关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除

准备

此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块

使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网

在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的

下载下来之后把它们保存在无中文名字的文件夹内待用,并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha(atlas image.mha -> Atlas.mha,atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha)

使用

在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件

点击File,点击Add Data即可出现下面载入文件的界面,将上述文件导入即可

最后一次在选择Input, Output 和 Atlas,最后点击Apply,即可生成去除颅骨的图像

注意Output最好选择Create new Volume,这样生成的文件不会覆盖我们之前导入的文件。Altas部分就是导入我们之前在官网下载的两个图谱文件

效果

使用3D Slicer进行颅骨去除的更多相关文章

  1. 3D Slicer中文教程(七)—图像中值滤波

    1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘 ...

  2. 3D Slicer中文教程(五)—三维视图颜色改变

    3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是 ...

  3. 3D Slicer中文教程(八)—导出STL文件

    一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软 ...

  4. 3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)

    1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块 ...

  5. 3D Slicer中文教程(四)—图像分割

    1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描 ...

  6. 3D Slicer中文教程(三)—数据加载及保存方式

    1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有 ...

  7. 3D Slicer中文教程(一)—下载及安装方法

    3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具 ...

  8. 3D Slicer Hide 3D Cube and Axis Labels Programmatically 使用代码隐藏三维视图中的方框和坐标轴标签

    在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系 ...

  9. 使用3D Slicer对图像进行配准

    在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑 ...

随机推荐

  1. C#项目学习记录

    1,   Visual Studio Code 添加VS 2017的开发人员命令提示符---C#编译环境 2,  C#编译器和CLI的安装 注意:自己的电脑上配置环境变量时,配置在系统变量的Path中 ...

  2. apache kylin的单节点及多节点安装

    Kylin的使用安装文档Kylin简介Kylin是什么Apache Kylin是一个开源的分布式分析引擎,最初由eBay开发贡献至开源社区.它提供Hadoop之上的SQL查询接口及多维分析(OLAP) ...

  3. BZOJ3105-新Nim游戏

    Description 传统的Nim游戏是这样的:有一些火柴堆,每堆都有若干根火柴(不同堆的火柴数量可以不同).两个游戏者轮流操作,每次可以选一个火柴堆拿走若干根火柴.可以只拿一根,也可以拿走整堆火柴 ...

  4. Java变成思想--多线程

    Executor :线程池 CatchedThreadPool:创建与所需数量相同的线程,在回收旧线程是停止创建新县城. FixedThreadPool:创建一定数量的线程,所有任务公用这些线程. S ...

  5. UltraISO制作CentOS 7.6 U盘引导安装盘

    一.制作准备: 1.UltraISO下载安装 2.CentOS镜像文件下载(阿里镜像下载) 二.制作引导盘: 1.电脑插入U盘 2.UltraISO加载镜像文件: 文件->打开->选择对应 ...

  6. DOSBOX的安装和使用(window10 64位)

    1.安装DOSBOX DOXBOX和MASM的下载和安装 2.使用DOSBOX 1.打开只有一个窗口的dosbox 2.修改dosbox的分辨率 1.打开DOSBox 0.74 Options.bat ...

  7. Java对象序列化和返序列化

    public class SerializeUtil { /** * 序列化 * * @param object * @return */ public static byte[] serialize ...

  8. iOS 数组问题

    在iOS开发过程中,使用json抓取网络数据进行解析时,用tableview承载,发现数据已经抓取到,但是在cell里面使用却会导致程序崩溃 原因可能是初始化方法问题,将 _infoArray=[[N ...

  9. 谈谈Java中的代理模式

    首先来看一下代理模式的定义:为其他对象提供一种代理以控制对这个对象的访问.在某些情况下,一个对象不适合或者不能直接引用另一个对象,而代理对象可以在客户端和目标对象之间起到中介的作用, 其特征是代理类与 ...

  10. ajax&bootstrap

    1.ajax 后台 # 通过flask框架搭建后台 from flask import flask,request # 创建一个服务器对象 app = Flask(__name__) # 解决ajax ...