(测序方面)测三只大熊猫;得到的insert size有150bp,500bp,2kb,5kb和10kb这四种,可测得序列长度和平均reads长度。

为什么average reads这么短?

因为insert size是打断前的长度,打断之后便是reads,这里计算average reads长度。

shotgun sequencing鸟枪法:直接从生物细胞基因组中获取目的基因的方式

single-read :单端测序(200-500bp)

Paired-end :双末端测序(200-500bp)因为双末端测序,所以中间被测序列称为insert,insert 打断了之后的片段就是reads。

Mate-pair :(2000-10000bp):用来生成确定基因中reads位置的短片段(end)。将一类长序列打断成特定大小(只要小于长片段长度即可),之后采用化学方式将其修复(环化等),同时在两端加入生物素标记(这是为了下一次在长序列中标记位置所做的准备),再将这些环化后的序列打碎,捕获具有生物标记的片段。现在已知长序列的长度,和长序列两端的小序列内容,可以定位出该小序列在基因组上的位置,以便后期装入pair-end reads。

insert size|single-read|Paired-end|Mate-pair的更多相关文章

  1. 40、inner mate distance for paired reads in a bam file

    参考:https://www.biostars.org/p/106291/#106344 1.inner mate distance : the distance from the right mos ...

  2. 6.Insert Documents-官方文档摘录

    总结 1.插入单文档 db.inventory.insertOne( { item: "canvas", qty: , tags: , w: 35.5, uom: "cm ...

  3. CUBRID学习笔记 43 insert into

    cubrid的中sql查询语法insert into ------ 官方文档是英文的,看不明白可以参看ocracle的同类函数说明.很多都是一样的. INSERT INTO a_tbl1(id) VA ...

  4. MongoDB - MongoDB CRUD Operations, Insert Documents

    MongoDB provides the following methods for inserting documents into a collection: db.collection.inse ...

  5. pair类型 这次遇到了,记录下来,方便彼此xue习

    首先,这个pair类型是在头文件utility.h中. 一个piar保存两个数据成员,是用来生成特定类型的模板,当创建一个pair时,我们必须提供两个类型名,pair的数据成员将具有对应的类型,两个类 ...

  6. SOAPdenovo组装软件使用记录

    背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究 ...

  7. Linux command line exercises for NGS data processing

    by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...

  8. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  9. PHP7函数大全(4553个函数)

    转载来自: http://www.infocool.net/kb/PHP/201607/168683.html a 函数 说明 abs 绝对值 acos 反余弦 acosh 反双曲余弦 addcsla ...

随机推荐

  1. HDU3065【AC自动机-AC感言】

    Fourth AC zi dong ji(Aho-Corasick Automation) of life 9A(其实不止交了10发...) 感言: 一开始多组数据这种小数据还是...无伤大局,因为改 ...

  2. CodeForces722C Destroying Array【瞎搞】

    题意: 先给你一个序列,然后给你n个1-n的一个数,让你求前i个元素销毁的时候,区间字段和区间最大: 思路: 离线处理,维护新区间首尾位置的起点和终点,倒着处理: #include <bits/ ...

  3. css div平移淡入淡出

    <!DOCTYPE html> <html> <head> <style> div { width:100px; height:100px; backg ...

  4. XHTML学习笔记 Part2:核心元素

    1. <html>元素 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> 仅有两个元素是<html>的直接 ...

  5. Java 定时任务(转)

    转自 http://www.cnblogs.com/chenssy/p/3788407.html 在我们编程过程中如果需要执行一些简单的定时任务,无须做复杂的控制,我们可以考虑使用JDK中的Timer ...

  6. kuangbin大佬的高斯消元模板

    dalao解释的博客 #include <bits/stdc++.h> using namespace std; ; int a[MAXN][MAXN];//增广矩阵 int x[MAXN ...

  7. WKWebView简单使用

    #import <WebKit/WebKit.h> @interface SchoolOverviewsViewController ()<WKUIDelegate,WKNaviga ...

  8. [coci2015-2016 coii] Palinilap【字符串 哈希】

    传送门:http://www.hsin.hr/coci/archive/2015_2016/ 进去之后点底下的那个.顺带说一句,题目既不是一个英文单词,也不是克罗地亚单词,估计只是从回文串的英文单词p ...

  9. Java的Cloneable接口还有深浅复制

    我的小记录 首先语法上,搞清除,Java有个Cloneable接口,但这个接口是没有定义方法的. 那实现了这个接口有什么用呢? 再看Object类中,有个clone()方法,这个方法提供一个浅复制的功 ...

  10. HDU 1028 Ignatius and the Princess III dp整数划分

    http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1028 dp[i][j]表示数值为i,然后最小拆分的那个数是j的时候的总和. 1 = 1 2 = 1 + 1 . ...