reference: https://www.biostars.org/p/42126/

fasta.y

%{
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <ctype.h> int yylex();
int yyerror( char* message);
%}
%error-verbose
%token LT OTHER SYMBOL CR
%start input
%% input: input sequence | optspaces sequence;
sequence: head body optspaces;
head: LT anylist CR | LT CR;
anylist: anylist any | any;
any: LT | OTHER | SYMBOL;
body: symbols CR | body symbols CR ;
symbols: symbols symbol | symbol ;
symbol: SYMBOL;
optspaces: | crlist;
crlist: crlist CR | CR; %%
int yyerror( char* message)
{
fprintf(stderr,"NOT A FASTA %s\n",message);
exit(EXIT_FAILURE);
return -1;
}
int yylex()
{
int c=fgetc(stdin);
switch(c)
{
case EOF: return c;
case '>' : return LT;
case '\n' : return CR;
default: return isalpha(c)?SYMBOL:OTHER;
}
} int main(int argc, char** argv)
{
return yyparse();
}

#compile
bison fasta.y
gcc -Wall -O3 fasta.tab.c #test
$ ./a.out < ~/file.xml
NOT A FASTA syntax error, unexpected OTHER, expecting LT $ ./a.out < ~/rotavirus.fasta
$

check fasta format的更多相关文章

  1. Validate the date format

    Validate the date format function checkdate(input) { var validformat = /^\d{2}\/\d{2}\/\d{4}$/; //Ba ...

  2. How To Use Coordinates To Extract Sequences In Fasta File

    [1] bedtools (https://github.com/arq5x/bedtools2) here is also bedtools (https://github.com/arq5x/be ...

  3. INTZ DX format

    http://aras-p.info/texts/D3D9GPUHacks.html 格式 用法 资源 描述 NVIDIA GeForce AMD Radeon 英特尔 阴影映射 D3DFMT_D16 ...

  4. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  5. 构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb

    参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解 ...

  6. Running command-line BLAST

    Ubuntu安装BLAST 2014-02-09 10:45:03|  分类: Linux/Ubuntu|举报|字号 订阅     下载LOFTER我的照片书  |     very easy! su ...

  7. 32、Differential Gene Expression using RNA-Seq (Workflow)

    转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the mo ...

  8. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

  9. 使用PowerShell解三道测试开发笔试题

    在网上看到了三道测试开发的笔试题,答案是用Python解的.这段时间正好在学PowerShell,练习一下:) 1. 验证邮箱格式 2. 获取URL的后缀名 3. 获取前一天时间或前一秒 我的解法是: ...

随机推荐

  1. UIImageView

    - (void)viewDidLoad { [super viewDidLoad]; // Do any additional setup after loading the view. /***** ...

  2. Android 学习心得 快速排序

    快速排序(Quicksort) 是对冒泡排序的一种改进,它的基本思想是:通过一趟排序将要排序的数据分割成独立的两部分,其中一部分的所有数据都比另外一部分的所有数据都要小,然后再按此方法对这两部分数据分 ...

  3. sublime text 乱码生成.dump问题的解决方法

    title: sublime text 乱码生成.dump问题的解决方法 tags: sublime text,sublime text 3,.dump,乱码 grammar_cjkRuby: tru ...

  4. 通过jconsole监控tomcat JVM 内存、线程、CPU

    从Java 5开始 引入了 JConsole,来监控 Java 应用程序性能和跟踪 Java 中的代码.jconsole是JDK自带监控工具,只需要找到 JDK 安装路径,打开 bin 文件夹,双击  ...

  5. 转载文档:Storm实战常见问题及解决方案

    该文档为实实在在的原创文档,转载请注明: http://blog.sina.com.cn/s/blog_8c243ea30101k0k1.html 类型 详细 备注 该文档是群里几个朋友在storm实 ...

  6. Java怎么导入一个项目?

    1.首先安装  >>  Java开发环境MyEclipse或者Eclipse.(我用的是Myeclipse) 2.打开  >>  MyEclipse  >>  fi ...

  7. Linux挂载卸载光盘&实践

    在Linux下有时候需要挂载光盘,拷贝文件或安装系统,例如拷贝Redhat操作系统镜像文件等.下面介绍一下在Linux系统下挂载.卸载光盘的方法. 在Linux系统中,每一个物理设备都可以看做是一个文 ...

  8. SQL数据库修改默认备份和恢复路径

    每次都做数据恢复和备份的时候,点Add文件,系统会自动指定到一个默认路径,是SQL的安装目录,但是我的数据库不是备份在这里,每次都要更改有点麻烦. 如上图,更改这个有三个方法. 方法一:找到注册表,手 ...

  9. python基础(八)面向对象的基本概念

    作者:Vamei 出处:http://www.cnblogs.com/vamei 欢迎转载,也请保留这段声明.谢谢! 谢谢逆水寒龙,topmad和Liqing纠错 Python使用类(class)和对 ...

  10. addEventListener 的另类写法

    addEventListener 参数如下 addEventListener(type, listener[, useCapture]); type,事件名称 listener,事件处理器 useCa ...