command_line = ("{7} {0} -Xmx{1} -jar {2} -T Pileup -R {3} -I {4} -L {5} -o {6} " +
"-verbose -rf DuplicateRead --filter_reads_with_N_cigar " +
"--filter_mismatching_base_and_quals").format(JAVA_TEMP, opts.xmx_java, GATK, REFERENCE, opts.bam, MARKER_FILE, opts.outfile, opts.java)

os.system(command_line)

python os.system command_line的更多相关文章

  1. python os.system 和popen

    1.python  os.system 和popen  其中第一个只会返回0或者1,另外一个会返回执行结果 每天生成一个文件,并把磁盘的使用情况写到到这个文件中,文件名为日期格式(yyyy-mm-dd ...

  2. python os.system()返回值判断

    最近遇到os.system()执行系统命令的情况,上网搜集了一下资料,整理如下,以备不时之需,同时也希望能帮到某些人. 一.python中的 os.system(cmd)的返回值与linux命令返回值 ...

  3. Python os.system 和 os.popen的区别

    (1) os.system # 仅仅在一个子终端运行系统命令,而不能获取命令执行后的返回信息 system(command) -> exit_statusExecute the command ...

  4. python os.system()和os.popen()

    1>python调用Shell脚本,有两种方法:os.system()和os.popen(),前者返回值是脚本的退出状态码,后者的返回值是脚本执行过程中的输出内容.>>>hel ...

  5. Python os.system()调用.sh脚本

    参考: python调用shell脚本的两种方法| Jeff的妙想奇境 已解决--求教python如何调用.sh文件- 查看主题• Ubuntu中文论坛 CODE #!/usr/bin/env pyt ...

  6. python os.system重定向stdout到变量 ,同时获取返回值

    Python执行系统命令的方法 os.system(),os.popen(),commands 最近在做那个测试框架的时候发现 Python 的另一个获得系统执行命令的返回值和输出的类. 最开始的时候 ...

  7. python基础之使用os.system来执行系统命令

    今天我们来尝试使用python 的os.system来执行系统命令 可以使用如下方法: import osprint os.system('ping www.baidu.com') 输出的结果是:64 ...

  8. Python os.path.dirname(__file__) 与 Python os.path.abspath(__file__) 与 os.system() 函数

    Python  os.path.dirname(__file__) 与 Python os.path.abspath(__file__) 的区别 os.path.abspath(__file__)返回 ...

  9. python os语法

    前几天做了一个文件替换功能用到些python os的功能,感觉python os模块的功能非常的强大, 如果你希望你的python程序能够与平台无关的话,这个模块是尤为重要的.即它允许一个程序在编写后 ...

随机推荐

  1. Period(sdut2476)

    [题目大意]:给定一个字符串,求到哪一位时的字串是前几位循环组成的,并求出循环次数. 思路:求每个前缀的最小循环周:从i到n枚举len,如果len%(len-next[len])==0,则这个前缀是由 ...

  2. 对比jQuery和AngularJS的不同思维模式

    jQuery是dom驱动,AngularJS是数据驱动,这里有一篇文章阐述的非常好,建议看看 本文来自StackOverFlow上How do I “think in AngularJS” if I ...

  3. IE加载项

    加载项   加载项也称为ActiveX控件.浏览器扩展.浏览器帮助应用程序对象或工具栏,可以通过提供多媒体或交互式内容(如动画)来增强对网站的体验. 但是,某些加载项可导致计算机停止响应或显示不需要的 ...

  4. [LeetCode] 437. Path Sum III_ Easy tag: DFS

    You are given a binary tree in which each node contains an integer value. Find the number of paths t ...

  5. APPIUM Android 定位方式

    原文地址https://www.cnblogs.com/sundalian/p/5629500.html 1.定位元素应用元素 1.1通过id定位元素 Android里面定位的id一般为resrouc ...

  6. 25最短路径之Dijkstra算法

    图的最优化问题:最小生成树.最短路径 典型的图应用问题 无向连通加权图的最小生成树 有向/无向加权图的最短路径 四个经典算法 Kruskal算法.Prim算法---------------最小生成树 ...

  7. Python2 和Python3 的差异总结

    一.基本语法差异 1.1 核心类差异 Python3对Unicode字符的原生支持 Python2中使用 ASCII 码作为默认编码方式导致string有两种类型str和unicode,Python3 ...

  8. centos7.3上安装oracle xe 11g

    oracle -11g-xe是数据库是免费版本,支持标准版的大部分功能.oracle XE版本也称快捷版本.是个个人学习,熟悉oracle的简化版. oracle XE做为免费的Oracle数据库版本 ...

  9. Linux中Postfix虚拟用户及虚拟域（六）

    Postfix基于虚拟用户虚拟域的邮件架构 上图是一个几乎完整的邮件系统架构图,这里基于Mysql数据库进行用户认证,不管是Postfix.Dovecot.webmail都需要去Mysql数据库中进行 ...

  10. 循环ajax请求问题

    项目开发过程碰到过这种需求:需要循环发送ajax请求,请求参数和循环索引有关.第一次实现的时候用了类似下面的方法,结果发现发送到后端的参数数据都是最后一次循环的索引 for(var i=0; i< ...