关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除

准备

此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块

使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网

在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的

下载下来之后把它们保存在无中文名字的文件夹内待用,并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha(atlas image.mha -> Atlas.mha,atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha)

使用

在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件

点击File,点击Add Data即可出现下面载入文件的界面,将上述文件导入即可

最后一次在选择Input, Output 和 Atlas,最后点击Apply,即可生成去除颅骨的图像

注意Output最好选择Create new Volume,这样生成的文件不会覆盖我们之前导入的文件。Altas部分就是导入我们之前在官网下载的两个图谱文件

效果

使用3D Slicer进行颅骨去除的更多相关文章

  1. 3D Slicer中文教程(七)—图像中值滤波

    1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘 ...

  2. 3D Slicer中文教程(五)—三维视图颜色改变

    3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是 ...

  3. 3D Slicer中文教程(八)—导出STL文件

    一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软 ...

  4. 3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)

    1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块 ...

  5. 3D Slicer中文教程(四)—图像分割

    1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描 ...

  6. 3D Slicer中文教程(三)—数据加载及保存方式

    1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有 ...

  7. 3D Slicer中文教程(一)—下载及安装方法

    3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具 ...

  8. 3D Slicer Hide 3D Cube and Axis Labels Programmatically 使用代码隐藏三维视图中的方框和坐标轴标签

    在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系 ...

  9. 使用3D Slicer对图像进行配准

    在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑 ...

随机推荐

  1. java开发过程中,报错Dangling meta character '*' near index 0,解决办法

    1.split方法转化字符串为数组: String[] strPicArr = map.get("hw_pic").toString().split("*"); ...

  2. IE兼容问题 动态生成的节点IE浏览器无法触发

    ie下click()不能操作文档中没有的节点,所以你可以在click()前添加下面的语句 document.body.appendChild( input ); input.style.display ...

  3. spring扩展点总结

    NamespaceHandler 通过自定义的NamespaceHandler,配合BeanDefinitionParser,可以完成自定义Bean的组装操作,对于BeanDefinition的数据结 ...

  4. pycharm无法使用ctrl+c/v复制粘贴的问题

    最近在使用pycharm的时候发现不能正常使用ctrl+c/v进行复制粘贴,也无法使用tab键对大段代码进行整体缩进.后来发现是因为安装了vim插件的问题,在setting里找到vim插件,取消勾选即 ...

  5. python之路(九)-函数装饰器

    装饰器 某公司的基础业务平台如下: def f1(): print('这是f1业务平台') def f2(): print('这是f2业务平台') def f3(): print('这是f3业务平台' ...

  6. SolrCloud的搭建与稳定性测试

    转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/wubdut/p/7573738.html 一.集群搭建 1. zookeeper搭建(版本:3.4) 1.1 zoo.cfg配置文件: ...

  7. 在注册表中查看Windows10系统激活密钥的方法

      1 2 3 4 5 6 7 分步阅读 百度经验:jingyan.baidu.com 激活Windows10系统(非自己使用激活密钥激活的系统)以后,我们不一定清楚激活密钥是什么.如果想查看自己电脑 ...

  8. SQL Server AlwaysOn搭建

    标签:SQL SERVER/MSSQL SERVER/数据库/DBA/高性能解决方案 概述 环境: 域服务器:windows server 2008 R2 SP1,192.168.2.10 DNS:1 ...

  9. 省钱版----查找 IoT 设备TTL线序__未完待续

    作者:仙果 原文来自:省钱版—-查找 IoT 设备TTL线序 省钱版----查找 IoT 设备TTL线序__未完待续 缘由 在IoT固件调试分析的过程中,建议首先在IoT设备的板子上焊接调试线,这是能 ...

  10. 【sql注入】浅谈JSP安全开发之SQL注入

    [sql注入]浅谈JSP安全开发之SQL注入 本文转自:i春秋社区 前言不管是用什么语言编写WEB应用程序,他们都或多或少有一些地方存在漏洞.如果你想知道漏洞的运行原理,和防御方案,那么请看完本篇文章 ...