(原)在anaconda3+ubuntu16.04中编译Pose flow中的deepmatching动态库
转载请注明出处:
https://www.cnblogs.com/darkknightzh/p/11285239.html
参考网址:
https://github.com/YuliangXiu/PoseFlow
http://xiuyuliang.cn/2014/12/05/deepmatching/
1 简介
pose flow可以直接使用,但是需要编译deep matching的文件夹。官方给出的编译步骤如下:
cd deepmatching
make clean all
make python
cd ..
2 makefile
但是直接使用官方的makefile无法编译成功,需要修改一下。
由于这边是用的是anaconda3,下面直接贴出修改后的makefile:
注意:如果直接拷贝可能由于网页原因,把下面28、31、34等这些行前面的tab换成了空格,导致make的时候出错。此时将这些行的空格改成tab即可。
CC=g++ OS_NAME=$(shell uname -s)
ifeq ($(OS_NAME),Linux)
LAPACKLDFLAGS=/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so # single-threaded blas #LAPACKLDFLAGS=/usr/lib64/atlas/libtatlas.so # multi-threaded blas
#BLAS_THREADING=-D MULTITHREADED_BLAS # remove this if wrong
endif
ifeq ($(OS_NAME),Darwin) # Mac OS X
LAPACKLDFLAGS=-framework Accelerate # for OS X
endif
LAPACKCFLAGS=-Dinteger=int $(BLAS_THREADING)
STATICLAPACKLDFLAGS=-fPIC -Wall -g -fopenmp -static -static-libstdc++ /home/xxx/anaconda3/lib/libjpeg.a /home/xxx/anaconda3/lib/libpng.a /usr/lib64/libz.a /usr/lib64/libblas.a /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.9./libgfortran.a /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.9./libquadmath.a # statically linked version CFLAGS= -fPIC -Wall -g -std=c++ $(LAPACKCFLAGS) -fopenmp -DUSE_OPENMP -O3
LDFLAGS=-fPIC -Wall -g -ljpeg -lpng -fopenmp -lblas
CPYTHONFLAGS=-I/home/xxx/anaconda3/include/python3.6m SOURCES := $(shell find . -name '*.cpp' ! -name 'deepmatching_matlab.cpp')
OBJ := $(SOURCES:%.cpp=%.o)
HEADERS := $(shell find . -name '*.h') all: deepmatching .cpp.o: %.cpp %.h
$(CC) -o $@ $(CFLAGS) -c $+ deepmatching: $(HEADERS) $(OBJ)
$(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(LAPACKLDFLAGS) -L/home/xxx/anaconda3/lib -I/home/xxx/anaconda3/include deepmatching-static: $(HEADERS) $(OBJ)
$(CC) -o $@ $^ $(STATICLAPACKLDFLAGS) python: $(HEADERS) $(OBJ)
# swig -python $(CPYTHONFLAGS) deepmatching.i # not necessary, only do if you have swig compiler
g++ $(CFLAGS) -c deepmatching_wrap.c $(CPYTHONFLAGS)
g++ -shared $(LDFLAGS) $(LAPACKLDFLAGS) deepmatching_wrap.o $(OBJ) -o _deepmatching.so $(LIBFLAGS) -L/home/xxx/anaconda3/lib clean:
rm -f $(OBJ) deepmatching *~ *.pyc .gdb_history deepmatching_wrap.o _deepmatching.so deepmatching.mex???
3 说明
3.1. 虽然STATICLAPACKLDFLAGS也进行了修改,但是由于未编译静态库,因而未进行测试这个是否成功。
3.2. 其他修改主要是设置路径,最主要的是LDFLAGS,增加了-lblas,否则我这边会出错。
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_stop_numeric'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_pow_i4_i4'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_transfer_character'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_compare_string'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_st_write_done'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_pow_r8_i4'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_concat_string'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_pow_r4_i4'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_etime'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_copy_string'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_transfer_integer'
/home/xxx/anaconda3/lib/libsatlas.so: undefined reference to `_gfortran_st_write'
3.3. 另一方面,31行增加了-L/home/xxx/anaconda3/lib,否则提示下面的错(原因是使用的是anaconda3,这些库都是anaconda3里面的,不在系统目录中)。
/usr/bin/ld: cannot find -ljpeg
/usr/bin/ld: cannot find –lpng
若提示找不到头文件,可以在该行-I处添加。
3.4. 将deepmatching_wrap.c中2983行
#include <numpy/arrayobject.h>
修改为
#include </home/xxx/anaconda3/lib/python3./site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h>
这个不记得是哪个参考网址里面给出的了(我这边根据anaconda3的路径重新配置了),见谅。。。
3.5 http://xiuyuliang.cn/2014/12/05/deepmatching/中指出,ubuntu中没有libsatlas.so,按照该网页的第一步,直接将libatlas.a liblapack.a libf77blas.a libcblas.a捏成一个即可。在anaconda3中,这些.a文件均在/home/xxx/anaconda3/lib中,因而在该文件夹中打开终端,而后输入网页中的命令即可(若需复制命令,请移步该网页,此处只是保存个备份,如有侵权,我会删除)。
3.6 在~/.bashrc中添加下面两句(不知道为何3.3中-I添加了include路径,结果还是有错)
export C_INCLUDE_PATH=/home/xxx/anaconda3/include:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=/home/xxx/anaconda3/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
否则找不到jpeglib.h
io.cpp:19:21: fatal error: jpeglib.h: No such file or directory
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190807更新:
3.7 编译成功之后,运行pose flow的matching.py时,若使用deep matching,会提示找不到libjpeg.so.9,原因是其不在系统的目录里面。可以将matching.py的最后一句修改成:
cmd = "LD_LIBRARY_PATH=/home/xxx/anaconda3/lib ./deepmatching/deepmatching %s %s -nt 10 -downscale 3 -out %s/%s_%s.txt > cache"%(img1,img2,vidname,img1_id,img2_id)
之后便可以成功使用deep matching。
190807更新结束
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