关于生物项目上的blast和viroblast
最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html,
blast官网:
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=DeveloperInfo
百度说blast自己写前端展示页面,用命令行查结果,后找到viroblast,Sequenceserver 等开源的码可以直接使用,链接:https://blog.csdn.net/weixin_40099163/article/details/83304704。
我选择了viroblast,小麦研究联盟 的教程也很简单。下载viroblast源码,解压到wampserver的www文件夹下打开就可以看到原始页面了,
然后就是添加需要的数据库,在blast官网下载相关数据库,解压后放在db文件夹下,蛋白数据库和基因组数据库要分别放在protein和nucleotide文件夹下。
接着配置viroblast.ini文件就可以了:
=>前是数据库名称,后是显示在页面上的名称。添加过后如图:
最后可以根据需要改一下php页面。
还在学习中,不知道步骤正不正确的,查询也还需要生物方面的人来查一下,后续再更
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