Quality trimming using Trimmomatic
java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \
P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:25
cat P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
cat P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
gzip P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim &
Quality trimming using Trimmomatic的更多相关文章
- Quality Trimming Via Trimmomatic
已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ l ...
- 【转录组入门】3:了解fastq测序数据
操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...
- Trimmomatic安装与使用
默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_pai ...
- Quality assessment and quality control of NGS data
http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...
- Trimmomatic过滤Illumina低质量序列
1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...
- EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator
EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by ...
- Quality 是什么?
Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结 ...
- (TODO:)下载图片,报错:warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available.
想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Object ...
- QC学习一:Windows环境中Quality Center 9.0安装详解
一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上 ...
随机推荐
- luogu2038[NOIP2014 T4]无线网络发射器选址
题目描述 随着智能手机的日益普及,人们对无线网的需求日益增大.某城市决定对城市内的公共场所覆盖无线网. 假设该城市的布局为由严格平行的129 条东西向街道和129 条南北向街道所形成的网格状,并且相邻 ...
- vijos 1512
SuperBrother打鼹鼠 背景 SuperBrother在机房里闲着没事干(再对比一下他的NOIP,真是讽刺啊......),于是便无聊地开始玩“打鼹鼠”...... 描述 在这个“打鼹鼠”的游 ...
- Android入门篇2-activity调用跟数据传递
一.activity调用 假设ActivityTest调用SecondActivity 1.显示调用 button1.setOnClickListener(new View.OnClickListen ...
- jquery两个滚动条样式
jquery两个滚动条样式 点击下载
- FSL - DualRegression
Source:http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/DualRegression Research Overview A common need for anal ...
- java多线程系类:基础篇:03Thread中的start()和run()的区别
这个系类的内容全部来源于http://www.cnblogs.com/skywang12345/p/3479024.html.特别在此声明!!! 概要 Thread类包含start()和run()方法 ...
- NOI2018准备 Day11
今天7点半到9点我都不知道自己在干啥, 一共A了3道题,2道钻石,1道大师. 下午调一道线段树3个小时没调出来,一个单调栈2小时没搞出来...... 学了个算法:求极大子矩阵. 昨天定的目标是学指针, ...
- CentOS 7.0 Nvidia显卡安装步骤
from: http://blog.sina.com.cn/s/blog_49c0985a0102v3fa.html CentOS 7.0 Nvidia显卡安装步骤: 1 在英伟达官网下载相应驱动 搜 ...
- scala 学习笔记(07) 一等公民的函数
在scala中一切皆对象,一切皆函数,函数跟Int,String.Class等其它类型是处于同等的地位,换句话说,使用函数跟使用普通的类型一样,没什么区别,因此: 1.函数可以赋值给变量,可以当参数传 ...
- Java7并发编程实战(一) 线程的中断
控制线程中断的方法一般常规是定义一个布尔值,然后while(布尔值) 去执行,当想停止该线程时候,把布尔值设为false. 这里我们来看第二种,Interrupt 该例子模拟一个线程从1打印到10,然 ...