GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具，用于进行差异表达分析。

该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中，然后进行差异分析，本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。

-- GEOquery：用于自动下载GEO数据，并读取到R环境中

-- limma：一个经典的差异分析软件包，用于执行差异分析

GEO2R 用法参考 ：

https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b

GEO2R的更多相关文章

  1. RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析： 扩展评论和软件工具

    RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...

  2. 使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

    前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...

随机推荐

  1. Mysql 错误：Duplicate entry '0' for key 'PRIMARY'

    [1]添加数据报错:Duplicate entry '0' for key 'PRIMARY' (1)问题现象 SQL 语句如下: DROP TABLE test_distinct; CREATE T ...

  2. R数据挖掘 第一篇：聚类分析（划分）

    聚类是把一个数据集划分成多个子集的过程,每一个子集称作一个簇(Cluster),聚类使得簇内的对象具有很高的相似性,但与其他簇中的对象很不相似,由聚类分析产生的簇的集合称作一个聚类.在相同的数据集上, ...

  3. FormData的Ajax提交注意事项

    Ajax提交表单一般有下面两种形式: var form_data = $('#form').serialize(); var form_data = new FormData($('#form')[0 ...

  4. sql查询当前数据库的所有表名

    SELECT sys.tables.name as TableName from sys.tables

  5. 正则表达式(RegEx)官方手册/权威指南【Python】

    前言 正则表达式(称为RE,或正则,或正则表达式模式)本质上是嵌入在Python中的一种微小的.高度专业化的编程语言,可通过 re 模块获得. 使用这种小语言,你可以为要匹配的可能字符串集指定规则:此 ...

  6. crawler_app_在Airtest无线模式控制手机

    无线模式开启: adb tcpip 48887 参考引用:  https://www.cnblogs.com/xieqiankun/p/wireless-mode-of-poco.html

  7. 2019 多点Dmalljava面试笔试题 （含面试题解析）

      本人5年开发经验.18年年底开始跑路找工作,在互联网寒冬下成功拿到阿里巴巴.今日头条.多点Dmall等公司offer,岗位是Java后端开发,因为发展原因最终选择去了多点Dmall,入职一年时间了 ...

  8. 高德地图的JSAPI学习笔记【一】

    高德地图的项目要做 学习笔记记录下来 一.注册账号并申请Key  二.准备页面写好 1.在页面添加 JS API 的入口脚本标签,并将其中「您申请的key值」替换为您刚刚申请的 key: <sc ...

  9. 写css注意的事项

    <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8&quo ...

  10. 移动4G插卡注网

    本文根据插入移动4G单卡到注册4G网络过程的mtklog分析. 插卡动作: 从以上信息无法区分单卡还是双卡,通过ATR参数判断: 注网流程,此过程未开启4G数据连接: [MS->NW] ESM_ ...