http://www.jetbrains.com/help/pycharm/2016.2/configuring-line-separators.html

PyCharm makes it possible to set up line separators (line endings) for the newly created files, and change line separator style for the existing files.

On this page:

To set up line separators for new files

    1. In Settings, click Code Style.
    2. From the Line separator (for new files) drop-down list, select the desired line separator style: 
    3. Apply changes and close the dialog.

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