关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除

准备

此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块

使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网

在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的

下载下来之后把它们保存在无中文名字的文件夹内待用,并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha(atlas image.mha -> Atlas.mha,atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha)

使用

在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件

点击File,点击Add Data即可出现下面载入文件的界面,将上述文件导入即可

最后一次在选择Input, Output 和 Atlas,最后点击Apply,即可生成去除颅骨的图像

注意Output最好选择Create new Volume,这样生成的文件不会覆盖我们之前导入的文件。Altas部分就是导入我们之前在官网下载的两个图谱文件

效果

使用3D Slicer进行颅骨去除的更多相关文章

  1. 3D Slicer中文教程(七)—图像中值滤波

    1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘 ...

  2. 3D Slicer中文教程(五)—三维视图颜色改变

    3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是 ...

  3. 3D Slicer中文教程(八)—导出STL文件

    一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软 ...

  4. 3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)

    1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块 ...

  5. 3D Slicer中文教程(四)—图像分割

    1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描 ...

  6. 3D Slicer中文教程(三)—数据加载及保存方式

    1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有 ...

  7. 3D Slicer中文教程(一)—下载及安装方法

    3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具 ...

  8. 3D Slicer Hide 3D Cube and Axis Labels Programmatically 使用代码隐藏三维视图中的方框和坐标轴标签

    在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系 ...

  9. 使用3D Slicer对图像进行配准

    在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑 ...

随机推荐

  1. Unity跳转场景

    Unity中如何加载场景 1.首先需要将场景添加到 Build Settings中,如下图: 2.引用using UnityEngine.SceneManagement; 同步加载:如果场景很大,有可 ...

  2. 海龟绘图turtle库之二级基础编程题

    一.画一个太极图 import turtle as t t.pensize(2)#设置笔画宽度 t.circle(100)#以100为半径的圆 t.circle(50, 180) t.circle(- ...

  3. springboot的拦截器Interceptor的性质

    Interceptor在springboot2.x版本的快速入门 实现HandlerInterceptor的接口,并重载它的三个方法:preHandle.postHandle.afterComplet ...

  4. kali入门

    第一章:入门kalilinux By:鬼尘 第一章基本上就是涵盖以下的主题: ·kali的发展简史 ·kali的一般用途 ·kali的下载与安装 ·kali的配置与更新 在本章结尾部分,我们还会介绍k ...

  5. Storm知识点笔记

    Spark和Storm Spark基于MapReduce算法实现的分布式计算,不同于MapReduce的是,作业中间结果可以保存在内存中,而不要再读写HDFS, Spark适用于数据挖掘和机器学习等需 ...

  6. vmWare pro 14.1.1+ubuntu-desktop-amd64的总体安装流程

    vmWare pro正常安装 下载后双击安装,按步骤走即可 创建虚拟机 设置虚拟机 window设置虚拟化技术 电脑重启后,弹出如下所示,选择 疑难解答->高级选项->UEFI固件设置-& ...

  7. js读取txt文件

    $('#selectAreaFile').on('change',function(e){//用户区域的文件选择        var files=e.target.files;        if ...

  8. Redhat7配置ali-yum源

    1.删除所有包 rpm -qa|grep yum|xargs rpm -e --nodeps 2.下载相关文件 下载地址  https://mirrors.aliyun.com/centos/7/os ...

  9. 「ZJOI2017」树状数组(二维线段树)

    「ZJOI2017」树状数组(二维线段树) 吉老师的题目真是难想... 代码中求的是 \(\sum_{i=l-1}^{r-1}a_i\),而实际求的是 \(\sum_{i=l}^{r}a_i\),所以 ...

  10. JavaScript变量与数据类型详解

    变量 变量来源于数学,是计算机语言中能储存计算结果或能表示值抽象概念.变量可以通过变量名访问. 变量的作用就是用于存储值. 语法: 声明变量时,总是以关键字var打头.任何情况下都应该这样做.然后给变 ...