NCBI SRA数据预处理

SRA数据的的处理流程大概如下

一、SRA数据下载、

NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式。

下载以后就是以SRA为后缀名。

这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。

1.通过http方式，2.通过ftp方式，3.通过Aspera

Aspera可以在NCBI网站上下载。

参阅：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/

二、SRA格式转换成FASTQ格式

./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/data/GEO/SRA/SRR058977.sra

fastq-dump可以在ncbi官方网站下载，这里面包含一系列的转换工具；

参阅：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK56560/

http://eutils.ncbi.nih.gov/Traces/sra/?view=software

转换成FASTQ，SFF，lllumina native，AB SOLiD native等格式；

另，转换FASTQ以后要转换成FASTA 命令如下：

awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta

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以上部分为预处理部分：

当然我做的方向是比对方向，就可以用fasta做比对工作了。

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后面还可以做其他反面的研究：

3.去接头（此步要注意是否有接头，一般RNA-SEQ数据应该是没有接头的）

4.用tophat寻找可变剪切

tophat -r 42 -G genome.fa -o PF genomeIndex SRR058977.fastq

5.用cufflinks找不同组织中的差异

cuffdiff genomeAnnotation.gff   ../BF/accept.bam ./accept.bam

来源：http://blog.sciencenet.cn/blog-565558-626137.html

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可能会用到的修改目录权限的linux命令

Linux改变分区权限（简单好用版）

原理：

1.在Linux和Unix世界里，一切都是以文件的形式存在的。文件夹是文件，文件是文件，设备也是文件。
2.分区在挂载后，会在 /media/ 下以文件夹的形式显现
3.chmod用于修改权限 而chmod ugo+rwx 用于给所有的用户和用户组添加所有的权限

步骤：
1.假设需要修改权限的分区名为x
2.挂载x
3.赋权

代码:
sudo chmod ugo+rwx /media/x