABP是“ASP.NET Boilerplate Pr ...

  2. EC笔记：第二部分：12、复制对象时勿忘其每一个成分

    EC笔记:第二部分:12.复制对象时勿忘其每一个成分 1.场景 某些时候,我们不想使用编译器提供的默认拷贝函数(包括拷贝构造函数和赋值运算符),考虑以下类定义: 代码1: class Point{ p ...

  3. 12、uwp 开发的零碎总结

    1.在给位 “修正版本号”(Major.Minor.Build.Revision)不能修改. 后, 商店上传失败,描述信息为:Apps are not allowed to have a Versio ...

  4. 12、借助Jacob实现Java打印报表(Excel、Word)

    12.使用Jacob来处理文档 Word或Excel程序是以一种COM组件形式存在的.如果能够在Java中调用相应组件,便能使用它的方法来获取文档中的文本信息.Jacob是一个JAVA到微软的COM接 ...

  5. MM-RGV、AGV 、IGV是什么

    RGV.AGV.IGV是什么 智能化物流仓储设备迅速崛起的时代,RGV.AGV.IGV,这三种看似有血缘关系的智能设备,到底有什么不同呢? RGV RGV即“有轨制导车辆”,又叫有轨穿梭小车,是与地面 ...

  6. 11、可扩展MySQL+12、高可用

    11.1.扩展MySQL 静态分片:根据key取hash,然后取模: 动态分片:用一个表来维护key与分片id的关系: 11.2.负载均衡 12. 12.2导致宕机得原因: 35%环境+35%性能+2 ...

  7. mysql数据库优化课程---12、mysql嵌套和链接查询

    mysql数据库优化课程---12.mysql嵌套和链接查询 一.总结 一句话总结:查询user表中存在的所有班级的信息? in distinct mysql> select * from cl ...

  8. laravel基础课程---12、lavarel的ajax操作2（lavarel的ajax使用总结）

    laravel基础课程---12.lavarel的ajax操作2(lavarel的ajax使用总结) 一.总结 一句话总结: 比较简单:就是js请求ajax,然后控制器获取请求参数,返回数据即可 1. ...

  9. 妙味css3课程---1-2、css3中新增的伪类和伪元素有哪些

    妙味css3课程---1-2.css3中新增的伪类和伪元素有哪些 一.总结 一句话总结: 1.div:target{}是什么意思? 比如a标签的锚点链接到div,div:target{}就可以找到这个 ...

随机推荐

  1. var妙用

    var广泛使用其实也有用的.比如在一些不太确定类型的地方 (比如要区分int/uint/long/double的时候),用泛型太牛刀而不用又觉得不灵活的时候,其实是比较推荐var的比如设计某种类的时候 ...

  2. 【leetcode刷题笔记】Single Number

    题目: Given an array of integers, every element appears twice except for one. Find that single one. No ...

  3. HTTPS协议原理透析

    1.HTTPS本身并非协议,而是标准的HTTP协议架在SSL/TLS协议之上的一种结构.(一种不太合适的说法可以认为是两种协议的叠加).HTTP是工作在OSI7层模型的最上层,就是第7层:Applic ...

  4. 初步了解Spark生态系统及Spark Streaming

    一.        场景 ◆ Spark[4]: Scope:  a MapReduce-like cluster computing framework designed for low-laten ...

  5. poj 1144 Network 【求一个网络的割点的个数 矩阵建图+模板应用】

    题目地址:http://poj.org/problem?id=1144 题目:输入一个n,代表有n个节点(如果n==0就结束程序运行). 在当下n的这一组数据,可能会有若干行数据,每行先输入一个节点a ...

  6. iptables原理及使用教程

    注意 修改iptables可能导致连接断开, 对于远程连接的用户, 需要在经过充分测试后在修改, 对于懒人可以设置一个crontab, 在你修改iptables的过程中每隔30分钟清空一次iptabl ...

  7. 《python基础教程（第二版）》学习笔记 基础部分（第1章）

    <python基础教程(第二版)>学习笔记 基础部分(第1章)python常用的IDE:Windows: IDLE(gui), Eclipse+PyDev; Python(command ...

  8. BioNLP概述

    BioNLP概述 工具: GENIA Tagger:GENIA Tagger是一个主要应用于生物医学文本领域的词性标注和浅层语法分析工具,GENIA Tagger在GENIA语料上的词性标记性能F-s ...

  9. Qt窗口屏幕居中显示

    转自--> http://blog.chinaunix.net/uid-20718335-id-364404.html 窗口的屏幕居中显示问题,在各开发工具中原理相同,首先使用特定的方法得到显示 ...

  10. Python- and & or 的短路原则

    条件1 and 条件2 条件1 or 条件2 短路原则 对于and 如果前面的第一个条件为假,那么这个and前后两个条件组成的表达式的计算结果就一定为假,第二个条件就不会被计算 对于or 如果前面的第 ...