首先需要将GSVA的矩阵结果转换成如下格式:

然后使用如下代码进行作图

infile <- "draw_pre_violin_heatmap.txt"
data <- read.table(infile,header=TRUE,sep="\t") data$group <- factor(data$group,levels=c("WT","TG","M"),ordered=TRUE)
data$pathway <- factor(data$pathway,levels=unique(data$pathway))
data$type <- factor(data$type,levels=c("inflammatory"),ordered=TRUE) p <- ggplot(data,aes(x=group,y=exp_mean)) +
geom_violin(fill="#C7B3E5",color="#C7B3E5",trim=F,alpha=0.2,width=0.8) +
geom_segment(aes(x=x,xend=xend,y=y,yend=yend,color=pathway),size=0.5) +
geom_point(aes(fill=pathway),shape=21,size=2,color="black") +
ylim(-0.5,0.4) +
theme_bw() +
scale_fill_manual(values=c(colorRampPalette(brewer.pal(9,"Reds")[c(4,6)])(7)
)) +
scale_color_manual(values=c(colorRampPalette(brewer.pal(9,"Reds")[c(4,6)])(7)
)) +
ylab("GSVA Enrichment Score") +xlab("Sample Group")
ggsave("violin_filter.pdf",p,height=5,width=10)
p2 <- p +theme(legend.position="none")
ggsave("violin_filter_nolab.pdf",p2,height=5,width=4)

图片效果如下

根据GSVA结果绘制不同组的趋势图的更多相关文章

  1. 使用 amcharts 和 highcharts 绘制多曲线时间趋势图的通用方法

    工作中用到, 这里分享一下. 可以使用 amcharts 和 highcharts 在同一坐标中绘制多个对比曲线图. 当然, 对图形没有过多装饰, 可以参考 API 文档: highcharts:   ...

  2. Excel应该这么玩——7、我是预言家:绘制趋势图

    让我们先看一个场景:你是公司销售部的员工,你手里有公司最近几年的销售额相关的数据,经理希望你预测下个月的销售额.盯着一堆数据,你或许会想到画一张XY坐标图,然后将每个月份的销售额标定为一个坐标.但是下 ...

  3. 【开源】专业K线绘制[K线主副图、趋势图、成交量、滚动、放大缩小、MACD、KDJ等)

    这是一个iOS项目雅黑深邃的K线的绘制. 实现功能包括K线主副图.趋势图.成交量.滚动.放大缩小.MACD.KDJ,长按显示辅助线等功能 预览图 最后的最后,这是项目的开源地址:https://git ...

  4. Echart绘制趋势图和柱状图总结

    1.legend名字与series名字一样,即可联动,且不可手动去掉联动效果 2.通过legend图例联动,隐藏绘制图线后,对应( yAxisIndex: 1)坐标y轴如果没有同时设置min和max的 ...

  5. 用python做自己主动化測试--绘制系统性能趋势图和科学计算

    在性能測试中.我们常常须要画出CPU memory 或者IO的趋势图. 预计大学里.大多数人都学习过matlib, 领略了matlib绘图的强大. python提供了强大的绘图模块matplotlib ...

  6. python3 读取txt文件数据,绘制趋势图,matplotlib模块

    python3 读取txt文件数据,绘制趋势图 test1.txt内容如下: 时间/min cpu使用率/% 内存使用率/% 01/12-17:06 0.01 7.61 01/12-17:07 0.0 ...

  7. Android实现天气预报温度/气温折线趋势图

     Android实现天气预报温度/气温折线趋势图 天气预报的APP应用中,难免会遇到绘制天气温度/气温,等关于数据趋势的折线或者曲线图,这类关于气温/温度的折线图,通常会有两条线.一条是高温线,一 ...

  8. 【mysql】一维数据TopN的趋势图

    创建数据表语句 数据表数据 对上述数据进行TopN排名 select severity,sum(count) as sum from widgt_23 where insertTstamp>=' ...

  9. C#绘制立体三维饼状图

    转载自原文 C#绘制立体三维饼状图(超酷) 内容原文地址:LINK [翻译]Julijan Sribar著3D Pie Chart一个用于绘制立体三维饼状图的C#类库[简介]本文的想法就是创建一个独立 ...

随机推荐

  1. finall语句是在return语句执行前被执行还是执行后被执行?

    finally对try...catch的影响和执行时间 一.finally语句不被执行的两种情况 我们在学习抛出异常的时候学习到了finally语句块,这个语句块一般会被执行,但是有两种情况下不被执行 ...

  2. c++ socket发送数据时,sendData = char * string 导致的乱码问题

    解决方法:将string 通过copy函数复制到某个char[] 1. string res =“xxx”; char arr[100]; int len = res.copy(arr, 100); ...

  3. BZOJ 5287: [Hnoi2018]毒瘤 动态dp(LCT+矩阵乘法)

    自己 yy 了一个动态 dp 做法,应该是全网唯一用 LCT 写的. code: #include <bits/stdc++.h> #define ll long long #define ...

  4. Lightning Web Components 组件样式(四)

    要将样式与组件进行绑定,需要创建一个同名的样式文件,这样样式将会自动应用到组件 在组件中定义的样式的作用域是属于组件的,这样允许组件可以在不同的上下文中可以复用, 可以阻止其他组件的样式的复写 css ...

  5. SQL基础-子查询&EXISTS&UNION

    一.子查询 1.使用子查询作为计算字段 子查询:嵌套在其他查询中的查询 现在有两个表,student表和teacher表 创建teacher表,并插入数据: CREATE TABLE `teacher ...

  6. 关于 Mercury_Lc 说明

    现在还主要在用 csdn 写博客,博客地址:https://blog.csdn.net/Mercury_Lc 这个是因为好奇,点了一下 一键搬家 ,就酱紫了. 主要更新,前往这个网址 https:// ...

  7. sublime 添加到右键菜单

  8. SQL语句操作数据试题

    1.在SQL Server中,下列关于数据完整性的说法错误的是(). (选择一项) A:实体完整性要求表中的每一行数据都反映不同的试题,不能存在相同的数据行 B:域完整性是只给定列的输入有效性 C:在 ...

  9. c++与matcom混合编程

    #include #include #include "matlib.h" using namespace std; int main() { initM(MATCOM_VERSI ...

  10. Web前端开发规范之图片命名规范

    图片的名称分为头尾两部分,用下划线隔开,头部表示此图片的大类性质,例如广告,标志,菜单,按钮等 banner:放置在页面顶部的广告,装饰图案等长方形的图片 logo:标志性的图片 button:在页面 ...