linux blast
建库
减压后,改名为blast,并在blas目录在建立db文件
1,建立数据库
makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname
还有formatdb http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483
建立核算库: formatdb -i fa -p F -o T
2、比对
blastn为例:
blastn -query tese.fa -db dbname -out test.name -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 8 -max_target_seqs 5 #6是为一行一行的格式.7为带注释行的tab格式的输出 -num_threads 8 是用多少cup,-max_target_seqs 5 设置最多的的目标序列匹配数
blastall -i query.fasta -d database -o balast.out -p blastn -e 1e-10 -m 6
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