使用3D Slicer进行颅骨去除
关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除
准备
此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块
使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网

在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的

下载下来之后把它们保存在无中文名字的文件夹内待用,并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha(atlas image.mha -> Atlas.mha,atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha)
使用
在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件
点击File,点击Add Data即可出现下面载入文件的界面,将上述文件导入即可

最后一次在选择Input, Output 和 Atlas,最后点击Apply,即可生成去除颅骨的图像

注意Output最好选择Create new Volume,这样生成的文件不会覆盖我们之前导入的文件。Altas部分就是导入我们之前在官网下载的两个图谱文件
效果

使用3D Slicer进行颅骨去除的更多相关文章
- 3D Slicer中文教程(七)—图像中值滤波
1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘 ...
- 3D Slicer中文教程(五)—三维视图颜色改变
3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是 ...
- 3D Slicer中文教程(八)—导出STL文件
一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软 ...
- 3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)
1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块 ...
- 3D Slicer中文教程(四)—图像分割
1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描 ...
- 3D Slicer中文教程(三)—数据加载及保存方式
1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有 ...
- 3D Slicer中文教程(一)—下载及安装方法
3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具 ...
- 3D Slicer Hide 3D Cube and Axis Labels Programmatically 使用代码隐藏三维视图中的方框和坐标轴标签
在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系 ...
- 使用3D Slicer对图像进行配准
在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑 ...
随机推荐
- 转发:已知rsa的模数和指数 生成pem公钥文件
1.安装cryptographysudo pip3 install cryptography 2.代码 #coding:utf8# pupulate-pub-key-v3.py#from crypto ...
- C语言编程遇到的问题
1.内存泄漏问题 问题代码1 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> int main( int argc, char *argv[] ) ...
- MATLAB2016a安装破解教程
首先,下载软件:下面是某博主的分享,可以下载软件. 链接:https://pan.baidu.com/s/1i6BgD8p 密码:17gg 第一步:安装软件 1,下载文件,得到R2016 ...
- LeetCode刷题:第七题 整数翻转 第九题 回文数
第七题题目描述: 给出一个 32 位的有符号整数,你需要将这个整数中每位上的数字进行反转. 示例 1: 输入: 123 输出: 321 示例 2: 输入: -123 输出: -321 示例 3: 输入 ...
- Shader_ShaderForge_NGUI_流光&波纹&消融
Shader篇 总结:总算解决了NGUI中Shader不能实时更改的问题,原来NGUI中的Texture组件提供了OnRender代码示例如下 /*************************** ...
- 学习Java的进度
这周我们通过老师的讲解带着我们回到了第八周的知识点.lambda表达式也是一种简化程序的好方法,通过回调程序的测试可以对比出lambda 表达式少的不是一两行代码,可以少了类中方法的定义,直接使用.内 ...
- [转] Introduction to AppArmor
Introduction to AppArmor http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1008906 Contents Post 1 Introducti ...
- js怎么实现继承?
3. js怎么实现继承? 1. 使用原型prototype 这个问题其实之前总结过了……但是面试时候有点忘……主要思想是记得的,但是不会写,还是基础太不牢靠,写的太少了.一开始因为不知道怎么能继承父类 ...
- libgdx学习记录3——动画Animation
libgdx动画采用Animation实现,即通过帧动画实现. 代码如下: package com.fxb.newtest; import com.badlogic.gdx.ApplicationAd ...
- 「ZJOI2019」&「十二省联考 2019」题解索引
「ZJOI2019」&「十二省联考 2019」题解索引 「ZJOI2019」 「ZJOI2019」线段树 「ZJOI2019」Minimax 搜索 「十二省联考 2019」 「十二省联考 20 ...