linux命令行下使用R语言绘图
系统:centos 6.4 64bit
环境安装参考:http://hi.baidu.com/solohac/item/4a18e78f1bef9b5825ebd99c
在R语言中可以使用png()等函数生成图片,例如: png("aa.png")可以生成图片。
但是如果你是通过shell远程连接到系统上,可能会碰到如下错误:
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> png( "aa.png" ) 错误于.External2(C_X11, paste( "png::" , filename, sep = "" ), g$width, : 无法打开PNG设备 此外: 警告信息: In png( "aa.png" ) : 无法打开链结到X11显示 '' |
分析:
打开R控制台,输入capabilities(),可以看到:
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> capabilities() jpeg png tiff tcltk X11 aqua http/ftp sockets FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE libxml fifo cledit iconv NLS profmem cairo TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE |
可以看到png为false,因为生成图片需要X11,但是shell是没有X11的。
怎么解决:
1.在X11模式下执行R语言命令,也就是在linux的桌面。如果你只是在桌面上画画图,那选择这个方式就可以了。
2.不使用X11生成,使用 图形渲染库Cairo。比如我,需要用脚本,根据实时数据生成统计图,那么用这个方式就很方便。
安装:
启动R控制台
R
安装
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install.packages( "Cairo" ) |
会让你选择安装镜像
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--- 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 --- CRAN mirror 1 : 0 -Cloud 2 : Argentina (La Plata) 3 : Argentina (Mendoza) 4 : Australia (Canberra) 5 : Australia (Melbourne) 6 : Austria 7 : Belgium 8 : Brazil (BA) 9 : Brazil (PR) 10 : Brazil (RJ) 11 : Brazil (SP 1 ) 12 : Brazil (SP 2 ) 13 : Canada (BC) 14 : Canada (NS) 15 : Canada (ON) 16 : Canada (QC 1 ) 17 : Canada (QC 2 ) 18 : Chile 19 : China (Beijing 1 ) 20 : China (Beijing 2 ) 选一个北京的好了: 20 |
安装出错
configure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo (http://www.cairographics.org/) and/or set CAIRO_CFLAGS/LIBS correspondingly.
所以我们需要先在系统中安装cairo库
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yum -y install cairo* libxt* 安装完成之后,重新执行:install.packages( "Cairo" ) installing to /usr/local/lib64/R/library/Cairo/libs ** R ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded * DONE (Cairo) 下载的程序包在 ‘/tmp/RtmpNlGyf3/downloaded_packages’里 更新 '.Library' 里的HTML程序包列表 Making 'packages.html' ... 做完了。 |
安装成功。
加载Cairo后,查看支持:
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> library(Cairo) > Cairo.capabilities() png jpeg tiff pdf svg ps x11 win raster TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 说明已经支持用cairo生成图片了。 例如可以使用如下命令生成PNG: CairoPNG(file= "out.png" ,width= 800 ,height= 480 ) |
附上一个测试小程序,主要为了说明用法:
#vim test.r
library(Cairo)
CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)
plot(5,4)
保存后执行:
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[root@localhost ~]# Rscript test.r R version 3.1 . 0 ( 2014 - 04 - 10 ) -- "Spring Dance" Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-unknown-linux-gnu ( 64 -bit) > library(Cairo) > CairoPNG(file= "out.png" ,width= 800 ,height= 480 ) > plot( 5 , 4 ) > |
在当前目录下可以看到生成了图片
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[root@localhost ~]# ll 总用量 84 -rw-r--r--. 1 root root 6832 5 月 13 10 : 33 out.png -rw-r--r--. 1 root root 71 5 月 13 10 : 32 test.r |
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