spark shc hbase 超时问题 hbase.client.scanner.timeout.period 配置
异常信息
20/02/27 19:36:21 INFO TaskSetManager: Starting task 17.1 in stage 3.0 (TID 56, 725.slave.adh, executor 50, partition 17, RACK_LOCAL, 9698 bytes)
20/02/27 19:36:22 WARN TaskSetManager: Lost task 21.0 in stage 3.0 (TID 24, 728.slave.adh, executor 63): org.apache.hadoop.hbase.client.ScannerTimeoutException: 6603499ms passed since the last invocation, timeout is currently set to 3600000
at org.apache.hadoop.hbase.client.ClientScanner.loadCache(ClientScanner.java:434)
at org.apache.hadoop.hbase.client.ClientScanner.next(ClientScanner.java:364)
at org.apache.spark.sql.execution.datasources.hbase.HBaseTableScanRDD$$anon$2.hasNext(HBaseTableScan.scala:187)
at scala.collection.Iterator$JoinIterator.hasNext(Iterator.scala:216)
at scala.collection.Iterator$ConcatIterator.advance(Iterator.scala:183)
at scala.collection.Iterator$ConcatIterator.hasNext(Iterator.scala:195)
at scala.collection.Iterator$ConcatIterator.hasNext(Iterator.scala:192)
at org.apache.spark.sql.execution.datasources.hbase.HBaseTableScanRDD$$anon$3.hasNext(HBaseTableScan.scala:215)
at scala.collection.Iterator$$anon$11.hasNext(Iterator.scala:408)
at org.apache.spark.sql.catalyst.expressions.GeneratedClass$GeneratedIteratorForCodegenStage1.processNext(Unknown Source)
at org.apache.spark.sql.execution.BufferedRowIterator.hasNext(BufferedRowIterator.java:43)
at org.apache.spark.sql.execution.WholeStageCodegenExec$$anonfun$10$$anon$1.hasNext(WholeStageCodegenExec.scala:614)
at scala.collection.Iterator$$anon$11.hasNext(Iterator.scala:408)
at org.apache.spark.shuffle.sort.BypassMergeSortShuffleWriter.write(BypassMergeSortShuffleWriter.java:148)
at org.apache.spark.scheduler.ShuffleMapTask.runTask(ShuffleMapTask.scala:96)
at org.apache.spark.scheduler.ShuffleMapTask.runTask(ShuffleMapTask.scala:53)
at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala:109)
at org.apache.spark.executor.Executor$TaskRunner.run(Executor.scala:345)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
Caused by: org.apache.hadoop.hbase.UnknownScannerException: org.apache.hadoop.hbase.UnknownScannerException: Name: 39288877, already closed?
at org.apache.hadoop.hbase.regionserver.RSRpcServices.scan(RSRpcServices.java:2128)
at org.apache.hadoop.hbase.protobuf.generated.ClientProtos$ClientService$2.callBlockingMethod(ClientProtos.java:32205)
at org.apache.hadoop.hbase.ipc.RpcServer.call(RpcServer.java:2034)
at org.apache.hadoop.hbase.ipc.CallRunner.run(CallRunner.java:107)
at org.apache.hadoop.hbase.ipc.RpcExecutor.consumerLoop(RpcExecutor.java:130)
at org.apache.hadoop.hbase.ipc.RpcExecutor$1.run(RpcExecutor.java:107)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745) at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:62)
at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:45)
at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:423)
at org.apache.hadoop.hbase.RemoteExceptionHandler.decodeRemoteException(RemoteExceptionHandler.java:97)
at org.apache.hadoop.hbase.client.ScannerCallable.call(ScannerCallable.java:266)
at org.apache.hadoop.hbase.client.ScannerCallable.call(ScannerCallable.java:62)
at org.apache.hadoop.hbase.client.RpcRetryingCaller.callWithoutRetries(RpcRetryingCaller.java:200)
at org.apache.hadoop.hbase.client.ScannerCallableWithReplicas$RetryingRPC.call(ScannerCallableWithReplicas.java:350)
at org.apache.hadoop.hbase.client.ScannerCallableWithReplicas$RetryingRPC.call(ScannerCallableWithReplicas.java:324)
at org.apache.hadoop.hbase.client.RpcRetryingCaller.callWithRetries(RpcRetryingCaller.java:126)
at org.apache.hadoop.hbase.client.ResultBoundedCompletionService$QueueingFuture.run(ResultBoundedCompletionService.java:64)
... 3 more
---
首先查到了需要调整参数 base.client.scanner.timeout.period，项目使用shc 不是外部维护的conf，配置如何加是个问题
方式1 改本地配置，找到两个可能的配置文件
/opt/hbase/conf/hbase-site.xml
/opt/hadoop/etc/hadoop/hbase-site.xml
添加
<property>
<name>hbase.client.scanner.timeout.period</name>
<value>36100000</value>
</property>
提交，问题依旧
方式2 官方 readme.md 有相关的示例
https://github.com/hortonworks-spark/shc
./bin/spark-submit --class your.application.class --master yarn-client --packages com.hortonworks:shc-core:1.1.-2.1-s_2. --repositories http://repo.hortonworks.com/content/groups/public/ --jars /usr/hdp/current/phoenix-client/phoenix-server.jar --files /etc/hbase/conf/hbase-site.xml /To/your/application/jar
主要看到提交了 --files /etc/hbase/conf/hbase-site.xml 文件
更改本地 hbase-site.xml 添加
<property>
<name>hbase.client.scanner.timeout.period</name>
<value>36100000</value>
</property>
后 spark-submit --files /etc/hbase/conf/hbase-site.xml
线上任务失败报错，任务无法执行，猜测是线上本身有hbase-site.xml和本地的hbase-site.xml 不一致,提交本地hbase-site.xml文件，覆盖了原本正常的配置，导致异常
可以找hbase的维护方，要一个完整的线上配置文件，再添加hbase.client.scanner.timeout.period 项后提交。
方式3 在没有线上原始hbase-site.xml的情况下，试试提交hbase-default.xml
新建文件 hbase-default.xml
<?xml version="1.0"?>
<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="configuration.xsl"?>
<configuration>
<property>
<name>hbase.client.scanner.timeout.period</name>
<value>3620000</value>
</property>
</configuration>
后 spark-submit --files /etc/hbase/conf/hbase-default.xml
报错
20/02/27 22:53:40 INFO SparkContext: Successfully stopped SparkContext
20/02/27 22:53:40 INFO ApplicationMaster: Unregistering ApplicationMaster with FAILED (diag message: User class threw exception: java.lang.RuntimeException: hbase-default.xml file seems to be for an older version of H
Base (null), this version is 1.2.2
at org.apache.hadoop.hbase.HBaseConfiguration.checkDefaultsVersion(HBaseConfiguration.java:71)
首先报错，原因是hbase-site.xml检查版本,hbase-default.xml版本不一致，虽然报错，不过看到希望了，有检测，表示会加载
添加项 hbase.defaults.for.version和线上hbase版本一致
<?xml version="1.0"?>
<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="configuration.xsl"?>
<configuration>
<property>
<name>hbase.client.scanner.timeout.period</name>
<value>3620000</value>
</property>
<property>
<name>hbase.defaults.for.version</name>
<value>1.2.2</value>
</property>
</configuration>
提交任务执行正常
但依然报错
20/02/27 19:36:22 WARN TaskSetManager: Lost task 21.0 in stage 3.0 (TID 24, 728.slave.adh, executor 63): org.apache.hadoop.hbase.client.ScannerTimeoutException: 3803499ms passed since the last invocation, timeout is currently set to 3600000
hbase-default.xml的配置根本就没有生效，比较奇怪，有检测版本的异常，则应该是加载hbase-default.xml文件，配置已经加进去了，先放下
---
方法4
官方
https://github.com/hortonworks-spark/shc/issues/160
There are two ways to do this:
(1) put your extra configurations in a file, and make the file as the value of HBaseRelation.HBASE_CONFIGFILE. Refer to here.
(2) put your extra configurations in json format, and make the json as the value of HBaseRelation.HBASE_CONFIGURATION.
没有指定HBaseRelation.HBASE_CONFIGFILE则用path下的配置，但上面几种改hbase-default.xml，hbase-site.xml的方式都失败了
试试 HBaseRelation.HBASE_CONFIGURATION.
val hBaseConfiguration = parameters.get(HBaseRelation.HBASE_CONFIGURATION).map(
parse(_).extract[Map[String, String]]) al conf = HBaseConfiguration.create
hBaseConfiguration.foreach(_.foreach(e => conf.set(e._1, e._2)))
hBaseConfigFile.foreach(e => conf.set(e._1, e._2))
conf
parse转json字符串串，再提取extract为 k:v 结构，问时是看这样子json串里的配置会被hbase-site.xml里的替换掉，不知道线上hbase-site.xml里有没有这相配置
试试
.options(Map(
HBaseTableCatalog.tableCatalog -> catalog.catalogEsDocByFields(hTable, fields),
HBaseRelation.HBASE_CONFIGURATION ->"{\"hbase.client.scanner.timeout.period\": \"3820000\"}"
))
提交任务，任务执行
20/02/28 03:35:15 ERROR Executor: Exception in task 16.1 in stage 3.0 (TID 50)
org.apache.hadoop.hbase.client.ScannerTimeoutException: 4092211ms passed since the last invocation, timeout is currently set to 3820000
3820000 虽然报错，但base.client.scanner.timeout.period这个参数是终于生效了
问题解决，补充，因为不同yarn集群path下的hbase-site.xml内容可能不同，方案并不适用全部场景
spark shc hbase 超时问题 hbase.client.scanner.timeout.period 配置的更多相关文章
- spark批量写写数据到Hbase中（bulkload方式）
1:为什么大批量数据集写入Hbase中,需要使用bulkload BulkLoad不会写WAL,也不会产生flush以及split. 如果我们大量调用PUT接口插入数据,可能会导致大量的GC操作.除了 ...
- 由hbase.client.scanner.caching参数引发的血案（转）
转自:http://blog.csdn.net/rzhzhz/article/details/7536285 环境描述 Hadoop 0.20.203.0Hbase 0.90.3Hive 0.80.1 ...
- kerberos环境下spark消费kafka写入到Hbase
一.准备环境: 创建Kafka Topic和HBase表 1. 在kerberos环境下创建Kafka Topic 1.1 因为kafka默认使用的协议为PLAINTEXT,在kerberos环境下需 ...
- Spark：DataFrame批量导入Hbase的两种方式(HFile、Hive)
Spark处理后的结果数据resultDataFrame可以有多种存储介质,比较常见是存储为文件.关系型数据库,非关系行数据库. 各种方式有各自的特点,对于海量数据而言,如果想要达到实时查询的目的,使 ...
- spark（三）从hbase取数据
前言 通过spark获取hbase数据的过程中,遇到了InputFormat.文章主要围绕InputFormat介绍.会牵扯到spark,mapreduce,hbase相关内容 InputFormat ...
- 使用 Spark SQL 高效地读写 HBase
Apache Spark 和 Apache HBase 是两个使用比较广泛的大数据组件.很多场景需要使用 Spark 分析/查询 HBase 中的数据,而目前 Spark 内置是支持很多数据源的,其中 ...
- Hbase框架原理及相关的知识点理解、Hbase访问MapReduce、Hbase访问Java API、Hbase shell及Hbase性能优化总结
转自:http://blog.csdn.net/zhongwen7710/article/details/39577431 本blog的内容包含: 第一部分:Hbase框架原理理解 第二部分:Hbas ...
- HBase伪分布式安装(HDFS)+ZooKeeper安装+HBase数据操作+HBase架构体系
HBase1.2.2伪分布式安装(HDFS)+ZooKeeper-3.4.8安装配置+HBase表和数据操作+HBase的架构体系+单例安装,记录了在Ubuntu下对HBase1.2.2的实践操作,H ...
- HBase 实战(1)--HBase的数据导入方式
前言: 作为Hadoop生态系统中重要的一员, HBase作为分布式列式存储, 在线实时处理的特性, 备受瞩目, 将来能在很多应用场景, 取代传统关系型数据库的江湖地位. 本篇博文重点讲解HBase的 ...
随机推荐
- 113-PHP使用instanceof判断变量是否为某个类对象
<?php class ren{ //定义人类 } class mao{ //定义猫类 } $ren=new ren(); //实例化一个人类的对象 $mao=new mao(); //实例化一 ...
- unicode字符等价探究
Demobaidu.com(\uff41)能跳转到baidu.combаidu.com(\u0430)不能跳转到baidu.com,被认为成一个其他域名 等价原因两个不同编码的Unicode字符之间可 ...
- Day 16：输入输出字符流、缓冲输入字符流
输入输出字节流输出字符时的常见问题 import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStre ...
- 使用Oracle VM VirtualBox创建虚拟机教程
使用Oracle VM VirtualBox创建虚拟机教程 ...
- ZOJ - 3961 Let's Chat(区间相交)
题意:给定一个长度为n的序列,A和B两人分别给定一些按递增顺序排列的区间,区间个数分别为x和y,问被A和B同时给定的区间中长度为m的子区间个数. 分析: 1.1 ≤ n ≤ 109,而1 ≤x, y ...
- mysql与mariadb性能测试方法
本方法来自于阿里云的MySQL性能白皮书,原文地址:https://help.aliyun.com/document_detail/35264.html?spm=a2c4g.11174359.6.77 ...
- linux_c_tcp_example
server #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include <uni ...
- 用python3读csv文件出现UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xd6 in position 0: invalid continuation byte
1.python3读取csv文件时报如下图所示的错误 2.分析原因:读取的csv文件不是 UTF8 编码的,而IDE工具默认采用 UTF8 解码.解决方法是修改源文件的解码方式. 3.使用nodepa ...
- c#中的Task异步编程
https://docs.microsoft.com/en-us/dotnet/csharp/programming-guide/concepts/async/index翻译 1. 引入 Task异步 ...
- CocoaPods为多个target添加依赖库/Podfile的配置
Podfile的相关配置,请看官方文档http://guides.cocoapods.org/syntax/podfile.html 1)多个target公用相同库,还可以添加额外的不同第三方库 编辑 ...