Quality trimming using Trimmomatic
java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \
P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:25
cat P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
cat P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
gzip P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim &
Quality trimming using Trimmomatic的更多相关文章
- Quality Trimming Via Trimmomatic
已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ l ...
- 【转录组入门】3:了解fastq测序数据
操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...
- Trimmomatic安装与使用
默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_pai ...
- Quality assessment and quality control of NGS data
http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...
- Trimmomatic过滤Illumina低质量序列
1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...
- EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator
EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by ...
- Quality 是什么?
Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结 ...
- (TODO:)下载图片,报错:warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available.
想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Object ...
- QC学习一:Windows环境中Quality Center 9.0安装详解
一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上 ...
随机推荐
- P3384 【模板】树链剖分
P3384 [模板]树链剖分 题目描述 如题,已知一棵包含N个结点的树(连通且无环),每个节点上包含一个数值,需要支持以下操作: 操作1: 格式: 1 x y z 表示将树从x到y结点最短路径上所有节 ...
- DEDECMS之十 修改织梦链和文章的默认来源及作者
今天在用织梦搭网站的时候,发现了两个问题,一个就是最新的dedecms5.7系统中默认会加上“织梦链”这一个链接组,织梦的做法是可以理解的, 但是给别人做网站,这些链接是不能要的,所以在数据库,模板文 ...
- 关于div标签的title属性一闪一闪不正常显示的原因
弹出了chrome的开发工具就会出现以上问题.
- C#并发编程经典实例--笔记
一.简介 --并发 同时做多件事情 --多线程 并发的一种形式,它采用多个线程来执行程序. **如非必要,代码里不要出现 "new ...
- 智普教育Python培训之Python开发视频教程网络爬虫实战项目
网络爬虫项目实训:看我如何下载韩寒博客文章Python视频 01.mp4 网络爬虫项目实训:看我如何下载韩寒博客文章Python视频 02.mp4 网络爬虫项目实训:看我如何下载韩寒博客文章Pytho ...
- Java并发编程实战(使用synchronized实现同步方法)
本文介绍java最基本的同步方式,即使用synchronized关键字来控制一个方法的并发访问,如果一个对象已用synchronized关键字声明,那么只有一个执行线程允许去访问它,其它试图访问这个对 ...
- ROS(Robot Operating System)常用环境变量介绍
本文简单介绍ROS系统中常用的环境变量用途及设置方式.ROS系统环境中除了必须配置的环境变量以外,其他的也是十分有用,通过修改变量路径,可以设置ROS系统中log文件存放路径,单元测试结果存放路径等. ...
- 翻译qmake文档(三) Creating Project Files
翻译qmake文档 目录 原英文文档:http://qt-project.org/doc/qt-5/qmake-project-files.html 创建项目文件 项目文件包含qmake构建你 ...
- ZeroClipboard / jquery.zclip.min.js跨浏览器复制插件使用中遇到的问题解决
之前写过一个淘宝优惠券连接PC端转手机端连接的小工具,当时写到将转换好的url复制到剪切板这块时解决了IE和火狐,就是没办法搞定Chrome,知道可以通过flash搞定,但是觉得太麻烦没有仔细研究. ...
- TrueSkill 原理及实现
在电子竞技游戏中,特别是当有多名选手参加比赛的时候需要平衡队伍间的水平,让游戏比赛更加有意思.这样的一个参赛选手能力平衡系统通常包含以下三个模块: 一个包含跟踪所有玩家比赛结果,记录玩家能力的模块. ...