三种方法实现PCA算法（Python）

　　主成分分析，即Principal Component Analysis（PCA），是多元统计中的重要内容，也广泛应用于机器学习和其它领域。它的主要作用是对高维数据进行降维。PCA把原先的n个特征用数目更少的k个特征取代，新特征是旧特征的线性组合，这些线性组合最大化样本方差，尽量使新的k个特征互不相关。关于PCA的更多介绍，请参考：https://en.wikipedia.org/wiki/Principal_component_analysis.

　　PCA的主要算法如下：

• 组织数据形式，以便于模型使用；
• 计算样本每个特征的平均值；
• 每个样本数据减去该特征的平均值（归一化处理）；
• 求协方差矩阵；
• 找到协方差矩阵的特征值和特征向量；
• 对特征值和特征向量重新排列（特征值从大到小排列）；
• 对特征值求取累计贡献率；
• 对累计贡献率按照某个特定比例选取特征向量集的子集合；
• 对原始数据（第三步后）进行转换。

　　其中协方差矩阵的分解可以通过按对称矩阵的特征向量来，也可以通过分解矩阵的SVD来实现，而在Scikit-learn中，也是采用SVD来实现PCA算法的。关于SVD的介绍及其原理，可以参考：矩阵的奇异值分解（SVD）（理论）。

　　本文将用三种方法来实现PCA算法，一种是原始算法，即上面所描述的算法过程，具体的计算方法和过程，可以参考：A tutorial on Principal Components Analysis, Lindsay I Smith. 一种是带SVD的原始算法，在Python的Numpy模块中已经实现了SVD算法，并且将特征值从大从小排列，省去了对特征值和特征向量重新排列这一步。最后一种方法是用Python的Scikit-learn模块实现的PCA类直接进行计算，来验证前面两种方法的正确性。

　　用以上三种方法来实现PCA的完整的Python如下：

 import numpy as np
 from sklearn.decomposition import PCA
 import sys
 #returns choosing how many main factors
 def index_lst(lst, component=0, rate=0):
     #component: numbers of main factors
     #rate: rate of sum(main factors)/sum(all factors)
     #rate range suggest: (0.8,1)
     #if you choose rate parameter, return index = 0 or less than len(lst)
     if component and rate:
         print('Component and rate must choose only one!')
         sys.exit(0)
     if not component and not rate:
         print('Invalid parameter for numbers of components!')
         sys.exit(0)
     elif component:
         print('Choosing by component, components are %s......'%component)
         return component
     else:
         print('Choosing by rate, rate is %s ......'%rate)
         for i in range(1, len(lst)):
             if sum(lst[:i])/sum(lst) >= rate:
                 return i
         return 0

 def main():
     # test data
     mat = [[-1,-1,0,2,1],[2,0,0,-1,-1],[2,0,1,1,0]]

     # simple transform of test data
     Mat = np.array(mat, dtype='float64')
     print('Before PCA transforMation, data is:\n', Mat)
     print('\nMethod 1: PCA by original algorithm:')
     p,n = np.shape(Mat) # shape of Mat
     t = np.mean(Mat, 0) # mean of each column

     # substract the mean of each column
     for i in range(p):
         for j in range(n):
             Mat[i,j] = float(Mat[i,j]-t[j])

     # covariance Matrix
     cov_Mat = np.dot(Mat.T, Mat)/(p-1)

     # PCA by original algorithm
     # eigvalues and eigenvectors of covariance Matrix with eigvalues descending
     U,V = np.linalg.eigh(cov_Mat)
     # Rearrange the eigenvectors and eigenvalues
     U = U[::-1]
     for i in range(n):
         V[i,:] = V[i,:][::-1]
     # choose eigenvalue by component or rate, not both of them euqal to 0
     Index = index_lst(U, component=2)  # choose how many main factors
     if Index:
         v = V[:,:Index]  # subset of Unitary matrix
     else:  # improper rate choice may return Index=0
         print('Invalid rate choice.\nPlease adjust the rate.')
         print('Rate distribute follows:')
         print([sum(U[:i])/sum(U) for i in range(1, len(U)+1)])
         sys.exit(0)
     # data transformation
     T1 = np.dot(Mat, v)
     # print the transformed data
     print('We choose %d main factors.'%Index)
     print('After PCA transformation, data becomes:\n',T1)

     # PCA by original algorithm using SVD
     print('\nMethod 2: PCA by original algorithm using SVD:')
     # u: Unitary matrix,  eigenvectors in columns
     # d: list of the singular values, sorted in descending order
     u,d,v = np.linalg.svd(cov_Mat)
     Index = index_lst(d, rate=0.95)  # choose how many main factors
     T2 = np.dot(Mat, u[:,:Index])  # transformed data
     print('We choose %d main factors.'%Index)
     print('After PCA transformation, data becomes:\n',T2)

     # PCA by Scikit-learn
     pca = PCA(n_components=2) # n_components can be integer or float in (0,1)
     pca.fit(mat)  # fit the model
     print('\nMethod 3: PCA by Scikit-learn:')
     print('After PCA transformation, data becomes:')
     print(pca.fit_transform(mat))  # transformed data

 main()

运行以上代码，输出结果为：

　　这说明用以上三种方法来实现PCA都是可行的。这样我们就能理解PCA的具体实现过程啦~~有兴趣的读者可以用其它语言实现一下哈~~

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参考文献：

1. PCA 维基百科： https://en.wikipedia.org/wiki/Principal_component_analysis.
2. 讲解详细又全面的PCA教程： A tutorial on Principal Components Analysis, Lindsay I Smith.
3. 博客：矩阵的奇异值分解（SVD）（理论）：http://www.cnblogs.com/jclian91/p/8022426.html.
4. 博客：主成分分析PCA: https://www.cnblogs.com/zhangchaoyang/articles/2222048.html.
5. Scikit-learn的PCA介绍：http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.decomposition.PCA.html.