NCBI存在的问题:

数据用户的增长

软件开发受限

数据分析缺乏

有些传统束缚,仅用底层语言书写

Pangenome

Open gene是随菌株数量增大而增大的gene,Closed gene是随菌株数量增大而趋于平滑的gene。

Mategenomics and longevity,例子:年轻人的粪便使得老年鱼活的时间更长

Genomics for precision medicine

研究碱基

GC content,三个氢键比较稳定(S)

chargaff''s rule

GC content与何种生物特性有关。

比如与Genome size成正比。

Eg:复制后突变使得CG content变高,用于研究演化。

Eg:利用CG content 正负找到复制起始位点。

Genetic codes:

因为先RNA后DNA,所以从AU开始。GCN中的N表四重简并位点。

由左上角开始起源,GCP1、GCP2,GC-rich、AT-rich。

根据Physicoochemical分析可知:

中间是A则是电极

中间是C则是疏水

中间是G则是复杂

Modeling sequencing analyse

S=C∪G

R=A∪T

连乘得到的密码子的content,在不同物种中比较,每个氨基酸的预期与实际比较,提示有密码子中的氨基酸活跃位点,利用氨基酸矩阵比较,验证了此想法,容易变化的位点是因为理化性质相似。

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