MySQL在linux系统中的配置文件一般是my.cnf找到[mysqld]下面加上
log-slow-queries=/data/mysqldata/slowquery.log
long_query_time=2

注意
log-slow-queries = /data/mysqldata/slowquery.log为慢查询日志存放的位置,一般这个目录要有MySQL的运行帐号的可写权限,一般都将这个目录设置为MySQL的数据存放目录;
long_query_time=2中的2表示查询超过2s才记录;

在my.cnf中添加log-queries-not-using-indexes参数,表示记录下没有使用索引的查询。比如:
log-slow-queries=/data/mysqldata/slowquery.log
long_query_time=2
log-queries-not-using-indexes

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