NextDenovo 组装基因组

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT，Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效)，可通过correct--assemble对其进行组装。组装后，每个碱基正确率为98-99.8%， 可进一步通过NextPolish进行polish。

具体详情可阅读githup即可，https://github.com/Nextomics/NextDenovo

1 安装

需要如下：

• Python (Support python 2 and 3):
• Psutil
• Drmaa (PBS等系统)

wget https://github.com/Nextomics/NextDenovo/releases/download/v2.4.0/NextDenovo.tgz
tar -vxzf NextDenovo.tgz && cd NextDenovo

## 测试
nextDenovo test_data/run.cfg

2 简单使用

• Step1 准备输入文件

ls ultra-long-ont.fastq.gz > input.fofn

• Step2 配置文件

[General]
job_type = local # sge, pbs
job_prefix = nextDenovo
task = all # all, correct, assemble ；可以进行针对性选择
rewrite = yes # yes/no； 再次运行是否覆盖之前结果
deltmp = yes
parallel_jobs = 22 # tasks
input_type = raw #  raw, corrected； 输入数据是否是correct
read_type = ont # clr, ont, hifi； 输入数据类型
input_fofn = input.fofn # reads 文件
workdir = HG002_NA24385_son_assemble # 输出文件

[correct_option]
read_cutoff = 1k
genome_size = 3g # estimated genome size 基因组大小评估
sort_options = -m 50g -t 30
minimap2_options_raw = -t 8
pa_correction = 5
correction_options = -p 30

[assemble_option]
minimap2_options_cns = -t 8
nextgraph_options = -a 1

• Step3 运行

nohup nextDenovo run.cfg &

最终结果

• corrected reads

HG002_NA24385_son_assemble/02.cns_align/01.seed_cns.sh.work/seed_cns*/cns.fasta

• Final assembly result:

HG002_NA24385_son_assemble/03.ctg_graph/nd.asm.fasta

后续可进行三代以及二代对纠错即可

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参考

• https://github.com/Nextomics/NextDenovo
• https://nextdenovo.readthedocs.io/en/latest/TEST1.html