【G-BLASTN 1.0正式发布】

【G-BLASTN 1.0正式发布】G-BLASTN使用GPU来加速NCBI-BLAST里的BLASTN模块，单块GTX780比四核CPU平均快6倍。

http://www.comp.hkbu.edu.hk/~chxw/software/G-BLASTN.html

基于NCBI的BLAST源代码进行修改，150多万行的开源代码，刚开始做的时候，并没有引起太多的注意，只是觉得工程庞大，越到后面，越觉得，这个东西太庞大了，里面参杂了C和C++的不同方式的设计模式，找一个功能实现，可能需要翻阅20-30个文件，整个工程太过庞大，BLASTN一个模块，子工程就有179个，每一个工程之间也有调用；

不过也很佩服BLSAT的开发者们，这个工程已经维护了30多年了，有一种说法是比windows的年龄都大，这么庞大的开源项目，里面的设计模式还是相当的清晰，只是调度过程有些冗余罢了。

之前太多的时间浪费在了繁杂的事情上，从去年开始回归，专注于科研，把BLATN作为了第一个目标，本应该在2009年做的一个项目，到了2012年，才算真正拿起来做了，一年的在实验室不分昼夜，基本上杜绝一切的聚会活动，整个过程的艰辛只有自己清楚，再说，要想成功，又哪有那么容易啦？

blastn的整个代码过程分析花了无数个草图，无数个分析文档，有幸拿到的有关BLAST的设计文档也只是从概念上加上文字上的分析，没有整个框架的设计图，没有每一个模块的调度图，都是一行代码一行代码跟踪出来的。这个过程对于学习别人的代码，有了更深层次的了解，对于发文章而言，只需要修改几个核心函数，不用管太多的框架问题，但是真正要做到开源的项目做成成品的时候，就尽量遵循已有的规则，按照以后的框架来修改代码。这样对后来修改的朋友，也是一种交代。

一年多的代码修改，用svn工具统计了一下，差不多前前后后修改了5万多行代码，也算是一个学习的过程吧。

http://www.comp.hkbu.edu.hk/~chxw/software/G-BLASTN.html

BLAST的框架适合在windows上开发，然后在LINUX上做测试，这次过程中，不只是修改了核心的比对部分的代码，还调整了框架，调整了IO部分，调整了冗余部分，对于一个软的优化而言，永远都是一个迭代的过程，热点不停的转变，最终达到理想的最优态。