GEO2R
GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。
该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。
-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中
-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析
GEO2R 用法参考 :
https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b
GEO2R的更多相关文章
- RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具
RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...
- 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...
随机推荐
- Android ADB 实用总结
一.背景 从系统架构上来说,Android是基于Linux系统基础上,做了进一步的定制与修改,并融入了自身的特有功能,且向应用层提供应用程序接口,供开发者使用.系统内核层面,主体依然是Linux内核. ...
- 【UOJ#32】【UR #2】跳蚤公路(最短路)
[UOJ#32][UR #2]跳蚤公路(最短路) 题面 UOJ 题解 不难发现要求的就是是否存在负环.也就是我们只需要找到所有的负的简单环,很容易就可以想到维护路径上和\(x\)相关的内容,即维护一下 ...
- 图解微信小程序---实现页面的跳转与返回操作
图解微信小程序---实现页面的跳转与返回操作 代码笔记 操作步骤 第一步:在app.json配置文件中,创建跳转页面 第二步:编写首页跳转(注意跳转方式,和设置点击样式类名) 第三步:编写首页样式 第 ...
- Redux-saga-整理
介绍 在redux中更好的解决异步操作 redux-saga相当于在redux原来的数据流中多了一层,对action进行监听 接收到action时,派发一个任务维护state saga通过Genera ...
- springboot xss防护
概述 XSS(Cross Site Script)全称跨站脚本攻击,为了跟CSS区分开来,所以变成了XSS.它允许恶意代码植入到正常的页面中,盗取正常用户的账号密码,诱使用户访问恶意的网站. 攻击 实 ...
- Flink DataStream 编程入门
流处理是 Flink 的核心,流处理的数据集用 DataStream 表示.数据流从可以从各种各样的数据源中创建(消息队列.Socket 和 文件等),经过 DataStream 的各种 transf ...
- winform IO文件操作
最近做了一个查错工具,运用了winform文件操作的知识,做了几点总结,不全面,只总结了几点项目里用过的知识(关于以下内容只是个人的理解和总结,不对的地方请多指教,有补充的可以评论留言大家一起讨论学习 ...
- 搞Jedis案例出现问题,有大佬帮我看看怎么解决吗?先感谢大佬点进来看了---Day31
今天学了Jedis的相关内容,然后做了一个案例,但是出现了错误,然后我百度了一晚上没有解决,想到看看发个博客能不能有大佬帮我看一下问题出现在哪里,百度了一晚上有点懵逼.求大佬帮我解决,在这小弟我先万分 ...
- [干货]kubenertes ingress负载grpc
目录 概述 搭建 生成公私钥 创建secret 创建ingress 访问 概述 一般情况下,我们的系统对外暴露HTTP/HTTPS的接口,内部使用rpc(GRPC)通讯,这时GRPC在服务之间通过se ...
- 同步fifo与异步fifo
参考以下帖子: https://blog.csdn.net/hengzo/article/details/49683707 https://blog.csdn.net/Times_poem/artic ...