由于经常需要涉及到TCGA数据的分析,我简单的整理了一下数据批量下载的文件后缀。

  1. cancer_name <- "SKCM"
  2. output_path <- paste0("/home/wang/Documents/课题/data/zip/", cancer_name)
  3. system(paste0("mkdir ", output_path))
  4.  
  5. axel_string <- paste0("axel -n 30 -o ", output_path, " ")
  6. main_path <- paste0("http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2016_01_28/data/", cancer_name, "/20160128/gdac.broadinstitute.org_")
  7.  
  8. #gene
  9. gene_path <- paste0(main_path, cancer_name, ".Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes__data.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz")
  10. system(paste0(axel_string, gene_path))
  11.  
  12. #methylation
  13. methylation_path <- paste0(main_path, cancer_name, ".Methylation_Preprocess.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz")
  14. system(paste0(axel_string, methylation_path))
  15.  
  16. #mutation
  17. mutation_path <- paste0(main_path, cancer_name, ".Mutation_Packager_Calls.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz")
  18. system(paste0(axel_string, mutation_path))
  19.  
  20. #SCNA
  21. SCNA_path <- paste0(main_path, cancer_name, ".Merge_snp__genome_wide_snp_6__broad_mit_edu__Level_3__segmented_scna_hg19__seg.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz")
  22. system(paste0(axel_string, SCNA_path))
  23.  
  24. #clinical
  25. clinical_path <- paste0(main_path, cancer_name, ".Merge_Clinical.Level_1.2016012800.0.0.tar.gz")
  26. system(paste0(axel_string, clinical_path))
  27.  
  28. #miRNA
  29. miRNA_path <- paste0(main_path, cancer_name, ".Merge_mirnaseq__illuminahiseq_mirnaseq__bcgsc_ca__Level_3__miR_gene_expression__data.Level_3.2016012800.0.0.tar.gz")
  30. system(paste0(axel_string, miRNA_path))

  

TCGA数据批量下载的更多相关文章

  1. 【数据下载】利用wget命令批量下载ftp文件和文件夹

    这是一个“”数据大发现”的时代,大家都在创造数据,使用数据以及分享数据,首先一步我们就需要从数据库download我们需要的数据. Ftp是一种常见的在线数据库,今天介绍一种可以批量下载文件夹的方法, ...

  2. 用Python批量下载DACC的MODIS数据

    本人初次尝试用Python批量下载DACC的MODIS数据,记下步骤,提醒自己,数据还在下载,成功是否未知,等待结果中...... 若有大佬发现步骤有不对之处,望指出,不胜感激. 1.下载Python ...

  3. 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?

    目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...

  4. Git批量下载MODIS数据

    1.download.sh获取 EarthData(需注册账号)中获取MODIS的产品类型.地理范围.时间年份等,进入下载页面Download Status 下载点击得到_download.sh 文件 ...

  5. 批量下载小说网站上的小说(python爬虫)

    随便说点什么 因为在学python,所有自然而然的就掉进了爬虫这个坑里,好吧,主要是因为我觉得爬虫比较酷,才入坑的. 想想看,你可以批量自动的采集互联网上海量的资料数据,是多么令人激动啊! 所以我就被 ...

  6. 批量下载网站图片的Python实用小工具

    定位 本文适合于熟悉Python编程且对互联网高清图片饶有兴趣的筒鞋.读完本文后,将学会如何使用Python库批量并发地抓取网页和下载图片资源.只要懂得如何安装Python库以及运行Python程序, ...

  7. 使用js脚本批量下载慕课网视频

    慕课网(http://www.imooc.com/)上有很多不错的视频,当然我不是来给慕课网打广告的,我本人学习过很多慕课网上的免费的视频. 在线看如果网速慢时,可能会有卡顿,没网时无法观看.所有说下 ...

  8. R语言之RCurl实现文件批量下载

    前言: RCurl工具包的作者是由Duncan Temple Lang现任加州大学 U.C. Davis分校副教授.他曾致力于借助统计整合进行信息技术的探索.使用者通过RCurl可以轻易访问网页,进行 ...

  9. php批量下载文件

    最近用codeigniter开发一个图片网站,发现单文件下载很容易实现,批量下载的话,就有点麻烦. 普通php下载比较简单,比如我封装的一个函数: function shao_download($fi ...

随机推荐

  1. Exchange2016 & Skype for business 集成之一配置合作伙伴应用程序

    准备条件 为Skype for Business Server和Exchange Server之间建立服务器到服务器的身份验证,您必须做两件事:1)您必须为每台服务器分配合适的证书(详细参考文档htt ...

  2. 沉淀再出发:用python画各种图表

    沉淀再出发:用python画各种图表 一.前言 最近需要用python来做一些统计和画图,因此做一些笔记. 二.python画各种图表 2.1.使用turtle来画图 import turtle as ...

  3. Linux环境下GNU, GCC, G++编译器

    版权声明:本文为博主原创文章,未经博主同意不得转载. https://blog.csdn.net/u012823258/article/details/36890125 一.GNU GNU是" ...

  4. ZooKeeper学习之路 (四)ZooKeeper开发环境eclipse配置

    一.eclipse中配置zookeeper开发环境 1)将zookeeper eclipse plugin中的6个jar包放到eclipse安装目录下的plugins文件中,重启eclipse (2) ...

  5. Java实现发邮件功能

    代码如下: package com.weimob.finance.utils;import java.io.UnsupportedEncodingException;import java.util. ...

  6. rinted端口转发工具

    下载包: [root@localhost opt]# wget https://boutell.com/rinetd/http/rinetd.tar.gz 解压编译安装: [root@localhos ...

  7. 程序员职业规划(一篇来自"阿里Java工程师"对工作3年左右程序员的职业建议和应该掌握的职业技能)

    程序员的三个阶段(转载) 第一阶段:三年 我认为三年对于程序员来说是第一个门槛,这个阶段将会淘汰掉一批不适合写代码的人. 这一阶段,我们走出校园,迈入社会,成为一名程序员,正式从书本上的内容迈向真正的 ...

  8. [SCOI2005]互不侵犯(状压DP)

    嗝~算是状压DP的经典题了~ #\(\mathcal{\color{red}{Description}}\) 在\(N×N\)的棋盘里面放\(K\)个国王,使他们互不攻击,共有多少种摆放方案.国王能攻 ...

  9. Loadrunner之HTTP接口测试

    Loadrunner之HTTP接口测试 接口测试的原理是通过测试程序模拟客户端向服务器发送请求报文,服务器接收请求报文后对相应的报文做出处理然后再把应答报文发送给客户端,客户端接收应答报文这一个过程. ...

  10. ucosii任务堆栈的作用是什么呢?

    http://blog.csdn.net/supreme42/article/details/7397241 第一,当任务运行时,它用来保存一些局部变量:第二,当任务挂起时,它负责保存任务的运行现场, ...