以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-gatk-run

下面详细说明怎么解决这个问题。

首先需要下载htsjdk软件,下载地址:

http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar

在Linux上,可以输入以下命令下载该包:

wget http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar

  下载完以后,输入以下命令行:

java -cp /path/to/your/htsjdk-1.133.jar htsjdk.samtools.FixBAMFile source.bam fixed.bam

  其中,source.bam指的是你的原bam文件,fixed.bam指的是修复该错误后,重新生成的bam文件。生成新的bam文件后,再跑之前的命令就不会报错了。

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