R实战之热点图(HeatMap)
快速实现是搜索帮助文档的首要目的,所以此处涉及实战的文章一概略去传统帮助文档的理论部分,直接上代码加注释!
本文将介绍R语言下利用ggplot2包制作heatmap的代码
-------------------------我是分割线-------------------------------
测试数据:
数据中的空白行、列用以分割heatmap,区别不同的数据处理,如不需要删除即可。
1、制作连续型
#引入包
library(ggplot2)
library(reshape)
library(zoo) #载入windows下的字体
library(extrafont)
#loadfonts(device="win")
#查看字体库
#fonts() #读取数据
mydata <- read.csv("G:\\R\\test\\Book3.csv",sep=",",header=TRUE)
mydata #数据转换成 ‘rowname, columnname, value’这样形式的数据
mydata.m <- melt(mydata) ##设置图形样式
theme_change <- theme(
#设置xy轴字体样式、大小等 colour="grey50",
axis.text.x=element_text(family = "Arial",size=12, colour="black",angle = 0),
axis.text.y=element_text(family = "Arial",size=12, colour="black",face="italic"),
axis.title.x=element_text(family = "Arial",angle=0, face="plain", size=14),#font face ("plain", "italic", "bold", "bold.italic")
axis.title.y=element_text(family = "Arial",angle=270, face="plain", size=14),
axis.line = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
#设置图例字体样式大小
#legend.text
#legend.title
#legend.position #the position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector)
#清空背景及xy轴样式
plot.background = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
panel.border = element_blank()
) ## 输出图形 #Arial
p <- ggplot(data = mydata.m, aes(x = variable, y = Name, fill = value)) +
geom_tile()+
#geom_tile(color="white", size=0.1) + #color="white", size=0.1设置栅格之间的分割线颜色及大小
theme_classic() + #去掉灰快
theme_change +
scale_x_discrete(limits=c("BS","X", "BS1","RS"),labels=c("BS","","BS","RS"))+#x轴排序及标注
scale_y_discrete(limits=c("B","C","NA1","Meth1", "Meth2","Meth3","Meth4","NA2","S","G","M"),labels=c("B","C","","Meth1", "Meth2","Meth3","Meth4","","S","G","M"))+ #y轴排序及标注
xlab('row name1') +
ylab('column name') + #更改行名和列名
scale_fill_gradient(na.value='#FFFFFF',low = 'green', high = 'red')+ #修改图例名字以及图中颜色
#scale_fill_gradient2('legend name', na.value='#FFFFFF',low = '#8856a7', high = '#636363', mid = '#ece7f2')+ #修改图例名字以及图中颜色
geom_text(aes(label=round(value,2)), family="Arial", angle=0, colour = "black",size=5)#显示每个栅格的数值及字体设置
p #legend的设置参见http://www.cookbook-r.com/Graphs/Legends_(ggplot2)/
输出效果图:
2、分级别显示
#引入包
library(ggplot2)
library(reshape)
library(zoo) #载入windows下的字体
library(extrafont)
#loadfonts(device="win")
#查看字体库
#fonts() #读取数据
mydata <- read.csv("G:\\R\\test\\Book3.csv",sep=",",header=TRUE)
mydata #数据转换成 ‘rowname, columnname, value’这样形式的数据
mydata.m <- melt(mydata) #将现有的value值划分等级
quantile_range <- quantile(mydata.m$value, na.rm = TRUE, probs = seq(0, 1, 0.2)) #颜色模板
color_palette <- colorRampPalette(c("green", "red"))(length(quantile_range) - 1) #图例标签
label_text <- rollapply(round(quantile_range, 2), width = 2, by = 1, FUN = function(i) paste(i, collapse = " : ")) #将value值用1,2,3,4...等级代替(用以着色)
mod_mat <- matrix(findInterval(mydata.m$value, quantile_range, all.inside = TRUE)) ##设置图形样式
theme_change <- theme(
#设置xy轴字体样式、大小等 colour="grey50",
axis.text.x=element_text(family = "Arial",size=12, colour="black",angle = 0),
axis.text.y=element_text(family = "Arial",size=12, colour="black",face="italic"),
axis.title.x=element_text(family = "Arial",angle=0, face="plain", size=14),#font face ("plain", "italic", "bold", "bold.italic")
axis.title.y=element_text(family = "Arial",angle=270, face="plain", size=14),
axis.line = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
#设置图例字体样式大小
#legend.text
#legend.title
#legend.position #the position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector)
#清空背景及xy轴样式
plot.background = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
panel.border = element_blank()
) ## 输出图形 #Arial
p <- ggplot(data = mydata.m, aes(mydata.m$variable, mydata.m$Name, fill=factor(melt(mod_mat)$value))) +
geom_tile()+
#geom_tile(color="white", size=0.1) + #color="white", size=0.1设置栅格之间的分割线颜色及大小
theme_classic() + #去掉灰快
theme_change +
scale_x_discrete(limits=c("BS","X", "BS1","RS"),labels=c("BS","","BS","RS"))+#x轴排序及标注
scale_y_discrete(limits=c("B","C","NA1","Meth1", "Meth2","Meth3","Meth4","NA2","S","G","M"),labels=c("B","C","","Meth1", "Meth2","Meth3","Meth4","","S","G","M"))+ #y轴排序及标注
xlab('row name1') +
ylab('column name') + #更改行名和列名
scale_fill_manual(values = color_palette, name = "Level", labels = label_text) +
#scale_fill_gradient(na.value='#FFFFFF',low = 'green', high = 'red')+ #修改图例名字以及图中颜色
#scale_fill_gradient2('legend name', na.value='#FFFFFF',low = '#8856a7', high = '#636363', mid = '#ece7f2')+ #修改图例名字以及图中颜色
geom_text(aes(label=round(value,2)), family="Arial", angle=0, colour = "black",size=5)#显示每个栅格的数值及字体设置
p #legend的设置参见http://www.cookbook-r.com/Graphs/Legends_(ggplot2)/
输出效果图:
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