samtools的基本用法

1.sam，bam的格式转换：

$samtools view -sb file.sam >file.bam
$samtools view -sb file.sam -o file.bam
#sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam
 
$samtools view file.bam>file.sam
$samtools view -h file.bam -o file.sam
#bam文件转换为sam文件

2.对bam文件进行排序

$samtools sort -n -o file.sort file.bam

#以reads的名字排序，输入file.bam 输出file.sort

3.对bam文件进行简单的统计

$samtools flagstat file.bam
#得到比对的统计结果，包括比对率等等。。

　

4.筛选特定的区域

#筛选不需要的flag值
$samtools  view  –F  4   file.bam   –o  file.filter.sam
 
#限定比对质量值最小值
$samtools  view  –q  20 file.bam   –o  file.quality.sam
 
#得到指定位置的sam文件
$samtools    view   file.sort.bam Chr1:1-5000  –o file.position.sam

5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时，只保留匹配度最高的

$samtools  rmdup  file.bam  file.rmdup.bam

　　

6.合并某个样本的多个重复实验的bam文件

前提：bam文件已排序

#! /bin/bash
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件
samtools merge -h test.sam \
test_L1_L2.bam \
test_L1.sorted.bam \
test_L2.sroted.bam
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件中的指定区域chr7
samtools merge -h test.sam \
-R chr7
test_L1_L2.bam \
test_L1.sorted.bam \
test_L2.sroted.bam